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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 关于启动子预测
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xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)

[交流] 关于启动子预测

克隆启动子，得到一个2000多bp的片段，用不同的启动子预测软件预测的结果不一样
用PLACE预测，得到了一堆ABRERATCAL，ACGTATERD1，ANAERO2CONSENSUS， ASF1MOTIFCAMV，CAATBOX1 ，CACGTGMOTIF，CACTFTPPCA1，CGCGBOXAT等，但不知道怎么分析

用BDGP预测（利用神经网络算法预测真核及原核生物启动子）
结果如下：
Promoter predictions for 1 eukaryotic sequence with score cutoff 0.80 (transcription start shown in larger font):


然后用其他的软件就预测不到，比方说PROMOTER 2.0, Web Promoter Scan Service


这以上的结果说明了什么呢？请各位大侠明示。
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1楼 2012-05-02 08:45:39
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xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)
下面的那幅图是用BDGP预测的
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2楼2012-05-02 08:46:20
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angie8610

铁虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
西瓜: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-08 18:56:23
综合各个软件的分析结果再根据启动子核心区域的一些特征，比如CpG岛TATAbox等等确定，这个确实是一个很复杂的工作。。。
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3楼2012-05-02 08:59:09
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Diacetyl

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我把目的基因的启动子上游、至上一个基因的所有序列都扒下来了
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4楼2012-05-02 11:09:43
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boyx

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，您的启动子信息分析怎么样了，我也正做这个，能否交流一下，期待回复。
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xjapril
5楼2012-07-21 16:18:21
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xjapril

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by boyx at 2012-07-21 16:18:21
楼主，您的启动子信息分析怎么样了，我也正做这个，能否交流一下，期待回复。

我也在做启动子，不知道怎么预测啊？交流一下呗
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6楼2013-10-11 21:44:41
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xjapril

新虫 (初入文坛)
你弄明白了吗？交流一下呗
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7楼2013-10-11 21:45:16
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wh672

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
同样在做预测，看不懂。。
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8楼2018-11-30 16:05:27
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