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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » HyperChem/NWChem » 急求nwchem应用实例
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wangcui2011

金虫 (小有名气)

[求助] 急求nwchem应用实例

各位热心的虫友，本人学nwchem时间不长，现需要用nwchem中的QM/MM模块研究化学反应，阻力重重，希望有高人提供这方面的程序实例。不胜感激！
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想一千次，不如去做一次。华丽的跌倒，胜过无谓的徘徊。千里之行，始于足下，即使无功而返，也不浪费大好青春。
1楼2012-03-15 22:34:56
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cuiyoutian88

金虫 (小有名气)
wangcui2011: 回帖置顶 2012-06-20 10:01:18
等待版主完成。这个软件教程少。
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6楼2012-06-16 09:51:55
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+3 2012-03-16 10:39:15
nwchem 的 qmmm 是西北太平洋的Marat Valiev 开发的, 你可以参考一下他的文章
http://emslbios.pnl.gov/bios/biosketch.nsf/bynameinit/valiev_m
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wangcui2011
2楼2012-03-16 08:51:54
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wangcui2011

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by bay__gulf at 2012-03-16 08:51:54:
nwchem 的 qmmm 是西北太平洋的Marat Valiev 开发的, 你可以参考一下他的文章
http://emslbios.pnl.gov/bios/biosketch.nsf/bynameinit/valiev_m

版主，你好。谢谢你的热心回帖。
我大致看了一下他近两年的文章，他用文字描述的怎样用NWChem里面的QM/MM模块做他的体系，我能看懂。我的问题在于：在做QM/MM计算之前要用prepare模块产生.rst和.top文件，我就失败在这一步，每次都只能生成一个后缀名为 .frg_TMP的文件，下面该怎样进行就不知道了。NWChem6.0里面的所有关于prepare的例子就走不通，这样就不能往下面计算了。我承认，我的水平很次。
很头疼，不知道该怎么办。希望版主给些建议。或者除了手册有什么资料可以参考。
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想一千次，不如去做一次。华丽的跌倒，胜过无谓的徘徊。千里之行，始于足下，即使无功而返，也不浪费大好青春。
3楼2012-03-19 11:04:41
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangcui2011 at 2012-03-19 11:04:41:
版主，你好。谢谢你的热心回帖。
我大致看了一下他近两年的文章，他用文字描述的怎样用NWChem里面的QM/MM模块做他的体系，我能看懂。我的问题在于：在做QM/MM计算之前要用prepare模块产生.rst和.top文件，我就失 ...

里头问题挺多, 等忙完我整理一下吧
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4楼2012-03-19 12:20:22
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wangcui2011

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by bay__gulf at 2012-03-19 12:20:22:
里头问题挺多, 等忙完我整理一下吧

嗯，好的。麻烦版主了，灰常感谢！(*^__^*) 嘻嘻……
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想一千次，不如去做一次。华丽的跌倒，胜过无谓的徘徊。千里之行，始于足下，即使无功而返，也不浪费大好青春。
5楼2012-03-19 12:41:22
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xuxm03

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
wangcui2011: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-06-20 19:19:36
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangcui2011 at 2012-03-19 11:04:41
版主，你好。谢谢你的热心回帖。
我大致看了一下他近两年的文章，他用文字描述的怎样用NWChem里面的QM/MM模块做他的体系，我能看懂。我的问题在于：在做QM/MM计算之前要用prepare模块产生.rst和.top文件，我就失败 ...

编译完毕之后，一定要设好参数文件的地方
例如
ln -s /usr/local/NWChem/data/default.nwchemrc $HOME/.nwchemrc
这仅仅是个例子。
Ubuntu的软件中心含有NWCHEM，所以这个路径就要改变
data文件夹一般位于/usr/share/nwchem
并且没有default.nwchemrc文件，需要自己建立，将基组和力场参数文件的路径设置好。
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7楼2012-06-16 22:19:12
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wangcui2011

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by xuxm03 at 2012-06-16 22:19:12
编译完毕之后，一定要设好参数文件的地方
例如
ln -s /usr/local/NWChem/data/default.nwchemrc $HOME/.nwchemrc
这仅仅是个例子。
Ubuntu的软件中心含有NWCHEM，所以这个路径就要改变
data文件夹一般位于/us ...

嗯，谢谢你哦~这个问题我已经解决了。用的就是你所说的方法。

我想请问你用这个软件做QMMM计算吗？如果你做的话，我想请教你另外的问题：在QMMM这个模块里，有一个寻找反应路径的NEB方法，要想做NEB，在当前计算目录下，除了要有.top文件，还要提供三个.rst文件，具体例子你可以参考：
http://www.nwchem-sw.org/index.p ... mm_NEB_Calculations

在这个例子中，作者给我们提供了以上所需的文件，但是，我们终归要自己会生成这些文件，我只知道.top和.rst文件可以有prepare生成，但是这样生成的.rst文件跟作者提供的完全不一样。那三个.rst文件究竟是怎样得来的？在prepare之后还需要做哪些计算才可以生成和作者提供的完全相吻合的.rst文件？难道是我从prepare就开始出错了？我真的不知道怎么做了。

希望高人可以指点迷津，不胜感激。
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想一千次，不如去做一次。华丽的跌倒，胜过无谓的徘徊。千里之行，始于足下，即使无功而返，也不浪费大好青春。
8楼2012-06-20 10:36:12
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wangz00

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
9楼2012-08-08 11:24:02
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dfjk-123

新虫 (小有名气)
ESML将于10月17~19日在北京举行一个workshop，他们的开发应用团队会一起过来，详细分析讲解NWCHEM的安装使用等问题。感兴趣的话可以去参加下哈。
会议通知点：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4925984&fpage=1
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10楼2012-09-06 17:01:02
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