应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » AUTODOCK 经验交流和提问回答主题帖
951/2返回列表12下一页
查看: 3590  |  回复: 94
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 zh1987hs 的 31 个金币 ，回帖就立即获得 1 个金币，每人有 1 次机会

zh1987hs

金虫 (著名写手)

[交流] AUTODOCK 经验交流和提问回答主题帖

autodock是一个免费的对接软件，其在众多高水平文章中被引用。作为一个autodock使用者来说，有必要和大家进行交流和讨论，因此，本版块想开展一下针对AUTODOCK的学习贴，希望大家积极提问，互相交流。
楼主的职责是：回答虫友的一些简单问题，上传一些AUTODOCK的教程。
也希望各位AUTODOCK的高手，能在该贴里积极回答大家的提问，也奉献一些自己的经验。希望各位支持！
4.2更新： 教程下载：http://good.gd/2001339.htm

[ 来自科研家族 寂寞大虫家族 ]

[ Last edited by zh1987hs on 2012-4-2 at 10:59 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

收一收，集各位虫虫的精华帖子 药物设计软件 新药创新之路

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

xinfeng_221 smileyou iewa 河外生命

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼2012-04-01 22:58:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖置顶 ( 共有21个 )

河外生命

木虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
送鲜花一朵
非常好的资源，正要学习这方面内容，谢谢楼主！
赞一下 回复此楼
67楼2012-07-18 23:56:10
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晓晓瑶

铜虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
我是做Autodock，做药物与BSA的对接
我现在还是迷迷糊糊的，想问下对接的意义是什么呢，对接好了后哪些参数是有意义来参考的呢，对接要对出怎样子的一个境界才是好的呢？
赞一下 回复此楼
69楼2012-07-20 18:52:24
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)
引用回帖:
69楼: Originally posted by 晓晓瑶 at 2012-07-20 18:52:24
我是做Autodock，做药物与BSA的对接
我现在还是迷迷糊糊的，想问下对接的意义是什么呢，对接好了后哪些参数是有意义来参考的呢，对接要对出怎样子的一个境界才是好的呢？

现在单纯的对接通常作为进一步模拟的初始过程，对接的意义在于确定蛋白和小分子的基本结合构象，如果你是做虚拟筛选，做到对接就能比较结合能，结合模式等信息，如果是做特定药物和蛋白的结合，可能后续还需要做一些分子动力学模拟才可以~
赞一下(1人) 回复此楼
70楼2012-07-20 19:05:46
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晓晓瑶

铜虫 (小有名气)
请问楼主，autodock输出文件我变成pdb用spv这个程序打开
我做的是BSA与药物的结合，实验结果主要是范德华作用力
那么在spv这个程序中怎么看呢？
赞一下 回复此楼
72楼2012-07-21 23:22:56
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晓晓瑶

铜虫 (小有名气)
楼主，在autodock的dlg文件输出中，binding mode应该怎么看，我为什么看不到的呢？
赞一下 回复此楼
73楼2012-07-21 23:25:22
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)
引用回帖:
73楼: Originally posted by 晓晓瑶 at 2012-07-21 23:25:22
楼主，在autodock的dlg文件输出中，binding mode应该怎么看，我为什么看不到的呢？

binding mode实际上就是指结合后的构象，就是底物和酶具体是怎么结合的，这个在你用ADT打开dlg文件时，是可以看到的~具体怎么看可以看看AD4的教程
赞一下 回复此楼
74楼2012-07-22 08:35:56
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)
引用回帖:
72楼: Originally posted by 晓晓瑶 at 2012-07-21 23:22:56
请问楼主，autodock输出文件我变成pdb用spv这个程序打开
我做的是BSA与药物的结合，实验结果主要是范德华作用力
那么在spv这个程序中怎么看呢？

那你应该看打分函数，而不是结合的模式，如果打分函数里vdw占的比例比较大，即对结合能贡献的比较多，那就说明主要依靠范德华作用力结合，你能通过实验结果看出主要是范德华作用力？用荧光还是ITC?
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

晓晓瑶
75楼2012-07-22 14:44:00
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晓晓瑶

铜虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
75楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-22 14:44:00
那你应该看打分函数，而不是结合的模式，如果打分函数里vdw占的比例比较大，即对结合能贡献的比较多，那就说明主要依靠范德华作用力结合，你能通过实验结果看出主要是范德华作用力？用荧光还是ITC?...

荧光呢，打分函数该怎么看呢？
赞一下 回复此楼
76楼2012-07-22 21:57:09
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)
引用回帖:
76楼: Originally posted by 晓晓瑶 at 2012-07-22 21:57:09
荧光呢，打分函数该怎么看呢？...

这个是在dlg文件里有的，然后你看看autodock 4.2的教程，里面有详细介绍AD的打分函数的~哈哈
赞一下(1人) 回复此楼
77楼2012-07-23 09:59:05
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)
引用回帖:
78楼: Originally posted by 晓晓瑶 at 2012-07-23 19:03:35
谢谢楼主...

http://autodock.scripps.edu/resources/science/equations
关于autodock的打分函数可以看这个地方，里面是包含了范德华力这一项的，如果在dlg文件里这一项占总结合能的比例比较大的话，你可以推测范德华力在结合中占有主要作用。但是AD本身的打分函数就是半经验的，你这么分析很有可能被审稿人质疑，切记！
赞一下 回复此楼
79楼2012-07-23 19:57:19
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晓晓瑶

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
79楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-23 19:57:19
http://autodock.scripps.edu/resources/science/equations
关于autodock的打分函数可以看这个地方，里面是包含了范德华力这一项的，如果在dlg文件里这一项占总结合能的比例比较大的话，你可以推测范德华力在结合 ...

那么我的文件用pdb导出后，发现药物周围的氨基酸是非极性氨基酸占多数，那么可不可以用来证明范德华力的作用呢？
赞一下 回复此楼
80楼2012-07-23 23:46:36
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)
引用回帖:
80楼: Originally posted by 晓晓瑶 at 2012-07-23 23:46:36
那么我的文件用pdb导出后，发现药物周围的氨基酸是非极性氨基酸占多数，那么可不可以用来证明范德华力的作用呢？...

当然不可以啦~少数的极性氨基酸同样可能在结合药物的时候起关键作用啊~因为有时候蛋白和底物的结合可能就是一个关键的氢键再起作用
赞一下 回复此楼
81楼2012-07-24 08:10:57
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

378997595

新虫 (初入文坛)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
用同源模建的蛋白质，docking后和文献上氨基酸序号对不上怎么办呢？
赞一下 回复此楼
82楼2012-07-25 20:20:03
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)
引用回帖:
82楼: Originally posted by 378997595 at 2012-07-25 20:20:03
用同源模建的蛋白质，docking后和文献上氨基酸序号对不上怎么办呢？

文献上的氨基酸序号指的是你的模板蛋白还是目标蛋白的序号？如果是前者，对不上很正常，因为编码基因在进化的过程中会有插入或缺失，如果是后者，可能是你用的同源模建软件没有对全长建模
赞一下 回复此楼
83楼2012-07-25 20:43:27
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zlp-lw

木虫 (正式写手)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
请问谁有autodock这个软件可不可以给我发一下！本人将不甚感激，谢谢啦。。。
赞一下 回复此楼
84楼2012-07-26 08:48:02
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)
http://autodock.scripps.edu/down ... -4-2-download-page/
赞一下 回复此楼
85楼2012-07-26 08:52:30
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

晓晓瑶

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
81楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-24 08:10:57
当然不可以啦~少数的极性氨基酸同样可能在结合药物的时候起关键作用啊~因为有时候蛋白和底物的结合可能就是一个关键的氢键再起作用...

那么我这样子的结合非极性氨基酸周围的这么多，难道还是说明有疏水作用存在么，我解释的时候该怎么入手呢？
赞一下 回复此楼
86楼2012-07-26 09:51:09
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)
引用回帖:
86楼: Originally posted by 晓晓瑶 at 2012-07-26 09:51:09
那么我这样子的结合非极性氨基酸周围的这么多，难道还是说明有疏水作用存在么，我解释的时候该怎么入手呢？...

那就只能定性说明了~如果你非得把对接结果往你的实验结果上靠，你就说：通过对接发现底物是怎么结合的。。。。。，活性位点周围大部分是非极性氨基酸，因此，底物和酶可能主要通过范德华力结合，这与荧光的结果相一致。。。。。等等就可以了~
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

晓晓瑶
87楼2012-07-26 11:35:10
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

84948414

金虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
我也是零基础，但是想学这个东西，感谢楼主，会继续关注的
赞一下 回复此楼
89楼2012-07-27 10:58:45
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)
引用回帖:
89楼: Originally posted by 84948414 at 2012-07-27 10:58:45
我也是零基础，但是想学这个东西，感谢楼主，会继续关注的

哈哈~学习期间有什么问题就问哈~
赞一下(1人) 回复此楼
90楼2012-07-27 11:10:35
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

河外生命

木虫 (小有名气)
正要学习这方面内容，谢谢lz
赞一下 回复此楼
91楼2012-07-27 16:36:08
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuguangyun

新虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
望LZ多穿些教程，我是i初学者零基础
赞一下 回复此楼
4楼2012-04-02 09:45:12
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

唯美的心

木虫 (著名写手)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
不知道哎
回复此楼
6楼2012-04-02 10:15:47
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linxi5925

至尊木虫 (知名作家)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
祝福楼主。。。。。。。。。。。。
回复此楼
19楼2012-04-02 11:59:52
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fyfeng

铁杆木虫 (文坛精英)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与



以后想学一学，先收着！！！
赞一下 回复此楼
28楼2012-04-02 15:45:36
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

鸡腿套餐

木虫 (著名写手)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
我也想学，希望楼主能多传教程
赞一下 回复此楼
31楼2012-04-03 23:51:52
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyxme

至尊木虫 (文坛精英)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
祝福楼主
回复此楼
32楼2012-04-04 00:25:07
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dragonli

金虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
好想学习。
回复此楼
44楼2012-04-05 17:06:16
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

紫陌洛城汐

木虫 (正式写手)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
不知道尼
回复此楼
46楼2012-04-05 18:07:40
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
zhuysh052楼
2012-04-01 23:22   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
见证20113楼
2012-04-01 23:24   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
yaya2135楼
2012-04-02 10:05   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
紫芳枝叶7楼
2012-04-02 10:16   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
三龙大内8楼
2012-04-02 10:23   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
3566349269楼
2012-04-02 10:24   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
她的睫毛Wa10楼
2012-04-02 10:27   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
yuyu9841211楼
2012-04-02 10:34   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
kanghuijun12楼
2012-04-02 10:43   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
xiaomeiliangxin13楼
2012-04-02 10:45   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
wsh59814楼
2012-04-02 10:51   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
hls8591515楼
2012-04-02 11:07   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
祝福
mycloudwind16楼
2012-04-02 11:15   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
一个小水滴17楼
2012-04-02 11:21   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
碎雨尘音18楼
2012-04-02 11:28   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
林某某20楼
2012-04-02 12:06   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
liu2004m21楼
2012-04-02 12:17   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
祝福
axiang222173122楼
2012-04-02 12:32   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
xmcpp23楼
2012-04-02 12:52   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
xmccolor24楼
2012-04-02 12:58   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
韩飞125楼
2012-04-02 13:32   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
windstory26楼
2012-04-02 14:12   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
gter_wang27楼
2012-04-02 14:36   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
li1989110829楼
2012-04-02 15:55   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
dudushanren30楼
2012-04-02 16:16   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
xmcpp33楼
2012-04-04 00:36   回复  
untrue34楼
2012-04-04 06:37   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
jet-lag35楼
2012-04-04 06:45   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
hzhstar36楼
2012-04-04 07:45   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
N22237楼
2012-04-04 08:01   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
cnlah38楼
2012-04-04 08:13   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
wwangmengjie39楼
2012-04-04 08:14   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
yuan30840楼
2012-04-04 09:00   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
假大空41楼
2012-04-04 09:31   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
jack75742楼
2012-04-04 09:39   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
唯美的心43楼
2012-04-04 10:21   回复  
唯美的心45楼
2012-04-05 17:34   回复  
jiaoyixiong47楼
2012-04-05 21:50   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
zanelane48楼
2012-04-07 11:15   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
3q
见证201149楼
2012-04-07 11:17   回复  
ansonal50楼
2012-04-07 11:30   回复  
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 zh1987hs 的主题更新
951/2返回列表12下一页
提示: 如果您在30分钟内回复过其他散金贴，则可能无法领取此贴金币
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[育儿交流] 关于老人给家有两兄弟带娃的问题 +7 0908022111 2024-12-24 8/400 2024-12-25 10:34 by Fan_
[考博] 2025博士招生 +3 生生不息厉害啊 2024-12-23 4/200 2024-12-25 10:18 by 百晓cc
[教师之家] 你们都降薪了吗？ +16 红枣葡萄干 2024-12-18 17/850 2024-12-25 10:01 by lide966
[考博] 要不要加博导微信 +5 姑且随风而去 2024-12-24 12/600 2024-12-25 08:56 by 姑且随风而去
[考博] 2025届化工专业博士申请 5+3 Hkeyan 2024-12-23 5/250 2024-12-25 08:47 by highxixi
[考博] 求老师哦！ +9 景小凯 2024-12-20 9/450 2024-12-25 00:10 by 糊糊涂涂好
[功能材料] 请教大神，带隙是DFT计算出来的还是实验测出来的？ 10+3 大力2010 2024-12-21 7/350 2024-12-24 11:17 by 铃铛-T12
[考博] 中山医学院生物信息申博 +4 wcy98117 2024-12-22 4/200 2024-12-24 11:08 by zjhzclm
[论文投稿] International Journal of Biological Macromolecules 10+4 123smiles 2024-12-22 6/300 2024-12-24 09:15 by 123smiles
[硕博家园] 南京大学金融科技研究中心诚招会计审计财务分析方面的顾问专家（可远程兼职） +4 cowhorce 2024-12-23 5/250 2024-12-24 08:34 by cowhorce
[考博] 2025申博 +3 梁艺艺 2024-12-21 4/200 2024-12-24 06:20 by firen2020
[基金申请] 大论文改改变成项目申请书 +6 wusiqi2020 2024-12-21 6/300 2024-12-23 17:28 by 星雨寒Mos
[论文投稿] 三个手稿 10+5 s爱吃芒果 2024-12-22 9/450 2024-12-23 16:32 by 世界之源
[有机交流] 装柱干法上样 +5 刘松垚 2024-12-20 5/250 2024-12-23 13:14 by 风永不止步
[找工作] 柔引引进博士硕士。 +21 大发财树 2024-12-18 22/1100 2024-12-23 09:32 by Demo呆萌
[考博] 申博的科研计划书怎么写？ +6 爱喝风的龙卷茶 2024-12-19 11/550 2024-12-23 07:55 by vincent_hpax
[硕博家园] 脂质氧化 +3 song794 2024-12-22 4/200 2024-12-22 14:12 by song794
[硕博家园] 招聘博士 +7 大发财树 2024-12-18 8/400 2024-12-21 16:17 by yanjiaming
[论文投稿] Transportation Research Part C 投稿模板 5+3 Yetzirah 2024-12-20 4/200 2024-12-20 16:32 by 北京莱茵润色
[教师之家] 删了哦 (EPI+-1)(金币-50) +5 原因在哪里 2024-12-18 6/300 2024-12-19 12:25 by keikofans
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭