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ma_xiaowen

木虫 (正式写手)

[求助] 想要设计引物 可是NCBI中blast后只有蛋白序列 如何得到基因序列 谢谢啊

想要设计引物 可是NCBI中blast后只有蛋白序列 如何得到基因序列

我是想从一种真菌中P一个基因,但是找到了几个类似的,只能得到它的蛋白序列,却找不到基因序列 ,想问下虫友们,如何找到啊,或者是否能从蛋白序列去设计引物。

还有就是,在这一种病害的另一种致病菌中找相同的基因,就能找到基因序列,这是为什么啊?

DBSOURCE    accession 点开了 可是打开后也还是没有基因序列,是一部分一部分的蛋白序列

急需虫友们的帮助,小弟感激不尽啊
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yabxxh

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-05-11 13:43:48
听你的意思,你是想做同源克隆啊,那你就不用找什么基因序列了,估计目前没有发表的。同一个基因在不同物种里面一般会有高度保守的序列的,就像小鼠的Klotho基因和人的Klotho基因具有很高的同源性一样。
你可以找到这个蛋白的CDS序列(如果其CDS序列是标出来的),去Blast,然后取其高度保守的部分,设计兼并引物来进行PCR,这样就可以了。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

6楼2012-05-10 15:28:37
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yangbin1

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-09 13:55:38
在NCBI里的nucleotide 中搜索你要找的核酸序列,你可以根据基因名字查找,也可以根据ncbi序列号查找。用不着blast吧
2楼2012-05-09 09:47:53
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cheng_xiao

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-09 13:55:52
楼上的是一种方法,肯定有的NCBI里,你可以请教一下实验室的人,还有就是你不能以氨基酸序列来设计引物,差距太大,不容易得到结果,实验顺利啊,加油
我努力我奋斗我成功
3楼2012-05-09 10:48:47
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ma_xiaowen

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yangbin1 at 2012-05-09 09:47:53:
在NCBI里的nucleotide 中搜索你要找的核酸序列,你可以根据基因名字查找,也可以根据ncbi序列号查找。用不着blast吧

不好意思啊,是我说的不准确,NCBI里能找到那个基因,但是打开后,只有蛋白序列,没有像别的基因一样,能够出来基因的序列
4楼2012-05-10 13:21:00
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