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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » microRNA的启动子如何确定及预测
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9号逐梦客

新虫 (正式写手)

[求助] microRNA的启动子如何确定及预测 已有1人参与

大家好，我想请问个问题，就是microRNA的启动子如何确定，比如基因的启动子一般默认为前面的2K，但是microRNA的呢？这个要怎么做？

还有一个问题就是大家知道不知道哪里可以预测启动子上的转录因子结合位点，知道的分享一下吧。谢谢大家了。
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为了梦想不断坚持在路上
1楼 2013-03-08 20:36:03
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huazhiyun

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

基因内的miRNA一般是和基因一起转录的，也就是和基因公用一个启动子，基因间的miRNA有自身的启动子，需要预测。
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每天进步一点点~
2楼2013-03-13 09:27:30
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9号逐梦客

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huazhiyun at 2013-03-13 09:27:30
基因内的miRNA一般是和基因一起转录的，也就是和基因公用一个启动子，基因间的miRNA有自身的启动子，需要预测。

是需要预测的，但是就算是位于基因内的miRNA，它一定就是和基因公用一个启动子吗？
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为了梦想不断坚持在路上
3楼2013-03-13 11:32:27
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huazhiyun

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 9号逐梦客 at 2013-03-13 11:32:27
是需要预测的，但是就算是位于基因内的miRNA，它一定就是和基因公用一个启动子吗？...

正好在看一篇文献，里面有段供参考：Intergenic miRNAs are transcribed as autonomous
units with their own promoter/regulatory region, from
RNA Polymerase II or III; about a 50% of intergenic
miRNAs are found in close proximity to other miRNAs,
forming extended clusters which are transcribed as single
polycistronic unit [16]. Intronic miRNAs, residing within
protein coding genes or non-coding genes, seem to be
transcriptionally related to the expression of their host
gene and processed in consequence of the spliceosome
formation
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每天进步一点点~
4楼2013-03-13 16:02:35
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9号逐梦客

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by huazhiyun at 2013-03-13 16:02:35
正好在看一篇文献，里面有段供参考：Intergenic miRNAs are transcribed as autonomous
units with their own promoter/regulatory region, from
RNA Polymerase II or III; about a 50% of intergenic
miRNAs  ...

哦，谢谢了，看来对于miRNA来说，现在关于它的启动子这些问题现在还没有一个统一的方法去预测，还是需要实验去不断的摸索了。
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为了梦想不断坚持在路上
5楼2013-03-13 18:32:38
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白哉vince

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by huazhiyun at 2013-03-13 16:02:35
正好在看一篇文献，里面有段供参考：Intergenic miRNAs are transcribed as autonomous
units with their own promoter/regulatory region, from
RNA Polymerase II or III; about a 50% of intergenic
miRNAs  ...

你好，能麻烦提供一下这篇文献，或是提供下这篇文献的全名么，感激不尽！
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6楼2015-03-12 15:15:35
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yantaowang

金虫 (正式写手)

奋斗小青年

【答案】应助回帖

启动子在线预测网站：
http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/
http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
至于miRNA 的启动子，我最近也想往这方面发展，有什么问题一起交流哈，我主要做植物。
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我生命里的温暖就那么多......全部给了你！
7楼2015-09-20 13:48:09
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