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wangcui2011金虫 (小有名气)
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急求nwchem应用实例
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| 各位热心的虫友，本人学nwchem时间不长，现需要用nwchem中的QM/MM模块研究化学反应，阻力重重，希望有高人提供这方面的程序实例。不胜感激！ |
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cuiyoutian88
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6楼2012-06-16 09:51:55
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gmy1990: 金币+3 2012-03-16 10:39:15
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nwchem 的 qmmm 是西北太平洋的Marat Valiev 开发的, 你可以参考一下他的文章 http://emslbios.pnl.gov/bios/biosketch.nsf/bynameinit/valiev_m |
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wangcui20112楼2012-03-16 08:51:54
wangcui2011
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7楼2012-06-16 22:19:12
wangcui2011
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嗯，谢谢你哦~这个问题我已经解决了。用的就是你所说的方法。 我想请问你用这个软件做QMMM计算吗？如果你做的话，我想请教你另外的问题：在QMMM这个模块里，有一个寻找反应路径的NEB方法，要想做NEB，在当前计算目录下，除了要有.top文件，还要提供三个.rst文件，具体例子你可以参考： http://www.nwchem-sw.org/index.p ... mm_NEB_Calculations 在这个例子中，作者给我们提供了以上所需的文件，但是，我们终归要自己会生成这些文件，我只知道.top和.rst文件可以有prepare生成，但是这样生成的.rst文件跟作者提供的完全不一样。那三个.rst文件究竟是怎样得来的？在prepare之后还需要做哪些计算才可以生成和作者提供的完全相吻合的.rst文件？难道是我从prepare就开始出错了？我真的不知道怎么做了。 希望高人可以指点迷津，不胜感激。  |
8楼2012-06-20 10:36:12
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9楼2012-08-08 11:24:02
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ESML将于10月17~19日在北京举行一个workshop，他们的开发应用团队会一起过来，详细分析讲解NWCHEM的安装使用等问题。感兴趣的话可以去参加下哈。 会议通知点： http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4925984&fpage=1 |
10楼2012-09-06 17:01:02
