24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (3595)
>休闲灌水 (217)
>虫友互识 (213)
>文献求助 (191)
>导师招生 (145)
>考博 (107)
>硕博家园 (93)
>基金申请 (77)
>论文投稿 (65)
>考研 (53)
>博后之家 (50)
>公派出国 (34)
>招聘信息布告栏 (31)
>教师之家 (24)
>论文道贺祈福 (23)
>找工作 (22)

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yuyuping121

铜虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 67.9
帖子: 72
在线: 14.9小时
虫号: 1233754

[交流] 用gromacs时，糖与肽相连的力场怎么解决？

用gromacs，体系为配体与蛋白的相互作用，配体为糖与多肽的链接物，GROMACS没有直接的力场，用什么方法得到糖肽的力场比较可靠
本人先用的是用高斯-ambertools，最后转化成gromacs可用的力场，合理吗？
还是肽糖力场分开，相连的键在自己手写下
能否有比较简单可靠的力场得到方法？？？
跪求高人指点

回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

胶原多肽钙的制备先找点相关的文献，最好是最新的已经有14人回复
gromacs，用pdb文件生成top文件时遇到的问题已经有4人回复
gromacs oplsaa 力场中的原子类型已经有6人回复
Gromacs4.5.5版本中安装GLYCAM糖链模拟力场问题请教？？已经有4人回复
求Gromacs中Glycam力场数据包。。非常感谢已经有5人回复
【转帖】GROMACS分析程序讨论，在gromacs中添加Amber力场已经有8人回复
【求助】怎样才能使整个盒子充满水,用gromacs 已经有6人回复
【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢已经有11人回复
【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？已经有7人回复
【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？已经有5人回复
【求助】使用MATLAB怎么实现拟合力场参数的程序？【已解决】已经有15人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2012-07-10 13:02:24

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

★ ★ ★
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+2 2012-07-10 17:28:47

charmm 力场就有糖和肽的力场，你看看有没有你所需要的类型：
http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html

gromacs可以直接读取charmm力场的

赞一下

回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

yuyuping121

3楼2012-07-10 14:04:08

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 14 个回答

yuyuping121

铜虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 67.9
帖子: 72
在线: 14.9小时
虫号: 1233754

送鲜花一朵

引用回帖:

3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-07-10 14:04:08
charmm 力场就有糖和肽的力场，你看看有没有你所需要的类型：
http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html

gromacs可以直接读取charmm力场的

非常感谢

回复此楼

5楼2012-07-10 14:27:28

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖