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[交流]
用gromacs时，糖与肽相连的力场怎么解决？
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用gromacs，体系为配体与蛋白的相互作用，配体为糖与多肽的链接物，GROMACS没有直接的力场，用什么方法得到糖肽的力场比较可靠 本人先用的是用高斯-ambertools，最后转化成gromacs可用的力场，合理吗？ 还是肽 糖力场分开，相连的键在自己手写下 能否有比较简单可靠的力场得到方法？？？ 跪求高人指点 |
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yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+2 2012-07-10 17:28:47
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+2 2012-07-10 17:28:47
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charmm 力场就有糖和肽的力场，你看看有没有你所需要的类型： http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html gromacs可以直接读取charmm力场的 |
yuyuping1213楼2012-07-10 14:04:08
5楼2012-07-10 14:27:28
得金币了，说声谢谢！9楼2012-07-10 15:05:35
12楼2012-08-05 09:09:52
简单回复
dhzxc8楼
2012-07-10 14:59
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yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
