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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 根据参考文献的的引物和条件，怎么确定目的基因的大小，是什么原因
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swach

铁虫 (小有名气)

[求助] 根据参考文献的的引物和条件，怎么确定目的基因的大小，是什么原因 已有2人参与

最近实验室要做氮循环相关的功能基因，按照参考文献选择的引物，条件也是参照文献上面的。PCR出来了两条条带，想问问是什么原因？？？还有知道自己要做的目的基因的名称以及引物的序列，如何确定目的基因的大小呢？怎么确定扩增出来的条带就是我要研究的目的基因？谢谢各位大侠了，因为是毕业论文，所以很着急。请大家帮忙。
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1楼 2014-07-08 09:46:23
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-07-08 14:58:38
在NCBI主页下面有Primer-blast，输入你的引物，输入你的目的基因登录号，blast一下就知道你扩增出来的部分是多大，是否包含了CDS区，骚年，自己试试嘛！这不是个问题！

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2楼2014-07-08 10:11:24
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swach

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yuguiyan at 2014-07-08 10:11:24
在NCBI主页下面有Primer-blast，输入你的引物，输入你的目的基因登录号，blast一下就知道你扩增出来的部分是多大，是否包含了CDS区，骚年，自己试试嘛！这不是个问题！

目的基因的登录号我不知道，我只知道是amoA基因，没有序列。
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3楼2014-07-08 10:22:05
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)
引用回帖:
3楼: Originally posted by swach at 2014-07-08 10:22:05
目的基因的登录号我不知道，我只知道是amoA基因，没有序列。...

搜一下，物种你知道吧

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4楼2014-07-08 10:25:47
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youlinglyw

荣誉版主 (著名写手)

一匡天下

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-07-08 14:58:56
楼上说的ncbi可以。其实不需要登录号
或者ucsc上
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?command=start
输入你的引物，insilico pcr就会显示出你扩增的片段

然后那这个片段去blast看是不是你要得基因。
另外既然知道基因名字，物种应该知道吧，ucsc或者ncbi都可以直接blast出你要得ref-sequence
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天行健
5楼2014-07-08 11:05:37
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swach

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by youlinglyw at 2014-07-08 11:05:37
楼上说的ncbi可以。其实不需要登录号
或者ucsc上
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?command=start
输入你的引物，insilico pcr就会显示出你扩增的片段

然后那这个片段去blast看是不是你要得基因。
另外 ...

UCSC里面没有微生物这个选项吧？我没看到，
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6楼2014-07-08 11:54:08
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youlinglyw

荣誉版主 (著名写手)

一匡天下

优秀版主
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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-07-08 14:59:12
引用回帖:
6楼: Originally posted by swach at 2014-07-08 11:54:08
UCSC里面没有微生物这个选项吧？我没看到，...

有
不过我一般blast的时候，不怎么选择物种。
根据参考文献的的引物和条件，怎么确定目的基因的大小，是什么原因
QQ截图20140708145237.jpg
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天行健
7楼2014-07-08 14:53:51
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