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zdwxxw

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 新手入门,想问一下关于未知基因的表达

如题,如果我知道一株菌有某种功能,但是相关的基因却没有报道过,如何才能把这个基因找出来克隆至模式菌株中表达? 新手入门,谢谢各位指教!
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基因克隆与表达

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sketch

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zdwxxw: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-08-28 20:25:43
通过文献知道这种功能的代谢途径,即确定是表达了哪个基因→在NCBI上查找此菌的其他亚类的此基因基因序列,通过对比序列设计引物(有可能是兼并引物)→提取此菌基因组,通过pcr获得基因→与T载体连接,转化入模式菌种→提出质粒,测序→测序结果正确后,转化入表达菌种。

这是一般流程,你要具体说明一下你的情况。
2楼2012-08-28 15:26:30
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zdwxxw

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by sketch at 2012-08-28 15:26:30
通过文献知道这种功能的代谢途径,即确定是表达了哪个基因→在NCBI上查找此菌的其他亚类的此基因基因序列,通过对比序列设计引物(有可能是兼并引物)→提取此菌基因组,通过pcr获得基因→与T载体连接,转化入模式菌 ...

情况是这样的,我正在查找课题,我想筛一株产酶的菌,然后将其产酶基因进行克隆并高效表达。但是这方面的研究比较少,只有少数几种菌的产酶基因被报道过,如果报道过的还好;我怕筛出来其他的菌种,那样该怎么办呢?  不知道表达的清不清楚
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3楼2012-08-28 20:31:17
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sketch

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zdwxxw: 金币+20, ★★★很有帮助, 多谢了,很有帮助,可能以后还会有什么问题,到时再打搅您,请不吝赐教!再次表示感谢! 2012-08-28 21:31:49
rainwander: MicEPI+1, 鼓励交流 2012-08-29 07:45:48
引用回帖:
3楼: Originally posted by zdwxxw at 2012-08-28 20:31:17
情况是这样的,我正在查找课题,我想筛一株产酶的菌,然后将其产酶基因进行克隆并高效表达。但是这方面的研究比较少,只有少数几种菌的产酶基因被报道过,如果报道过的还好;我怕筛出来其他的菌种,那样该怎么办呢 ...

可以的。研究得少的东西容易出成果。我现在能想到的有两种方法:
当然,最先要做的是把这种菌株筛出来,因为一般的菌株并不会过量产一种酶,或者表达这种酶的高活性。如果你通过诱变甚至定向进化的方法,可能是①解除其调控,使酶过量表达;②酶活提高,酶学性质也提高了。如果是①的情况,该酶本身的性质可能并没有改变,只是调控限制被解除了,但是做克隆表达也是可以尝试的;如果是②的情况,说明酶的基因改变导致内部结构发生改变,这种酶做克隆表达是很有价值的。但我认为,无论哪种情况,都可以做克隆表达。然后怎样获得该酶基因,大概我知道的有两种:
(1)我上面所说的,你可以分析一下“少数几种菌的产酶基因被报道过”的这些菌株中,该酶基因的一致程度,如果基因前面几十个碱基和最后几十个碱基是相似的,则可以根据这些序列设计(兼并)引物,以你筛出的菌的基因组为模版进行pcr调出基因。后面的操作是很模式化的(不同实验室有区别),pcr得到目的基因→胶回收→加A→纯化→连接T载体→转化JM109→保藏甘油管、提质粒、质粒测序→转化表达载体→发酵做酶学性质分析。

(2)如果你不知道基因,则需要将蛋白纯化出来,测定蛋白N端、C端蛋白质序列,根据序列设计兼并引物,按(1)的步骤调取基因。

应该还有其他方法,你可以看看分子生物学的教材,看别人用什么方法调基因。
4楼2012-08-28 21:25:19
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sketch

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zdwxxw: 金币+10, 有帮助, 多谢,有劳了! 2012-08-28 21:33:17
引用回帖:
3楼: Originally posted by zdwxxw at 2012-08-28 20:31:17
情况是这样的,我正在查找课题,我想筛一株产酶的菌,然后将其产酶基因进行克隆并高效表达。但是这方面的研究比较少,只有少数几种菌的产酶基因被报道过,如果报道过的还好;我怕筛出来其他的菌种,那样该怎么办呢 ...

筛出来其他菌株没有关系,到时候可以做一个16sRNA鉴定菌株,然后一般的菌ncbi上都能找到基因组,而且里面很多基因都是注释了的,一般能找到你的那种酶对应的基因,这样就可以Pcr把基因调出来了。
5楼2012-08-28 21:30:51
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sketch

木虫 (正式写手)

好的,不过我也有个疑问,你一直呆在论坛上吗?怎么会这么快就看到回复呢?有提示音吗?而且你注册时间这么短,怎么会这么多金币啊?呵呵。传授经验啊~~
6楼2012-08-28 21:34:40
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)

我觉得你可以直接克隆到这条基因的,可以采用宏基因组学技术中类似的方法,将这个菌株的基因组提取出来,构建小片段的基因组文库,在根据功能筛选获得你的基因,直接测序就可以了

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

人生百态原为海,看破红尘方为岸!
7楼2012-08-30 21:11:09
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zdwxxw

至尊木虫 (著名写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by jinpeng_6118 at 2012-08-30 21:11:09
我觉得你可以直接克隆到这条基因的,可以采用宏基因组学技术中类似的方法,将这个菌株的基因组提取出来,构建小片段的基因组文库,在根据功能筛选获得你的基因,直接测序就可以了

不好意思哈,想追加10个金币给你的,可惜不是应助,给不了。不过你说的构建cDNA文库确实是一个方法,谢谢了!
踏踏实实做好自己,其他的事与你无关。
8楼2012-08-31 14:47:52
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jinpeng_6118

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by zdwxxw at 2012-08-31 14:47:52
不好意思哈,想追加10个金币给你的,可惜不是应助,给不了。不过你说的构建cDNA文库确实是一个方法,谢谢了!...

不客气,我觉得不是真核生物的话,直接构建DNA文库,更方便一些
人生百态原为海,看破红尘方为岸!
9楼2012-08-31 18:41:04
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