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不喜欢豆芽

木虫 (小有名气)

[求助] QM/MM计算出错

大家好,我在用QM/MM跑蛋白质体系,一直无法顺利进行,今天好不容易有个结果出来了,结果体系还跑飞了,在计算的过程中就有很多*,不知道是结构太不合理了还是怎么了?我在跑QM/MM之前,先用sybyl简单的优化了一下,不知道谁有类似的经历,麻烦指点一下,谢谢了!附件是我的输入文件和输出文件。
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匿名

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gmy1990: 金币+2 2012-05-28 14:38:54
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2楼2012-05-28 11:39:44
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不喜欢豆芽

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by c00jsw00 at 2012-05-28 11:39:44
GAUSSIAN 的QMMM 計算,假如是用UFF力場的化..出錯率較低..我的建議是可以使用gromacs/GAMESS or Amber/Gaussian/Terachem 等等計算QMMM MD比較OK

谢谢回复,你说MD比较OK是指什么?我的体系一直没有跑通,但是师兄师姐的有跑通的呢,那我先试一下GAMESS吧,谢谢指导!
3楼2012-05-28 21:34:12
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不喜欢豆芽

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by c00jsw00 at 2012-05-28 11:39:44
GAUSSIAN 的QMMM 計算,假如是用UFF力場的化..出錯率較低..我的建議是可以使用gromacs/GAMESS or Amber/Gaussian/Terachem 等等計算QMMM MD比較OK

不好意思,还得问一下您,我看了一下Gamess的版本,没有可以做的QM/MM的呀,不知道您说的是第几版?
4楼2012-05-28 22:16:07
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匿名

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5楼2012-05-29 10:47:47
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不喜欢豆芽

木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by c00jsw00 at 2012-05-29 10:47:47
1. 假如你是使用AMBER的話要使用AMBER12,AMBER12可以很方便連結GAUSSIAN09/GAMESS/TERACHEM/NWCHEM 進行QMMM的計算..我有使用過
感覺蠻容易使用..使用假如你有用到GPU計算的話AMBER/TERACHEM是很好的選擇速度很快. ...

谢谢回复,问题解决了!
6楼2012-05-30 09:25:21
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