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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用gromacs时，糖与肽相连的力场怎么解决？
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yuyuping121

铜虫 (小有名气)

[交流] 用gromacs时，糖与肽相连的力场怎么解决？

用gromacs，体系为配体与蛋白的相互作用，配体为糖与多肽的链接物，GROMACS没有直接的力场，用什么方法得到糖肽的力场比较可靠
本人先用的是用高斯-ambertools，最后转化成gromacs可用的力场，合理吗？
还是肽 糖力场分开，相连的键在自己手写下
能否有比较简单可靠的力场得到方法？？？
跪求高人指点
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1楼 2012-07-10 13:02:24
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陈应广

新虫 (初入文坛)
★
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
你好，我也想做这方面的模拟，还请帮忙指点一二，非常感谢
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13楼2012-09-10 09:51:16
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 金币+2 2012-07-10 17:28:47
charmm 力场就有糖和肽的力场，你看看有没有你所需要的类型：
http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html

gromacs可以直接读取charmm力场的
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yuyuping121
3楼2012-07-10 14:04:08
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yuyuping121

铜虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-07-10 14:04:08
charmm 力场就有糖和肽的力场，你看看有没有你所需要的类型：
http://mackerell.umaryland.edu/CHARMM_ff_params.html

gromacs可以直接读取charmm力场的

非常感谢
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5楼2012-07-10 14:27:28
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yuanyeguhong

至尊木虫 (文坛精英)
★
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
得金币了，说声谢谢！
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9楼2012-07-10 15:05:35
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dhzxc8楼
2012-07-10 14:59   回复  
yuyuping121(金币+1): 谢谢参与
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