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wangcongxs

银虫 (著名写手)

[求助] PCR不出带,求教

我用酶切连接后的产物进行预扩增,退火温度度降到48度才有目的带(引物TM值一条55.75,一条52.18),然后把预扩增产物稀释10倍进行选扩增,跑6%的变性PAGE,PCR25ul的体系,buffer2.5ul,镁离子1.5,DNTP1.0,引物(10uM)1.5,rTaq0.3,PCR程序用touchdown,从65降至56。我用的是我们老师做的体系,只是模板不一样,可是物种是一样的,为什么一直扩不出带啊,难道预扩就是假阳性?但是退火温度高了只有弥散啊,请各位朋友帮忙提提意见……不胜感激!
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做最好的自己
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reallpf

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

个人建议你讲预扩增产物稀释50倍后用试试,另外根据引物算出的Tm值,建议你的touch down程序温度变为从60-51或者更低。
5楼2012-07-17 09:02:01
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shenye.judy

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+3, 鼓励交流经验 2012-07-10 13:46:20
wangcongxs: 金币+5 2012-07-17 08:07:35
预扩增用了48度才有的,之后是65降至56,在48度之上,没有产物似乎也有道理。
PCR体系中镁离子浓度也是关键,你可以查查,然后调整或者做梯度。
如果你们老师同样体系做出来,你没做出来,那就是模板有问题的可能性还是比较大的.
当然,你也要确定你的预扩增条带是正确的。
预扩增弥散的产物也可以试试往下做,可能是你的引物不够特异,扩出了其它,但应该包含你的目标吧?
也不知道你是在做什么,所以只能这样回答些。
2楼2012-07-10 10:50:45
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wangcongxs

银虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by shenye.judy at 2012-07-10 10:50:45
预扩增用了48度才有的,之后是65降至56,在48度之上,没有产物似乎也有道理。
PCR体系中镁离子浓度也是关键,你可以查查,然后调整或者做梯度。
如果你们老师同样体系做出来,你没做出来,那就是模板有问题的可能 ...

我做的是DNA甲基化,预扩中的条带长度应该是我的目的带,但是选扩增就扩不出来,如果说模板有问题,确实有些模板酶切切不开,但是我用的都是酶切弥散很好的,说明不是模板的问题啊,希望与您进一步交流,谢谢您提的意见……
做最好的自己
3楼2012-07-17 08:10:38
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jl860822

金虫 (正式写手)


【答案】应助回帖


wangcongxs: 金币+1 2012-07-18 10:31:32
你为什么不把你的预扩增产物进行一下鉴定呢?
4楼2012-07-17 08:56:53
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