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liuxing1-1

至尊木虫 (知名作家)

[求助] 崩溃ing---PCR后无条带问题

本人打算做T-RFLP,现在正在做土壤总细菌16S PCR,引物是27F和1492R,PCR体系(25ul)是:dNTP(10UM) 0.5ul, 引物(10UM)各1uL,Taq E 0.5ul,10×buffer缓冲液(5U/uL),模板0.5uL,以水补齐。PCR条件是94℃预变性5 min,94℃变性30s,56℃退火30s,72℃延伸1.5 min,35个循环,72℃下延伸10min。按照这个条件,无法P出条带。期间,也换过EB染色液、TAE,但问题依旧。大家帮忙分析一下是什么原因吧。
还有,用先前提取的大田土壤DNA可以P出来,但是用我前两天刚刚提取的室内土样DNA竟然无法P出。下面个给出两种DNA的具体参数:
土样   浓度     260       280      260/280     260/230  PCR情况
大田    65.4     1.307     0.757     1.73           0.89         可以P出
室内    59.6     1.192     0.680     1.75           0.25         无法P出
室内    60.9      1.218    0.711    1.71             1.16         无法P出
请大家帮忙看看,这是怎么回事啊 ?
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yanhua_2006

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liuxing1-1: 金币+2 2012-05-12 09:23:57
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流哦 2012-05-12 15:38:34
我以前也出现过类似的问题,后来干脆直接整成50微升的体系,这样就好了。因为有些PCR管子的质量不是很好,会使酶液挂壁,影响PCR结果,总是P不出条带,后来我最近用的管子比较好,15微升都能P出来。还有一种方法,就是在PCR体系中加入一点儿BSA(牛血清白蛋白),好像对这种现象比较好用,不过我自己没有试过,建议,你可以试试。
9楼2012-05-11 19:51:27
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cheng_xiao

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-10 13:51:30
liuxing1-1: 金币+1 2012-05-10 16:30:27
呵呵,个人浅见啊,我觉得是材料的问题,你要的是16s核糖体RNA,这个家伙是翻译蛋白用的,你室内的的土样肯定比大田活性低的多,你检测时的结果大概是混有DNA,反正不能保证完全是RNA,你可以参考一下,实验顺利啊
我努力我奋斗我成功
2楼2012-05-10 11:36:18
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liuxing1-1

至尊木虫 (知名作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cheng_xiao at 2012-05-10 11:36:18:
呵呵,个人浅见啊,我觉得是材料的问题,你要的是16s核糖体RNA,这个家伙是翻译蛋白用的,你室内的的土样肯定比大田活性低的多,你检测时的结果大概是混有DNA,反正不能保证完全是RNA,你可以参考一下,实验顺利啊

我提取的是土壤DNA啊,不是RNA
3楼2012-05-10 11:47:33
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holyala

木虫 (著名写手)

砖家

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liuxing1-1: 金币+2 2012-05-10 16:30:21
西瓜: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-11 17:35:35
引用回帖:
2楼: Originally posted by cheng_xiao at 2012-05-10 11:36:18:
呵呵,个人浅见啊,我觉得是材料的问题,你要的是16s核糖体RNA,这个家伙是翻译蛋白用的,你室内的的土样肯定比大田活性低的多,你检测时的结果大概是混有DNA,反正不能保证完全是RNA,你可以参考一下,实验顺利啊

做16S一样可以从DNA开始的,不一定要提RNA再RT-PCR。16S rDNA这也不是什么新鲜概念了。

问LZ一个问题,你提完DNA就只测一个紫外就完了么?没有跑胶检测一下?DNA降解是可能的原因之一。另外,建议你做PCR的时候设置两个对照,阳性对照(确定能P出来的样本做模板)和阴性对照(无模板,补水),这样有利于分析结果,排除误差。
4楼2012-05-10 15:07:33
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