24小时热门版块排行榜    

查看: 2778  |  回复: 7

xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)


[交流] 关于启动子预测

克隆启动子,得到一个2000多bp的片段,用不同的启动子预测软件预测的结果不一样
用PLACE预测,得到了一堆ABRERATCAL,ACGTATERD1,ANAERO2CONSENSUS, ASF1MOTIFCAMV,CAATBOX1 ,CACGTGMOTIF,CACTFTPPCA1,CGCGBOXAT等,但不知道怎么分析

用BDGP预测(利用神经网络算法预测真核及原核生物启动子)
结果如下:
Promoter predictions for 1 eukaryotic sequence with score cutoff 0.80 (transcription start shown in larger font):


然后用其他的软件就预测不到,比方说PROMOTER 2.0, Web Promoter Scan Service


这以上的结果说明了什么呢?请各位大侠明示。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)


下面的那幅图是用BDGP预测的
2楼2012-05-02 08:46:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

angie8610

铁虫 (小有名气)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西瓜: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-08 18:56:23
综合各个软件的分析结果再根据启动子核心区域的一些特征,比如CpG岛TATAbox等等确定,这个确实是一个很复杂的工作。。。
3楼2012-05-02 08:59:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Diacetyl

铁虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我把目的基因的启动子上游、至上一个基因的所有序列都扒下来了
4楼2012-05-02 11:09:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

boyx

金虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主,您的启动子信息分析怎么样了,我也正做这个,能否交流一下,期待回复。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2012-07-21 16:18:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xjapril

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by boyx at 2012-07-21 16:18:21
楼主,您的启动子信息分析怎么样了,我也正做这个,能否交流一下,期待回复。

我也在做启动子,不知道怎么预测啊?交流一下呗
6楼2013-10-11 21:44:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xjapril

新虫 (初入文坛)


你弄明白了吗?交流一下呗
7楼2013-10-11 21:45:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wh672

金虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
同样在做预测,看不懂。。
8楼2018-11-30 16:05:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xiazhiwuxie 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 286求调剂 +3 lemonzzn 2026-03-16 5/250 2026-03-16 20:43 by lemonzzn
[考研] 一志愿苏州大学材料工程(085601)专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +3 大火山小火山 2026-03-16 5/250 2026-03-16 16:54 by barlinike
[考研] 311求调剂 +5 26研0 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:21 by a不易
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
[考博] 欢迎申博同学联系 +3 天道酬勤2026686 2026-03-10 7/350 2026-03-15 19:03 by 天道酬勤2026686
[考研] 289求调剂 +5 步川酷紫123 2026-03-11 5/250 2026-03-15 00:45 by kruisytel
[考研] 材料工程327求调剂 +3 xiaohe12w 2026-03-11 3/150 2026-03-14 20:20 by ms629
[考研] 255求调剂 +3 李嘉慧, 2026-03-12 4/200 2026-03-14 16:58 by 有只狸奴
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 5/250 2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[考研] 一志愿安徽大学材料工程专硕313分,求调剂的学校 +8 Yu先生 2026-03-10 10/500 2026-03-14 01:04 by JourneyLucky
[考研] 0856材料与化工309分求调剂 +6 ZyZy…… 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:38 by JourneyLucky
[考研] 271求调剂 +10 生如夏花… 2026-03-11 10/500 2026-03-14 00:35 by 卖报员小雨
[考研] 0805,333求调剂 +3 112253525 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:42 by JourneyLucky
[考研] 0703,333分求调剂 一志愿郑州大学-物理化学 +3 李魔女斗篷 2026-03-11 3/150 2026-03-13 22:24 by JourneyLucky
[考研] 求调剂(材料与化工327) +4 爱吃香菜啦 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:11 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工085600调剂求老师收留 +9 jiaanl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 20:22 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +5 一定有学上- 2026-03-12 5/250 2026-03-13 18:31 by ms629
[考研] 290求调剂 +7 ADT 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:17 by JourneyLucky
[考研] 274求调剂0856材料化工 +12 z2839474511 2026-03-11 13/650 2026-03-13 10:39 by peike
[考研] 279求调剂 +3 莫xiao 2026-03-10 4/200 2026-03-11 08:06 by 斩魂滴兔子!
信息提示
请填处理意见