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有没有关于植物RT-PCR的详细步骤
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| 有没有关于植物RT-PCR实验的详细步骤 比如RNA的提取 ， 序列该上什么网站下载来辅助设计引物，RT-PCR的仪器又该如何操作的 因为我是第一次做所以步骤越详细越好 拜托大家啦 |
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 分子实验 |
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541876097
金虫 (正式写手)
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5楼2013-01-07 16:24:36
【答案】应助回帖
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swj11123: 金币+3, ★有帮助, 谢谢啦 但有没有专门针对植物的呀植物 2012-09-18 09:08:19
gyfgood: 金币+10, APEPI+1, 应助指数+1, 很详细，很有帮助！ 2012-09-26 12:39:35
swj11123: 金币+5, ★有帮助 2012-09-26 20:56:16
swj11123: 金币+7, ★★★★★最佳答案 2012-10-20 10:20:23
swj11123: 金币+3, ★有帮助, 谢谢啦 但有没有专门针对植物的呀植物 2012-09-18 09:08:19
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swj11123: 金币+5, ★有帮助 2012-09-26 20:56:16
swj11123: 金币+7, ★★★★★最佳答案 2012-10-20 10:20:23
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RT-PCR实验步骤 一．实验器具： 1.移液枪：1ml、200μl、20μl、10μl、2.5μl 2.吸头：1ml、200μl、20μl 3.匀浆管：5ml 4.EP管：1.5ml、500μl、200μl 5.试剂瓶：棕色试剂瓶(广口，放75%乙醇) 6.量筒：100ml 7.容量瓶：1000ml 8.试管架：5ml、1.5ml、20μl 9.铝制饭盒：1-2个 10.大瓷缸：1个 11.锡泊纸：一卷 12.卷纸：2卷 13.三角烧瓶：带盖，稍大 二．实验器具处理 1.塑料制品：(包括枪头、EP管、匀浆管等)先将DEPC水从容量瓶中倒入瓷缸中，将塑料制 品逐个浸泡其中(注意：小枪头要充分浸泡，必要时需要针筒打入DEPC水)，过夜后取出(注意： DEPC水很难自然晾干，所以建议先将刚取出的DEPC物品甩干，枪头装入枪头盒后甩干，EP管和 匀浆管装入饭盒后甩干，然后在37度孵箱烘干)。高压后烤干备用。如果DEPC处理过的物品时 间已超过一个星期，再次使用前应再次高压。 2.玻璃制品：泡酸过夜，冲洗干净，先泡1‰DEPC过夜，再蒙锡纸烤干备用。 3.匀浆器：(包括剪刀、镊子)先洗净后，超声消毒即可(不需要泡DEPC)。 三．试剂配制 1．DEPC水：吸出1mlDEPC放在1000ml容量瓶中加双蒸水定容至1000ml，配成1‰DEPC水， 并充分振荡混匀备用。 2．75%乙醇：用无水乙醇+DEPC水配，然后放-20℃保存(DEPC水需先高压，高压时注意：1. 装DEPC水的瓶子在盖子和瓶之间要放上线头；2.高压时间在40-45分钟，所以水要适当多加一 点；3.高压结束后，不要强行放气，要让压力自然下降，不然水会喷出)。 3．异丙醇：放入棕色瓶中。 4．氯仿：放入棕色瓶中。 5．琼脂糖 四．缓冲液配制 1．电泳缓冲液(5×TBE贮存液)：Tris 54g、硼酸27.5g、0.5M EDTA 20ml pH8.0、加 蒸溜水至1000ml。使用时，将5×TBE稀释10倍成0.5×TBE就可以在电泳时使用(工作浓度) 2．上样缓冲液(6×缓冲液，4℃保存)：0.25%溴酚蓝、0.25%二甲苯青FF、30%甘油 五．琼脂糖凝胶配制 1．1.0%：1.0g琼脂糖+100ml电泳缓冲液，微波炉加热至沸腾(如果首次煮胶，一定要煮 透，以不出现泡沫为标志)，熔化的琼脂物冷却至60℃时加入10mg/ml溴化乙锭2.5μl，充分混 匀，将温热的凝胶倒入已置好梳子的胶膜中，在室温下放置30-45min(可以放入4度冰箱加快琼 脂糖凝固)后现进行电泳。 2．1.5%:同上，将琼脂糖的量改为1.5g 六．需购置材料 Taq酶(-20度保存)(配10×buffer和MgCl2)：不需要使用高保真Taq酶，一般的就行。个 人感觉天为时代的普通Taq酶就很不错。 dNTP(4度保存)：向生物公司购买，原装和分装均可。 oligo(dT)15(-20度保存)：可以向生物公司购买Invitrogen合成的廉价货，每支10元，稀 释后使用(注意稀释浓度)，也可以购买Promega的原装货，稀释10倍后使用，稀释液4度保存。 M-MLV(-20度保存)：向生物公司购买，推荐使用Promega的，当然有钱可以购买更好的AMV。 RNasin(-20度保存)：向生物公司购买，推荐使用Promega的，原装分装均可。 DEPC(4度保存)：向生物公司购买，5克足矣。 Trizol(4度保存)：有50ml和100ml规格，按照实验需要自己购买。国外进口的有 Invitrogen(Trizol)、罗氏(TriPure)、MRC(TriReagent)；国内的也行，天为时代的就不错。 Marker(4度保存)：按照目的条带大小购买，推荐使用天为时代的Marker(物美价廉，上样 2.5ul就很亮了，较3.0ul的Takara同样品种Marker为亮)，本人很喜欢它的DL2000。 电泳LoadingBuffer(4度保存)：按照配方自己配制，不需要购买(购买的话价格挺贵)。 七．引物合成 1．内参照：GAPDH(452bp)正义：5-ACCACAGTCCATGCCATCAC-3 反义：5-TCCACCACCCTGTTGCTGTA-3 2．退火温度计算：2(A+T)+4(G+C)，正反义平均数，再上下波动4-5度。 3．引物2 OD已足够，每管1 OD分装。 4．引物稀释：加DEPC水量(μl)＝Xnmol/OD(合成的引物管上有标注)×管上所标OD数(推 荐每管引物为1 OD分装，合成之前向公司说明这一点，切记！！)×100。最终引物浓度为10pmol /μl。 八．PCR产物电泳 取1-10μl(一般取5μl)PCR产物，加已点在纸上的6×上样缓冲液，反复吸打混匀后进行电泳， 一般用稳压状态进行电泳，100V左右，电泳20-30分钟，紫外灯下观察，结果进行扫描保存。 九．注意点：1逆转录后应立即冰水浴2RNA抽提前，打开离心机预冷 TRIzol 法抽提总 RNA 组织100mg/细胞1×107 ↓ 加1mlTRIzol ↓ 组织：匀浆(彻底，分几次打，是匀浆时产生的热量能散出，后转至EP管) 细胞：用1ml加样器吹至液体澄清且无细胞团块 ↓ 颠倒混匀10下，室温5分钟 ↓ 加氯仿1/5体积(0.2ml)(必须按总体积的1/5) ↓ 颠倒混匀10下，室温5分钟 ↓ 4℃，离心12000g，15分钟 ↓ 转上层水相(约400μl)于另一1.5mlEP管中 ↓ 加等体积异丙醇(约400μl)，混匀室温10分钟 ↓ 4℃，离心12000g，10分钟 ↓ 弃上清 ↓ 加冰预冷的75%乙醇(DEPC水配)1ml ↓ 4℃离心7500g，5分钟 ↓ 弃上清，空气干燥5-10分钟(不能完全干燥) ↓ 溶于DEPC水中 注意：1.RNA若用于核酸转移应溶解于样本缓冲液中，否则DEPC溶解。 2.细胞组织加TRIzol匀浆后，可在-60℃放置至少一个月(甚至可一年以上)。 3.RNA在75%乙醇中，2-8℃至少可保存一周，-20℃至少可保存一年。 4.弃上清的操作，我们一般将EP管倒置在平铺于桌面的卷纸上，吸干。 5.最后一步弃酒精，将RNA溶于DEPC水的操作，我们的做法是：先按4的步骤吸干酒精，其实 这样还是不彻底的，再将EP管小离心后用20μl小枪头(DEPC处理过的)吸出多余的酒精。最后 用200μl中枪头(DEPC处理过的)吸11.5μl(20μl体系，如果是40μl体系则加倍)的DEPC水 至EP管中，吹打助溶，然后转移至200μl的EP管(这些EP管中可以事先加好Oligo(dT)15，以 节省枪头)中。 两步法 RT-PCR (第一步：逆转录反应：20μl体系，如果是40μl体系则加倍) 试剂 RNA Oligo(dT)15 浓度 0.05μg/μl 体积 11.5μl 2μl 终浓度 0.005μg/μl (0.05μg/μlOligo(dT)15为Oligo(dT)15原液稀释10倍的浓度) ↓ 混匀，离心，70℃5min ↓ 立即冰水浴，稍离心 ↓ 试剂 M-MLVBuffer dNTP RNasin M-MLV 浓度 5× 10mM 40U/μl 200U/μl 体积 4μl 1μl 0.5μl 1μl 终浓度 1× 0.5mM 20μ 200U 总体积20μl ↓ 混匀，离心，42℃60min ↓ 95℃10min(破坏M-MLV) ↓ 4℃保存 (第二步：PCR反应：总体积20μl，如果50μl体系，相应加倍) 试剂 TaqBuffer MgCl2 dNTP 上游引物 下游引物 cDNA模板 DEPC水 Taq酶 浓度 10× 25mM 10mM 10pmol/μl 10pmol/μl 2.5U/μl 体积 2μl 1.2μl 0.2μl 0.4μl 0.4μl 1μl 14.7μl 0.1μl 终浓度 1× 1.5mM ↓ 混匀 ↓ 95℃ 94℃ X℃ 72℃ 72℃ 5分 30秒 30-40秒 30秒 7分 预变性 变性 退火 延伸 终末延伸 (28-36循环，4℃保存) 注意：1.Taq酶、M-MLV、Rnasin等-20℃保存，操作时置于冰上。 2.dNTP保存在4度即可，勿反复冻融。 3.如果一次做很多管，可以先将共同需要的部分一起加(稍微多算一点，例如20管分装，可以加 入21-22管的量，因为枪头会吸附一定的液体，可能有人认为这样会浪费试剂，其实不然，因为 每管分开加的话试剂用量更多，枪头吸附的试剂的量其实也是很可观的，特别是国产的枪头，这 样做同时还能降低加样误差)，然后各管分装，再加各自不同的部分。 4.如果200μl的EP管在PCR过程中盖子容易炸开，解决方法有：(1)用封口膜将管口密封、(2) 最后每管加入液体石蜡进行液封。 |
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swj111232楼2012-09-17 21:33:49
4楼2012-09-26 08:25:36
