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yuyuping121

铜虫 (小有名气)


[交流] 用gromacs时,糖与肽相连的力场怎么解决?

用gromacs,体系为配体与蛋白的相互作用,配体为糖与多肽的链接物,GROMACS没有直接的力场,用什么方法得到糖肽的力场比较可靠
本人先用的是用高斯-ambertools,最后转化成gromacs可用的力场,合理吗?
还是肽 糖力场分开,相连的键在自己手写下
能否有比较简单可靠的力场得到方法???
跪求高人指点
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yuyuping121

铜虫 (小有名气)


送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-07-10 14:04:08
charmm 力场就有糖和肽的力场,你看看有没有你所需要的类型:
http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html

gromacs可以直接读取charmm力场的

非常感谢
5楼2012-07-10 14:27:28
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★ ★ ★
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+2 2012-07-10 17:28:47
charmm 力场就有糖和肽的力场,你看看有没有你所需要的类型:
http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html

gromacs可以直接读取charmm力场的

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2012-07-10 14:04:08
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yuanyeguhong

至尊木虫 (文坛精英)



yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
得金币了,说声谢谢!
9楼2012-07-10 15:05:35
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考研生涯

金虫 (正式写手)



yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
你好,请问你的糖与肽问题相连接现在解决了吗?我也需要做这个,所以想和你交流下,
12楼2012-08-05 09:09:52
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dhzxc8楼
2012-07-10 14:59   回复  
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
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