应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用gromacs时，糖与肽相连的力场怎么解决？
51/1返回列表
查看: 1807  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yuyuping121

铜虫 (小有名气)

[交流] 用gromacs时，糖与肽相连的力场怎么解决？

用gromacs，体系为配体与蛋白的相互作用，配体为糖与多肽的链接物，GROMACS没有直接的力场，用什么方法得到糖肽的力场比较可靠
本人先用的是用高斯-ambertools，最后转化成gromacs可用的力场，合理吗？
还是肽 糖力场分开，相连的键在自己手写下
能否有比较简单可靠的力场得到方法？？？
跪求高人指点
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-07-10 13:02:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuanyeguhong

至尊木虫 (文坛精英)
★
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
得金币了，说声谢谢！
赞一下 回复此楼
9楼2012-07-10 15:05:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 14 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+2 2012-07-10 17:28:47
charmm 力场就有糖和肽的力场，你看看有没有你所需要的类型：
http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html

gromacs可以直接读取charmm力场的
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

yuyuping121
3楼2012-07-10 14:04:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuyuping121

铜虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-07-10 14:04:08
charmm 力场就有糖和肽的力场，你看看有没有你所需要的类型：
http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html

gromacs可以直接读取charmm力场的

非常感谢
回复此楼
5楼2012-07-10 14:27:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

考研生涯

金虫 (正式写手)
★
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
你好，请问你的糖与肽问题相连接现在解决了吗？我也需要做这个，所以想和你交流下，
赞一下 回复此楼
12楼2012-08-05 09:09:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
dhzxc8楼
2012-07-10 14:59   回复  
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
查看全部 14 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭