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loveskyzhou

铁虫 (正式写手)

[求助] 点突变引物设计问题，两个试剂盒两种方法啊。。。。。

在网上和这里大多看见的引物设计是将突变的碱基放在大概30个碱基的中间，这样得到完全互补的两条引物（突变位点除外）
但在全式金的试剂盒说明书里看到如下图的设计方法，问题：
1.哪种大家比较常用？
2.第二种是不是可以一定程度的改善引物二聚的问题？
3.第二种方法反向引物的5'端就是突变位点，这样可以吗？如果有影响可不可以在他5'端加几个碱基以防止它暴露呢？
求探讨


[ Last edited by loveskyzhou on 2012-6-7 at 12:44 ]
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@thinkdoll

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我会绕一个圈，走回到实验室
1楼 2012-06-06 16:09:15
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thinkdoll

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助，很热心哦 2012-06-11 13:53:17
loveskyzhou: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-06-11 20:38:21
1. 大家一般都用完全互补的两条引物（突变位点除外）的方法。
2. 第二种方法应该是第一种的改进，能够改善引物二聚的问题。
3. 5'端就是突变位点也没关系，因为pcr过程不涉及5‘到3’的降解。退一步说，即使加保护碱基，导入细菌后，保护碱基的降解也不是希望看到的。而且实验证明并没有被降解。

总之，实践是检验真理的唯一标准。大胆的做，才能知道行不行。个人建议按照第一种方法做。或者两个引物有几个碱基的错位就好了，以降低引物二聚体的TM值。
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2楼2012-06-11 10:02:29
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xufang7763

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by thinkdoll at 2012-06-11 10:02:29
1. 大家一般都用完全互补的两条引物（突变位点除外）的方法。
2. 第二种方法应该是第一种的改进，能够改善引物二聚的问题。
3. 5'端就是突变位点也没关系，因为pcr过程不涉及5‘到3’的降解。退一步说，即使加保护 ...

麻烦问一下，完全互补的两条引物为什么突变位点除外，假如突变点是G，那互补的那条引物的那个位点也要是G吗？求教！
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人生就像赌博，有输有赢！
3楼2013-12-11 15:36:22
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