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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 想要设计引物 可是NCBI中blast后只有蛋白序列 如何得到基因序列 谢谢啊
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ma_xiaowen

木虫 (正式写手)

[求助] 想要设计引物 可是NCBI中blast后只有蛋白序列 如何得到基因序列 谢谢啊

想要设计引物 可是NCBI中blast后只有蛋白序列 如何得到基因序列

我是想从一种真菌中P一个基因，但是找到了几个类似的，只能得到它的蛋白序列，却找不到基因序列 ，想问下虫友们，如何找到啊，或者是否能从蛋白序列去设计引物。

还有就是，在这一种病害的另一种致病菌中找相同的基因，就能找到基因序列，这是为什么啊？

DBSOURCE    accession 点开了 可是打开后也还是没有基因序列，是一部分一部分的蛋白序列

急需虫友们的帮助，小弟感激不尽啊
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1楼 2012-05-09 08:48:57
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ma_xiaowen

木虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by yabxxh at 2012-05-10 15:28:37:
听你的意思，你是想做同源克隆啊，那你就不用找什么基因序列了，估计目前没有发表的。同一个基因在不同物种里面一般会有高度保守的序列的，就像小鼠的Klotho基因和人的Klotho基因具有很高的同源性一样。
你可以找 ...

用CDS确实能找到啊，不过5个里面只找到了三个，其他的两个，没有基因序列显示，只有下面这些东西，求解释啊，非常感谢啊
CONTIG      join(ABJE01000167.1:1..25706,gap(176),ABJE01000168.1:1..24274,
            gap(7676),ABJE01000169.1:1..1663,gap(7637),ABJE01000170.1:1..33867,
            gap(125),ABJE01000171.1:1..5120,gap(unk100),ABJE01000172.1:1..9906,
赞一下 回复此楼
11楼2012-05-11 09:41:56
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yangbin1

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-09 13:55:38
在NCBI里的nucleotide 中搜索你要找的核酸序列，你可以根据基因名字查找，也可以根据ncbi序列号查找。用不着blast吧
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2楼2012-05-09 09:47:53
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cheng_xiao

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-09 13:55:52
楼上的是一种方法，肯定有的NCBI里，你可以请教一下实验室的人，还有就是你不能以氨基酸序列来设计引物，差距太大，不容易得到结果，实验顺利啊，加油
赞一下(2人) 回复此楼
我努力我奋斗我成功
3楼2012-05-09 10:48:47
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ma_xiaowen

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yangbin1 at 2012-05-09 09:47:53:
在NCBI里的nucleotide 中搜索你要找的核酸序列，你可以根据基因名字查找，也可以根据ncbi序列号查找。用不着blast吧

不好意思啊，是我说的不准确，NCBI里能找到那个基因，但是打开后，只有蛋白序列，没有像别的基因一样，能够出来基因的序列
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4楼2012-05-10 13:21:00
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查看全部 16 个回答
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