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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » QM/MM计算出错
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不喜欢豆芽

木虫 (小有名气)

[求助] QM/MM计算出错

大家好，我在用QM/MM跑蛋白质体系，一直无法顺利进行，今天好不容易有个结果出来了，结果体系还跑飞了，在计算的过程中就有很多*，不知道是结构太不合理了还是怎么了？我在跑QM/MM之前，先用sybyl简单的优化了一下，不知道谁有类似的经历，麻烦指点一下，谢谢了！附件是我的输入文件和输出文件。
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    • 2012-05-24 14:58:42, 1.17 M

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1楼 2012-05-24 14:59:18
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不喜欢豆芽

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by c00jsw00 at 2012-05-28 11:39:44
GAUSSIAN 的QMMM 計算,假如是用UFF力場的化..出錯率較低..我的建議是可以使用gromacs/GAMESS or Amber/Gaussian/Terachem 等等計算QMMM MD比較OK

不好意思，还得问一下您，我看了一下Gamess的版本，没有可以做的QM/MM的呀，不知道您说的是第几版？
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4楼2012-05-28 22:16:07
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匿名

用户注销 (小有名气)
★ ★
gmy1990: 金币+2 2012-05-28 14:38:54
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2楼2012-05-28 11:39:44
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不喜欢豆芽

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by c00jsw00 at 2012-05-28 11:39:44
GAUSSIAN 的QMMM 計算,假如是用UFF力場的化..出錯率較低..我的建議是可以使用gromacs/GAMESS or Amber/Gaussian/Terachem 等等計算QMMM MD比較OK

谢谢回复，你说MD比较OK是指什么？我的体系一直没有跑通，但是师兄师姐的有跑通的呢，那我先试一下GAMESS吧，谢谢指导！
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3楼2012-05-28 21:34:12
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匿名

用户注销 (小有名气)
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5楼2012-05-29 10:47:47
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