24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1078  |  回复: 5

不喜欢豆芽

木虫 (小有名气)

[求助] QM/MM计算出错

大家好,我在用QM/MM跑蛋白质体系,一直无法顺利进行,今天好不容易有个结果出来了,结果体系还跑飞了,在计算的过程中就有很多*,不知道是结构太不合理了还是怎么了?我在跑QM/MM之前,先用sybyl简单的优化了一下,不知道谁有类似的经历,麻烦指点一下,谢谢了!附件是我的输入文件和输出文件。
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : model_3AU7_min50_type.gjf
  • 2012-05-24 14:57:01, 528.98 K
  • 附件 2 : model_3AU7_min50_type.log
  • 2012-05-24 14:58:42, 1.17 M

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (小有名气)


★ ★
gmy1990: 金币+2 2012-05-28 14:38:54
本帖仅楼主可见
2楼2012-05-28 11:39:44
已阅   申请QC强帖   编辑   查看我的主页

不喜欢豆芽

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by c00jsw00 at 2012-05-28 11:39:44
GAUSSIAN 的QMMM 計算,假如是用UFF力場的化..出錯率較低..我的建議是可以使用gromacs/GAMESS or Amber/Gaussian/Terachem 等等計算QMMM MD比較OK

谢谢回复,你说MD比较OK是指什么?我的体系一直没有跑通,但是师兄师姐的有跑通的呢,那我先试一下GAMESS吧,谢谢指导!
3楼2012-05-28 21:34:12
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

不喜欢豆芽

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by c00jsw00 at 2012-05-28 11:39:44
GAUSSIAN 的QMMM 計算,假如是用UFF力場的化..出錯率較低..我的建議是可以使用gromacs/GAMESS or Amber/Gaussian/Terachem 等等計算QMMM MD比較OK

不好意思,还得问一下您,我看了一下Gamess的版本,没有可以做的QM/MM的呀,不知道您说的是第几版?
4楼2012-05-28 22:16:07
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (小有名气)


本帖仅楼主可见
5楼2012-05-29 10:47:47
已阅   申请QC强帖   编辑   查看我的主页

不喜欢豆芽

木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by c00jsw00 at 2012-05-29 10:47:47
1. 假如你是使用AMBER的話要使用AMBER12,AMBER12可以很方便連結GAUSSIAN09/GAMESS/TERACHEM/NWCHEM 進行QMMM的計算..我有使用過
感覺蠻容易使用..使用假如你有用到GPU計算的話AMBER/TERACHEM是很好的選擇速度很快. ...

谢谢回复,问题解决了!
6楼2012-05-30 09:25:21
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 不喜欢豆芽 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿 南京航空航天大学 ,080500材料科学与工程学硕 +5 @taotao 2026-03-31 5/250 2026-03-31 23:08 by liu823948201
[考研] 271求调剂 +8 勒布朗@ 2026-03-31 10/500 2026-03-31 22:53 by wwytracy
[考研] 273求调剂 +8 李芷新1 2026-03-31 8/400 2026-03-31 22:15 by 天倌赐福
[考研] 一志愿北京科技大学085601材料工程英一数二初试总分335求调剂 +4 双马尾痞老板2 2026-03-31 4/200 2026-03-31 21:08 by Wang200018
[考研] 合肥区域性重点一本招收调剂 +4 6266jl 2026-03-30 8/400 2026-03-31 18:43 by 6266jl
[考研] 材料调剂 +9 Eujd1 2026-03-31 10/500 2026-03-31 18:41 by JourneyLucky
[考研] 346求调剂 一志愿070303有机化学 +11 萝卜炖青菜 2026-03-28 12/600 2026-03-31 17:54 by xhai2011
[考研] 086000生物与医药 初试274求调剂 +4 小叮当来了 2026-03-30 4/200 2026-03-31 16:48 by shengliu165
[考研] 考研调剂求助 +7 13287130938 2026-03-31 7/350 2026-03-31 16:39 by 690616278
[考研] 材料与化工(0856)304求B区调剂 +6 邱gl 2026-03-30 11/550 2026-03-31 16:34 by 邱gl
[考研] 270求调剂 +3 小杰pp 2026-03-31 4/200 2026-03-31 12:59 by wxiongid
[考研] 一志愿中国科学院大学265求调剂 +6 恬淡ye 2026-03-31 7/350 2026-03-31 11:28 by 恬淡ye
[考研] 食品工程专硕一志愿中海洋309求调剂 +5 小张zxy张 2026-03-26 10/500 2026-03-31 00:29 by jp9609
[考研] 328求调剂 +8 嗯滴的基本都 2026-03-27 8/400 2026-03-30 17:20 by Wang200018
[考研] 071010 323 分求调剂 +3 Baekzhy 2026-03-27 3/150 2026-03-30 14:24 by andresqi
[考研] 生物技术与工程 +7 1294608413 2026-03-25 8/400 2026-03-30 11:36 by 唐沐儿
[考研] 349求调剂 +6 李木子啊哈哈 2026-03-25 6/300 2026-03-29 12:47 by 无际的草原
[考研] 一志愿华理,数一英一285求A区调剂 +8 AZMK 2026-03-25 12/600 2026-03-28 18:15 by AZMK
[考研] 08开头275求调剂 +4 拉谁不重要 2026-03-26 4/200 2026-03-27 14:12 by Delta2012
[考研] 341求调剂 +7 青柠檬1 2026-03-26 7/350 2026-03-27 00:19 by wxiongid
信息提示
请填处理意见