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cy0010

铜虫 (小有名气)

[求助] 请问autodock实际运用中可以设置几个活性残基作为对接位点?

请问autodock实际运用中可以设置几个活性残基作为对接位点?
我看的教程中是1个,但我自己的活性中心有三个氨基酸,可以将这三个都设置为对接位点吗?
有哪位同学尝试过?
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921

【答案】应助回帖


御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-25 18:10:35
cy0010(金币+1): 2011-04-26 09:36:04
我认为有几个就写几个,若只添一个,那用Autodock对接有啥用,我弄了10个,但我学了一个月了,还是没对接出理想的构象,我正郁闷呢。可以交流下。QQ592930344
为了自己的目标而奋斗,一切皆有可能
2楼2011-04-25 14:59:49
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 五一快乐 2011-05-01 23:33:54
都可以的,但是如果你使用的柔性基团多的话,其结果会溢出的,就是说变量过多,无法计算。我看很多的帖子说的是利用修改autodock去对接,可以这样得出结果,但是我没有做过啊 呵呵
3楼2011-04-30 23:50:21
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shuifen1108

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-05-31 14:44:32
我同意楼上说的  柔性残基设置的越多  可能对接的结果越不准确  还是综合考虑一下吧  其实设置少一点柔性残基  在最后的结果中  你一样可以把ligand附近一定范围内的残基看做是和ligand有作用的
4楼2011-05-31 09:32:33
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蓝瑶

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 游子8921 at 2011-04-25 14:59:49
我认为有几个就写几个,若只添一个,那用Autodock对接有啥用,我弄了10个,但我学了一个月了,还是没对接出理想的构象,我正郁闷呢。可以交流下。QQ592930344

me too
5楼2016-04-23 17:47:58
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