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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » AUTODOCK 经验交流和提问回答主题帖
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

[交流] AUTODOCK 经验交流和提问回答主题帖

autodock是一个免费的对接软件，其在众多高水平文章中被引用。作为一个autodock使用者来说，有必要和大家进行交流和讨论，因此，本版块想开展一下针对AUTODOCK的学习贴，希望大家积极提问，互相交流。
楼主的职责是：回答虫友的一些简单问题，上传一些AUTODOCK的教程。
也希望各位AUTODOCK的高手，能在该贴里积极回答大家的提问，也奉献一些自己的经验。希望各位支持！
4.2更新： 教程下载：http://good.gd/2001339.htm

[ 来自科研家族 寂寞大虫家族 ]

[ Last edited by zh1987hs on 2012-4-2 at 10:59 ]
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1楼2012-04-01 22:58:21
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回帖置顶 ( 共有21个 )

河外生命

木虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
送鲜花一朵
非常好的资源，正要学习这方面内容，谢谢楼主！
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67楼2012-07-18 23:56:10
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晓晓瑶

铜虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
我是做Autodock，做药物与BSA的对接
我现在还是迷迷糊糊的，想问下对接的意义是什么呢，对接好了后哪些参数是有意义来参考的呢，对接要对出怎样子的一个境界才是好的呢？
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69楼2012-07-20 18:52:24
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
引用回帖:
69楼: Originally posted by 晓晓瑶 at 2012-07-20 18:52:24
我是做Autodock，做药物与BSA的对接
我现在还是迷迷糊糊的，想问下对接的意义是什么呢，对接好了后哪些参数是有意义来参考的呢，对接要对出怎样子的一个境界才是好的呢？

现在单纯的对接通常作为进一步模拟的初始过程，对接的意义在于确定蛋白和小分子的基本结合构象，如果你是做虚拟筛选，做到对接就能比较结合能，结合模式等信息，如果是做特定药物和蛋白的结合，可能后续还需要做一些分子动力学模拟才可以~
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70楼2012-07-20 19:05:46
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晓晓瑶

铜虫 (小有名气)
请问楼主，autodock输出文件我变成pdb用spv这个程序打开
我做的是BSA与药物的结合，实验结果主要是范德华作用力
那么在spv这个程序中怎么看呢？
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72楼2012-07-21 23:22:56
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晓晓瑶

铜虫 (小有名气)
楼主，在autodock的dlg文件输出中，binding mode应该怎么看，我为什么看不到的呢？
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73楼2012-07-21 23:25:22
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
引用回帖:
73楼: Originally posted by 晓晓瑶 at 2012-07-21 23:25:22
楼主，在autodock的dlg文件输出中，binding mode应该怎么看，我为什么看不到的呢？

binding mode实际上就是指结合后的构象，就是底物和酶具体是怎么结合的，这个在你用ADT打开dlg文件时，是可以看到的~具体怎么看可以看看AD4的教程
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74楼2012-07-22 08:35:56
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
引用回帖:
72楼: Originally posted by 晓晓瑶 at 2012-07-21 23:22:56
请问楼主，autodock输出文件我变成pdb用spv这个程序打开
我做的是BSA与药物的结合，实验结果主要是范德华作用力
那么在spv这个程序中怎么看呢？

那你应该看打分函数，而不是结合的模式，如果打分函数里vdw占的比例比较大，即对结合能贡献的比较多，那就说明主要依靠范德华作用力结合，你能通过实验结果看出主要是范德华作用力？用荧光还是ITC?
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晓晓瑶
75楼2012-07-22 14:44:00
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晓晓瑶

铜虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
75楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-22 14:44:00
那你应该看打分函数，而不是结合的模式，如果打分函数里vdw占的比例比较大，即对结合能贡献的比较多，那就说明主要依靠范德华作用力结合，你能通过实验结果看出主要是范德华作用力？用荧光还是ITC?...

荧光呢，打分函数该怎么看呢？
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76楼2012-07-22 21:57:09
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
引用回帖:
76楼: Originally posted by 晓晓瑶 at 2012-07-22 21:57:09
荧光呢，打分函数该怎么看呢？...

这个是在dlg文件里有的，然后你看看autodock 4.2的教程，里面有详细介绍AD的打分函数的~哈哈
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77楼2012-07-23 09:59:05
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
引用回帖:
78楼: Originally posted by 晓晓瑶 at 2012-07-23 19:03:35
谢谢楼主...

http://autodock.scripps.edu/resources/science/equations
关于autodock的打分函数可以看这个地方，里面是包含了范德华力这一项的，如果在dlg文件里这一项占总结合能的比例比较大的话，你可以推测范德华力在结合中占有主要作用。但是AD本身的打分函数就是半经验的，你这么分析很有可能被审稿人质疑，切记！
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79楼2012-07-23 19:57:19
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晓晓瑶

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
79楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-23 19:57:19
http://autodock.scripps.edu/resources/science/equations
关于autodock的打分函数可以看这个地方，里面是包含了范德华力这一项的，如果在dlg文件里这一项占总结合能的比例比较大的话，你可以推测范德华力在结合 ...

那么我的文件用pdb导出后，发现药物周围的氨基酸是非极性氨基酸占多数，那么可不可以用来证明范德华力的作用呢？
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80楼2012-07-23 23:46:36
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
引用回帖:
80楼: Originally posted by 晓晓瑶 at 2012-07-23 23:46:36
那么我的文件用pdb导出后，发现药物周围的氨基酸是非极性氨基酸占多数，那么可不可以用来证明范德华力的作用呢？...

当然不可以啦~少数的极性氨基酸同样可能在结合药物的时候起关键作用啊~因为有时候蛋白和底物的结合可能就是一个关键的氢键再起作用
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81楼2012-07-24 08:10:57
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378997595

新虫 (初入文坛)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
用同源模建的蛋白质，docking后和文献上氨基酸序号对不上怎么办呢？
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82楼2012-07-25 20:20:03
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
引用回帖:
82楼: Originally posted by 378997595 at 2012-07-25 20:20:03
用同源模建的蛋白质，docking后和文献上氨基酸序号对不上怎么办呢？

文献上的氨基酸序号指的是你的模板蛋白还是目标蛋白的序号？如果是前者，对不上很正常，因为编码基因在进化的过程中会有插入或缺失，如果是后者，可能是你用的同源模建软件没有对全长建模
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83楼2012-07-25 20:43:27
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zlp-lw

木虫 (正式写手)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
请问谁有autodock这个软件可不可以给我发一下！本人将不甚感激，谢谢啦。。。
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84楼2012-07-26 08:48:02
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
http://autodock.scripps.edu/down ... -4-2-download-page/
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85楼2012-07-26 08:52:30
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晓晓瑶

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
81楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-24 08:10:57
当然不可以啦~少数的极性氨基酸同样可能在结合药物的时候起关键作用啊~因为有时候蛋白和底物的结合可能就是一个关键的氢键再起作用...

那么我这样子的结合非极性氨基酸周围的这么多，难道还是说明有疏水作用存在么，我解释的时候该怎么入手呢？
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86楼2012-07-26 09:51:09
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
引用回帖:
86楼: Originally posted by 晓晓瑶 at 2012-07-26 09:51:09
那么我这样子的结合非极性氨基酸周围的这么多，难道还是说明有疏水作用存在么，我解释的时候该怎么入手呢？...

那就只能定性说明了~如果你非得把对接结果往你的实验结果上靠，你就说：通过对接发现底物是怎么结合的。。。。。，活性位点周围大部分是非极性氨基酸，因此，底物和酶可能主要通过范德华力结合，这与荧光的结果相一致。。。。。等等就可以了~
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晓晓瑶
87楼2012-07-26 11:35:10
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84948414

金虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
我也是零基础，但是想学这个东西，感谢楼主，会继续关注的
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89楼2012-07-27 10:58:45
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
引用回帖:
89楼: Originally posted by 84948414 at 2012-07-27 10:58:45
我也是零基础，但是想学这个东西，感谢楼主，会继续关注的

哈哈~学习期间有什么问题就问哈~
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90楼2012-07-27 11:10:35
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河外生命

木虫 (小有名气)
正要学习这方面内容，谢谢lz
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91楼2012-07-27 16:36:08
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yuguangyun

新虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
望LZ多穿些教程，我是i初学者零基础
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4楼2012-04-02 09:45:12
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唯美的心

木虫 (著名写手)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
不知道哎
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6楼2012-04-02 10:15:47
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linxi5925

至尊木虫 (知名作家)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
祝福楼主。。。。。。。。。。。。
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19楼2012-04-02 11:59:52
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fyfeng

铁杆木虫 (文坛精英)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与



以后想学一学，先收着！！！
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28楼2012-04-02 15:45:36
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鸡腿套餐

木虫 (著名写手)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
我也想学，希望楼主能多传教程
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31楼2012-04-03 23:51:52
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zyxme

至尊木虫 (文坛精英)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
祝福楼主
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32楼2012-04-04 00:25:07
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dragonli

金虫 (小有名气)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
好想学习。
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44楼2012-04-05 17:06:16
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紫陌洛城汐

木虫 (正式写手)
★
zh1987hs(金币+1): 谢谢参与
不知道尼
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46楼2012-04-05 18:07:40
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zhuysh052楼
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