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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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wangcui2011

版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

[求助] 急求nwchem应用实例

各位热心的虫友,本人学nwchem时间不长,现需要用nwchem中的QM/MM模块研究化学反应,阻力重重,希望有高人提供这方面的程序实例。不胜感激!
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想一千次,不如去做一次。华丽的跌倒,胜过无谓的徘徊。千里之行,始于足下,即使无功而返,也不浪费大好青春。
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bay__gulf

主管区长

刘苏州

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gmy1990: 金币+3 2012-03-16 10:39:15
nwchem 的 qmmm 是西北太平洋的Marat Valiev 开发的, 你可以参考一下他的文章
http://emslbios.pnl.gov/bios/biosketch.nsf/bynameinit/valiev_m

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2012-03-16 08:51:54
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wangcui2011

实习版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by bay__gulf at 2012-03-16 08:51:54:
nwchem 的 qmmm 是西北太平洋的Marat Valiev 开发的, 你可以参考一下他的文章
http://emslbios.pnl.gov/bios/biosketch.nsf/bynameinit/valiev_m

版主,你好。谢谢你的热心回帖。
我大致看了一下他近两年的文章,他用文字描述的怎样用NWChem里面的QM/MM模块做他的体系,我能看懂。我的问题在于:在做QM/MM计算之前要用prepare模块产生.rst和.top文件,我就失败在这一步,每次都只能生成一个后缀名为 .frg_TMP的文件,下面该怎样进行就不知道了。NWChem6.0里面的所有关于prepare的例子就走不通,这样就不能往下面计算了。我承认,我的水平很次。
很头疼,不知道该怎么办。希望版主给些建议。或者除了手册有什么资料可以参考。
想一千次,不如去做一次。华丽的跌倒,胜过无谓的徘徊。千里之行,始于足下,即使无功而返,也不浪费大好青春。
3楼2012-03-19 11:04:41
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bay__gulf

实习版主

刘苏州

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
3楼: Originally posted by wangcui2011 at 2012-03-19 11:04:41:
版主,你好。谢谢你的热心回帖。
我大致看了一下他近两年的文章,他用文字描述的怎样用NWChem里面的QM/MM模块做他的体系,我能看懂。我的问题在于:在做QM/MM计算之前要用prepare模块产生.rst和.top文件,我就失 ...

里头问题挺多, 等忙完我整理一下吧
4楼2012-03-19 12:20:22
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wangcui2011

版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
4楼: Originally posted by bay__gulf at 2012-03-19 12:20:22:
里头问题挺多, 等忙完我整理一下吧

嗯,好的。麻烦版主了,灰常感谢!(*^__^*) 嘻嘻……
想一千次,不如去做一次。华丽的跌倒,胜过无谓的徘徊。千里之行,始于足下,即使无功而返,也不浪费大好青春。
5楼2012-03-19 12:41:22
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cuiyoutian88

管理员

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

wangcui2011: 回帖置顶 2012-06-20 10:01:18
等待版主完成。这个软件教程少。
6楼2012-06-16 09:51:55
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xuxm03

版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
wangcui2011: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-06-20 19:19:36
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangcui2011 at 2012-03-19 11:04:41
版主,你好。谢谢你的热心回帖。
我大致看了一下他近两年的文章,他用文字描述的怎样用NWChem里面的QM/MM模块做他的体系,我能看懂。我的问题在于:在做QM/MM计算之前要用prepare模块产生.rst和.top文件,我就失败 ...

编译完毕之后,一定要设好参数文件的地方
例如
ln -s /usr/local/NWChem/data/default.nwchemrc $HOME/.nwchemrc
这仅仅是个例子。
Ubuntu的软件中心含有NWCHEM,所以这个路径就要改变
data文件夹一般位于/usr/share/nwchem
并且没有default.nwchemrc文件,需要自己建立,将基组和力场参数文件的路径设置好。
7楼2012-06-16 22:19:12
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wangcui2011

版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
7楼: Originally posted by xuxm03 at 2012-06-16 22:19:12
编译完毕之后,一定要设好参数文件的地方
例如
ln -s /usr/local/NWChem/data/default.nwchemrc $HOME/.nwchemrc
这仅仅是个例子。
Ubuntu的软件中心含有NWCHEM,所以这个路径就要改变
data文件夹一般位于/us ...

嗯,谢谢你哦~这个问题我已经解决了。用的就是你所说的方法。

我想请问你用这个软件做QMMM计算吗?如果你做的话,我想请教你另外的问题:在QMMM这个模块里,有一个寻找反应路径的NEB方法,要想做NEB,在当前计算目录下,除了要有.top文件,还要提供三个.rst文件,具体例子你可以参考:
http://www.nwchem-sw.org/index.p ... mm_NEB_Calculations

在这个例子中,作者给我们提供了以上所需的文件,但是,我们终归要自己会生成这些文件,我只知道.top和.rst文件可以有prepare生成,但是这样生成的.rst文件跟作者提供的完全不一样。那三个.rst文件究竟是怎样得来的?在prepare之后还需要做哪些计算才可以生成和作者提供的完全相吻合的.rst文件?难道是我从prepare就开始出错了?我真的不知道怎么做了。

希望高人可以指点迷津,不胜感激。
想一千次,不如去做一次。华丽的跌倒,胜过无谓的徘徊。千里之行,始于足下,即使无功而返,也不浪费大好青春。
8楼2012-06-20 10:36:12
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wangz00

管理员

本帖内容被屏蔽

9楼2012-08-08 11:24:02
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dfjk-123

主管区长

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

ESML将于10月17~19日在北京举行一个workshop,他们的开发应用团队会一起过来,详细分析讲解NWCHEM的安装使用等问题。感兴趣的话可以去参加下哈。
会议通知点:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=4925984&fpage=1
10楼2012-09-06 17:01:02
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