应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 关于启动子预测
81/1返回列表
查看: 2726  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)

[交流] 关于启动子预测

克隆启动子，得到一个2000多bp的片段，用不同的启动子预测软件预测的结果不一样
用PLACE预测，得到了一堆ABRERATCAL，ACGTATERD1，ANAERO2CONSENSUS， ASF1MOTIFCAMV，CAATBOX1 ，CACGTGMOTIF，CACTFTPPCA1，CGCGBOXAT等，但不知道怎么分析

用BDGP预测（利用神经网络算法预测真核及原核生物启动子）
结果如下：
Promoter predictions for 1 eukaryotic sequence with score cutoff 0.80 (transcription start shown in larger font):


然后用其他的软件就预测不到，比方说PROMOTER 2.0, Web Promoter Scan Service


这以上的结果说明了什么呢？请各位大侠明示。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-05-02 08:45:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)
下面的那幅图是用BDGP预测的
赞一下 回复此楼
2楼2012-05-02 08:46:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

angie8610

铁虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西瓜: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-08 18:56:23
综合各个软件的分析结果再根据启动子核心区域的一些特征，比如CpG岛TATAbox等等确定，这个确实是一个很复杂的工作。。。
赞一下 回复此楼
3楼2012-05-02 08:59:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Diacetyl

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我把目的基因的启动子上游、至上一个基因的所有序列都扒下来了
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-05-02 11:09:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

boyx

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，您的启动子信息分析怎么样了，我也正做这个，能否交流一下，期待回复。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

xjapril
5楼2012-07-21 16:18:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xjapril

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by boyx at 2012-07-21 16:18:21
楼主，您的启动子信息分析怎么样了，我也正做这个，能否交流一下，期待回复。

我也在做启动子，不知道怎么预测啊？交流一下呗
赞一下 回复此楼
6楼2013-10-11 21:44:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xjapril

新虫 (初入文坛)
你弄明白了吗？交流一下呗
赞一下 回复此楼
7楼2013-10-11 21:45:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wh672

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
同样在做预测，看不懂。。
赞一下 回复此楼
8楼2018-11-30 16:05:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xiazhiwuxie 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭