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dmtxbb

金虫 (正式写手)

[求助] 请问一下关于芯片分析中差异基因的问题。。。

就是芯片分析中，一般认定差异一倍的为显著的。但是要是差异基因多的话，有没有必要再多做一个或几个倍数呢？这个倍数有规定或者方法么
5倍，3倍，还是10倍？100倍，这个如何定呢，怎么定能更好的反应结果呢？还有这样分有木有必要啊？谢谢啊
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1楼 2011-12-06 23:11:32
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dmtxbb

金虫 (正式写手)
坐等学习
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2楼2011-12-07 09:31:51
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
差异是否显著，可以用统计学方法来分析。具体我也不懂，不过一般的统计学教材里面都有的。
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3楼2011-12-08 21:33:20
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hailongqi

铁虫 (初入文坛)
小丹木木(金币+2): 鼓励交流 2012-02-22 09:04:23
一般芯片公司给的差异基因都是上下调一倍来计算的，这个是约定俗成的。所以差异基因可能比较多，考虑到芯片的误差以及数据分析的需要，你自己后面分析的时候肯定要进一步筛选差异基因，这个时候你可以把基因按照差异倍数从大到小排列，来选择感兴趣的基因。当然，是选择3倍，5倍还是10倍，这个筛选条件是你自己定，没有标准。
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4楼2012-02-21 22:12:56
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telomerase

至尊木虫 (著名写手)

cain
小丹木木(金币+2): 2012-02-22 09:05:10
是公司来算的，你想算得先自己下软件来分析，网上有软件，你可以下来看看。但主要你不是学数学这个的，所以不建议你自己分析。
好像华大有个在线分析，你把数据贴进去，他能按要求给你分析。

差异要求q-value(%)≤5，同时差异倍数即Fold Change控制在2倍以上，样本数≥3   但很多人说，q值要比Fold Change更准些。
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我的路靠我的脚踩出来！！！不走寻常路！！！
5楼2012-02-22 08:51:42
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telomerase

至尊木虫 (著名写手)

cain
是博奥，记错了
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我的路靠我的脚踩出来！！！不走寻常路！！！
6楼2012-02-22 08:52:36
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617004340

金虫 (小有名气)
生物信息学分析
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7楼2012-11-07 21:09:54
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nicou

金虫 (小有名气)
如果没有设计重复，这个数据是不是就没什么意义了？至少发文章是不行了？
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8楼2013-08-26 19:04:34
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