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loveskyzhou

铁虫 (正式写手)

[求助] 点突变引物设计问题,两个试剂盒两种方法啊。。。。。

在网上和这里大多看见的引物设计是将突变的碱基放在大概30个碱基的中间,这样得到完全互补的两条引物(突变位点除外)
但在全式金的试剂盒说明书里看到如下图的设计方法,问题:
1.哪种大家比较常用?
2.第二种是不是可以一定程度的改善引物二聚的问题?
3.第二种方法反向引物的5'端就是突变位点,这样可以吗?如果有影响可不可以在他5'端加几个碱基以防止它暴露呢?
求探讨


[ Last edited by loveskyzhou on 2012-6-7 at 12:44 ]
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thinkdoll

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助,很热心哦 2012-06-11 13:53:17
loveskyzhou: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-06-11 20:38:21
1. 大家一般都用完全互补的两条引物(突变位点除外)的方法。
2. 第二种方法应该是第一种的改进,能够改善引物二聚的问题。
3. 5'端就是突变位点也没关系,因为pcr过程不涉及5‘到3’的降解。退一步说,即使加保护碱基,导入细菌后,保护碱基的降解也不是希望看到的。而且实验证明并没有被降解。

总之,实践是检验真理的唯一标准。大胆的做,才能知道行不行。个人建议按照第一种方法做。或者两个引物有几个碱基的错位就好了,以降低引物二聚体的TM值。
2楼2012-06-11 10:02:29
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xufang7763

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by thinkdoll at 2012-06-11 10:02:29
1. 大家一般都用完全互补的两条引物(突变位点除外)的方法。
2. 第二种方法应该是第一种的改进,能够改善引物二聚的问题。
3. 5'端就是突变位点也没关系,因为pcr过程不涉及5‘到3’的降解。退一步说,即使加保护 ...

麻烦问一下,完全互补的两条引物为什么突变位点除外,假如突变点是G,那互补的那条引物的那个位点也要是G吗?求教!
人生就像赌博,有输有赢!
3楼2013-12-11 15:36:22
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