应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用gromacs时，糖与肽相连的力场怎么解决？
141/1返回列表
查看: 1487  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yuyuping121

铜虫 (小有名气)

[交流] 用gromacs时，糖与肽相连的力场怎么解决？

用gromacs，体系为配体与蛋白的相互作用，配体为糖与多肽的链接物，GROMACS没有直接的力场，用什么方法得到糖肽的力场比较可靠
本人先用的是用高斯-ambertools，最后转化成gromacs可用的力场，合理吗？
还是肽 糖力场分开，相连的键在自己手写下
能否有比较简单可靠的力场得到方法？？？
跪求高人指点
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-07-10 13:02:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖置顶 ( 共有2个 )

考研生涯

金虫 (正式写手)
★
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
你好，请问你的糖与肽问题相连接现在解决了吗？我也需要做这个，所以想和你交流下，
赞一下 回复此楼
12楼2012-08-05 09:09:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

陈应广

新虫 (初入文坛)
★
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
你好，我也想做这方面的模拟，还请帮忙指点一二，非常感谢
赞一下 回复此楼
13楼2012-09-10 09:51:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+2 2012-07-10 17:28:47
charmm 力场就有糖和肽的力场，你看看有没有你所需要的类型：
http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html

gromacs可以直接读取charmm力场的
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

yuyuping121
3楼2012-07-10 14:04:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuyuping121

铜虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-07-10 14:04:08
charmm 力场就有糖和肽的力场，你看看有没有你所需要的类型：
http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html

gromacs可以直接读取charmm力场的

非常感谢
回复此楼
5楼2012-07-10 14:27:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuanyeguhong

至尊木虫 (文坛精英)
★
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
得金币了，说声谢谢！
赞一下 回复此楼
9楼2012-07-10 15:05:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dejia

木虫 (知名作家)
★
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
金币
回复此楼
10楼2012-07-10 15:29:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gcworm

木虫 (职业作家)
★
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
顶你
回复此楼
14楼2012-09-10 11:26:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
Ayse2楼
2012-07-10 13:33   回复  
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
郑克宁4楼
2012-07-10 14:17   回复  
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
goingabroad6楼
2012-07-10 14:31   回复  
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
假大空7楼
2012-07-10 14:43   回复  
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
dhzxc8楼
2012-07-10 14:59   回复  
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
saabx11楼
2012-08-04 11:31   回复  
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 yuyuping121 的主题更新
141/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 此成果不能导入原因：元数据必填信息不完整，可 进行补充。 +4 Kittylucky 2026-03-02 5/250 2026-03-02 11:07 by jurkat.1640
[考研] 0856材料与化工，270求调剂 +8 YXCT 2026-03-01 9/450 2026-03-02 11:01 by 无际的草原
[考研] 材料学硕318求调剂 +7 February_Feb 2026-03-01 7/350 2026-03-02 10:57 by 无际的草原
[考研] 化工专硕342，一志愿大连理工大学，求调剂 +6 kyf化工 2026-02-28 7/350 2026-03-02 10:56 by 无际的草原
[考研] 欢迎采矿、地质、岩土、计算机、人工智能等专业的同学报考 +5 pin8023 2026-02-28 7/350 2026-03-02 10:33 by ZY，先生
[考研] 275求调剂 +3 L-xin? 2026-03-01 6/300 2026-03-02 10:22 by 热情沙漠
[考研] 0854复试调剂 276 +4 wmm9 2026-03-01 6/300 2026-03-02 09:28 by 热情沙漠
[考研] 材料学调剂 +10 提神豆沙包 2026-02-28 12/600 2026-03-02 09:26 by 李老师！
[考研] 085600 英一数二272求调剂 5+3 vida_a 2026-03-01 7/350 2026-03-02 07:51 by ms629
[考研] 高分子化学与物理调剂 +6 好好好1233 2026-02-28 13/650 2026-03-02 07:27 by 好好好1233
[考研] 0857调剂 +4 一ll半 2026-02-28 5/250 2026-03-02 02:33 by 908055542
[考研] 材料化工调剂 +12 今夏不夏 2026-03-01 13/650 2026-03-01 23:32 by L135790
[基金申请] 成果系统访问量大，请一小时后再尝试。---NSFC啥时候好哦，已经两天这样了 +4 NSFC2026我来了 2026-02-28 4/200 2026-03-01 22:37 by 铁门栓
[硕博家园] 博士自荐 +7 科研狗111 2026-02-26 11/550 2026-03-01 22:24 by 哲平L
[考研] 一志愿中南大学理学化学 +4 15779376950 2026-03-01 5/250 2026-03-01 19:00 by Fff-1
[考研] 328求调剂 +3 aaadim 2026-03-01 5/250 2026-03-01 17:29 by njzyff
[考研] 317一志愿华南理工电气工程求调剂 +6 Soliloquy_Q 2026-02-28 11/550 2026-03-01 11:14 by 歌liekkas
[论文投稿] 求助coordination chemistry reviews 的写作模板 10+3 ljplijiapeng 2026-02-27 4/200 2026-03-01 09:07 by babero
[高分子] 求环氧树脂研发1名 +3 孙xc 2026-02-25 11/550 2026-02-28 16:57 by ichall
[硕博家园] 【博士招生】太原理工大学2026化工博士 +4 N1ce_try 2026-02-24 8/400 2026-02-26 08:40 by N1ce_try
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭