24小时热门版块排行榜    

查看: 2779  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)


[交流] 关于启动子预测

克隆启动子,得到一个2000多bp的片段,用不同的启动子预测软件预测的结果不一样
用PLACE预测,得到了一堆ABRERATCAL,ACGTATERD1,ANAERO2CONSENSUS, ASF1MOTIFCAMV,CAATBOX1 ,CACGTGMOTIF,CACTFTPPCA1,CGCGBOXAT等,但不知道怎么分析

用BDGP预测(利用神经网络算法预测真核及原核生物启动子)
结果如下:
Promoter predictions for 1 eukaryotic sequence with score cutoff 0.80 (transcription start shown in larger font):


然后用其他的软件就预测不到,比方说PROMOTER 2.0, Web Promoter Scan Service


这以上的结果说明了什么呢?请各位大侠明示。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

angie8610

铁虫 (小有名气)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西瓜: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-08 18:56:23
综合各个软件的分析结果再根据启动子核心区域的一些特征,比如CpG岛TATAbox等等确定,这个确实是一个很复杂的工作。。。
3楼2012-05-02 08:59:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)


下面的那幅图是用BDGP预测的
2楼2012-05-02 08:46:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Diacetyl

铁虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我把目的基因的启动子上游、至上一个基因的所有序列都扒下来了
4楼2012-05-02 11:09:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

boyx

金虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主,您的启动子信息分析怎么样了,我也正做这个,能否交流一下,期待回复。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2012-07-21 16:18:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 211本,11408一志愿中科院277分,曾在中科院自动化所实习 +3 Losir 2026-03-12 4/200 2026-03-16 21:52 by Losir
[考研] 286求调剂 +3 lemonzzn 2026-03-16 5/250 2026-03-16 20:43 by lemonzzn
[考研] 化学调剂0703 +8 啊我我的 2026-03-11 8/400 2026-03-16 17:23 by 我的船我的海
[考研] 304求调剂 +5 素年祭语 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:00 by 我的船我的海
[考研] 304求调剂 +3 曼殊2266 2026-03-14 3/150 2026-03-16 16:39 by houyaoxu
[考研] 0856求调剂 +3 刘梦微 2026-03-15 3/150 2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[基金申请] NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗 20+5 NSFC2026我来了 2026-03-10 14/700 2026-03-15 23:53 by 不负韶华的虎
[考博] 东华理工大学化材专业26届硕士博士申请 +6 zlingli 2026-03-13 6/300 2026-03-15 20:00 by ryzcf
[考博] 欢迎申博同学联系 +3 天道酬勤2026686 2026-03-10 7/350 2026-03-15 19:03 by 天道酬勤2026686
[考研] 274求调剂 +4 时间点 2026-03-13 4/200 2026-03-15 15:29 by Rambo13
[考研] 085601材料工程315分求调剂 +3 yang_0104 2026-03-15 3/150 2026-03-15 10:58 by peike
[考研] 080500,材料学硕302分求调剂学校 +4 初识可乐 2026-03-14 5/250 2026-03-14 21:08 by peike
[考研] 材料与化工(0856)304求B区调剂 +7 邱gl 2026-03-10 11/550 2026-03-14 12:18 by 邱gl
[考研] 材料080500调剂求收留 +3 一颗meteor 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:54 by peike
[考研] 四川大学085601材料工程专硕 初试294求调剂 +4 祝我们好在冬天 2026-03-11 4/200 2026-03-13 21:39 by peike
[考研] 281求调剂 +9 Koxui 2026-03-12 11/550 2026-03-13 20:50 by Koxui
[考研] 277求调剂 +4 anchor17 2026-03-12 4/200 2026-03-13 11:15 by 白夜悠长
[考研] 08食品或轻工求调剂,本科发表3篇sci一区top论文,一志愿南师大食品科学与工程 +3 我是一个兵, 2026-03-10 3/150 2026-03-13 10:21 by Yuyi.
[考博] 读博申请 +5 感dd 2026-03-10 7/350 2026-03-11 17:02 by QGZDSYS
[考研] 279求调剂 +3 莫xiao 2026-03-10 4/200 2026-03-11 08:06 by 斩魂滴兔子!
信息提示
请填处理意见