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xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)


[交流] 关于启动子预测

克隆启动子,得到一个2000多bp的片段,用不同的启动子预测软件预测的结果不一样
用PLACE预测,得到了一堆ABRERATCAL,ACGTATERD1,ANAERO2CONSENSUS, ASF1MOTIFCAMV,CAATBOX1 ,CACGTGMOTIF,CACTFTPPCA1,CGCGBOXAT等,但不知道怎么分析

用BDGP预测(利用神经网络算法预测真核及原核生物启动子)
结果如下:
Promoter predictions for 1 eukaryotic sequence with score cutoff 0.80 (transcription start shown in larger font):


然后用其他的软件就预测不到,比方说PROMOTER 2.0, Web Promoter Scan Service


这以上的结果说明了什么呢?请各位大侠明示。
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xjapril

新虫 (初入文坛)



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送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by boyx at 2012-07-21 16:18:21
楼主,您的启动子信息分析怎么样了,我也正做这个,能否交流一下,期待回复。

我也在做启动子,不知道怎么预测啊?交流一下呗
6楼2013-10-11 21:44:41
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xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)


下面的那幅图是用BDGP预测的
2楼2012-05-02 08:46:20
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angie8610

铁虫 (小有名气)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西瓜: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-08 18:56:23
综合各个软件的分析结果再根据启动子核心区域的一些特征,比如CpG岛TATAbox等等确定,这个确实是一个很复杂的工作。。。
3楼2012-05-02 08:59:09
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Diacetyl

铁虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我把目的基因的启动子上游、至上一个基因的所有序列都扒下来了
4楼2012-05-02 11:09:43
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