24小时热门版块排行榜    

查看: 2774  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)


[交流] 关于启动子预测

克隆启动子,得到一个2000多bp的片段,用不同的启动子预测软件预测的结果不一样
用PLACE预测,得到了一堆ABRERATCAL,ACGTATERD1,ANAERO2CONSENSUS, ASF1MOTIFCAMV,CAATBOX1 ,CACGTGMOTIF,CACTFTPPCA1,CGCGBOXAT等,但不知道怎么分析

用BDGP预测(利用神经网络算法预测真核及原核生物启动子)
结果如下:
Promoter predictions for 1 eukaryotic sequence with score cutoff 0.80 (transcription start shown in larger font):


然后用其他的软件就预测不到,比方说PROMOTER 2.0, Web Promoter Scan Service


这以上的结果说明了什么呢?请各位大侠明示。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

boyx

金虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主,您的启动子信息分析怎么样了,我也正做这个,能否交流一下,期待回复。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2012-07-21 16:18:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

xiazhiwuxie

银虫 (小有名气)


下面的那幅图是用BDGP预测的
2楼2012-05-02 08:46:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

angie8610

铁虫 (小有名气)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西瓜: 金币+1, 鼓励交流 2012-05-08 18:56:23
综合各个软件的分析结果再根据启动子核心区域的一些特征,比如CpG岛TATAbox等等确定,这个确实是一个很复杂的工作。。。
3楼2012-05-02 08:59:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Diacetyl

铁虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我把目的基因的启动子上游、至上一个基因的所有序列都扒下来了
4楼2012-05-02 11:09:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0854控制工程 359求调剂 可跨专业 +3 626776879 2026-03-14 9/450 2026-03-16 17:42 by 626776879
[考研] 一志愿211 0703方向310分求调剂 +3 努力奋斗112 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:44 by houyaoxu
[考研] 0703化学336分求调剂 +3 zbzihdhd 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:44 by 我的船我的海
[考研] 材料与化工专硕调剂 +3 heming3743 2026-03-16 3/150 2026-03-16 15:05 by peike
[考研] 277材料科学与工程080500求调剂 +3 自由煎饼果子 2026-03-16 3/150 2026-03-16 14:10 by 运气yunqi
[考研] 308 085701 四六级已过求调剂 +7 温乔乔乔乔 2026-03-12 14/700 2026-03-14 10:49 by JourneyLucky
[基金申请] 有必要更换申报口吗 20+3 fannyamoy 2026-03-11 3/150 2026-03-14 00:52 by zhanghaozhu
[考研] 求调剂,一志愿江南大学环境工程085701 +3 Djdjj12 2026-03-10 4/200 2026-03-14 00:31 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工(0856)304求B区调剂 +6 邱gl 2026-03-12 7/350 2026-03-13 23:24 by 邱gl
[考研] 332求调剂 +3 zjy101327 2026-03-11 6/300 2026-03-13 22:48 by JourneyLucky
[考研] 求材料调剂 085600英一数二总分302 前三科235 精通机器学习 一志愿哈工大 +4 林yaxin 2026-03-12 4/200 2026-03-13 22:04 by 星空星月
[考研] 333求调剂 +3 球球古力 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:27 by JourneyLucky
[考研] 求b区学校调剂 +3 周56 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:20 by JourneyLucky
[考研] 工科278分求调剂 +5 周慢热啊 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:49 by JourneyLucky
[考研] 材料301分求调剂 +5 Liyouyumairs 2026-03-12 5/250 2026-03-13 14:42 by JourneyLucky
[考研] 268求调剂 +4 好运连绵不绝 2026-03-12 4/200 2026-03-13 10:45 by hyswxzs
[考研] 341求调剂 +4 捣蛋猪猪 2026-03-11 4/200 2026-03-12 14:47 by ruiyingmiao
[考研] 420求调剂 +4 莫向外求11 2026-03-10 6/300 2026-03-12 14:41 by ruiyingmiao
[考研] 0703化学调剂 +3 三dd. 2026-03-10 3/150 2026-03-10 15:45 by peike
[考研] 一志愿:武汉理工,材料工程,英二数二 总分314 +3 2202020125 2026-03-10 4/200 2026-03-10 13:54 by xiongyaxuan
信息提示
请填处理意见