24小时热门版块排行榜    

查看: 5253  |  回复: 16

tyw2623

金虫 (小有名气)


[交流] overlap PCR之问题

各位,我最近在连基因A(700bp左右)和基因B(700bp左右),重叠的连个引物为48bp,连个基因各占24bp。当做重叠PCR时,在1400bp处有条带(在我用的marker-D 1000bp和2000bp间的条带)当然也有其他的杂带。我将此1400bp的带回收后,以此为模板,用头尾引物扩增,每次都是1400bp处条带很暗,而在700bp处条带很亮。我用回收的1400bp做模板时,分别扩基因A和基因B却又能扩出来很明显的A和B,这不是证明了我回收的1400bp为连接上的基因吗  ,可为什么用头尾引物扩1400本身却扩不出来呢?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tyw2623

金虫 (小有名气)


1        ATGGTCAGCT ACTGGGACAC CGGGGTCCTG CTGTGCGCGC TGCTCAGCTG TCTGCTTCTC ACAGGATCTA GTTCAGGTAG TGATACAGGT AGACCTTTCG
        TACCAGTCGA TGACCCTGTG GCCCCAGGAC GACACGCGCG ACGAGTCGAC AGACGAAGAG TGTCCTAGAT CAAGTCCATC ACTATGTCCA TCTGGAAAGC
      101        TAGAGATGTA CAGTGAAATC CCCGAAATTA TACACATGAC TGAAGGAAGG GAGCTCGTCA TTCCCTGCCG GGTTACGTCA CCTAACATCA CTGTTACTTT
        ATCTCTACAT GTCACTTTAG GGGCTTTAAT ATGTGTACTG ACTTCCTTCC CTCGAGCAGT AAGGGACGGC CCAATGCAGT GGATTGTAGT GACAATGAAA
      201        AAAAAAGTTT CCACTTGACA CTTTGATCCC TGATGGAAAA CGCATAATCT GGGACAGTAG AAAGGGCTTC ATCATATCAA ATGCAACGTA CAAAGAAATA
        TTTTTTCAAA GGTGAACTGT GAAACTAGGG ACTACCTTTT GCGTATTAGA CCCTGTCATC TTTCCCGAAG TAGTATAGTT TACGTTGCAT GTTTCTTTAT
      301        GGGCTTCTGA CCTGTGAAGC AACAGTCAAT GGGCATTTGT ATAAGACAAA CTATCTCACA CATCGACAAA CCAATACAAT CATAGATGTG GTTCTGAGTC
        CCCGAAGACT GGACACTTCG TTGTCAGTTA CCCGTAAACA TATTCTGTTT GATAGAGTGT GTAGCTGTTT GGTTATGTTA GTATCTACAC CAAGACTCAG
      401        CGTCTCATGG AATTGAACTA TCTGTTGGAG AAAAGCTTGT CTTAAATTGT ACAGCAAGAA CTGAACTAAA TGTGGGGATT GACTTCAACT GGGAATACCC
        GCAGAGTACC TTAACTTGAT AGACAACCTC TTTTCGAACA GAATTTAACA TGTCGTTCTT GACTTGATTT ACACCCCTAA CTGAAGTTGA CCCTTATGGG
      501        TTCTTCGAAG CATCAGCATA AGAAACTTGT AAACCGAGAC CTAAAAACCC AGTCTGGGAG TGAGATGAAG AAATTTTTGA GCACCTTAAC TATAGATGGT
        AAGAAGCTTC GTAGTCGTAT TCTTTGAACA TTTGGCTCTG GATTTTTGGG TCAGACCCTC ACTCTACTTC TTTAAAAACT CGTGGAATTG ATATCTACCA
      601        GTAACCCGGA GTGACCAAGG ATTGTACACC TGTGCAGCAT CCAGTGGGCT GATGACCAAG AAGAACAGCA CATTTGTCAG GGTCCATGAA AAA
        CATTGGGCCT CACTGGTTCC TAACATGTGG ACACGTCGTA GGTCACCCGA CTACTGGTTC TTCTTGTCGT GTAAACAGTC CCAGGTACTT TTT
基因A
1        GACAAAACTC ACACATGCCC ACCGTGCCCA GCACCTGAAC TCCTGGGGGG ACCGTCAGTC TTCCTCTTCC CCCCAAAACC CAAGGACACC CTCATGATCT
        CTGTTTTGAG TGTGTACGGG TGGCACGGGT CGTGGACTTG AGGACCCCCC TGGCAGTCAG AAGGAGAAGG GGGGTTTTGG GTTCCTGTGG GAGTACTAGA
      101        CCCGGACCCC TGAGGTCACA TGCGTGGTGG TGGACGTGAG CCACGAAGAC CCTGAGGTCA AGTTCAACTG GTACGTGGAC GGCGTGGAGG TGCATAATGC
        GGGCCTGGGG ACTCCAGTGT ACGCACCACC ACCTGCACTC GGTGCTTCTG GGACTCCAGT TCAAGTTGAC CATGCACCTG CCGCACCTCC ACGTATTACG
      201        CAAGACAAAG CCGCGGGAGG AGCAGTACAA CAGCACGTAC CGTGTGGTCA GCGTCCTCAC CGTCCTGCAC CAGGACTGGC TGAATGGCAA GGAGTACAAG
        GTTCTGTTTC GGCGCCCTCC TCGTCATGTT GTCGTGCATG GCACACCAGT CGCAGGAGTG GCAGGACGTG GTCCTGACCG ACTTACCGTT CCTCATGTTC
      301        TGCAAGGTCT CCAACAAAGC CCTCCCAGCC CCCATCGAGA AAACCATCTC CAAAGCCAAA GGGCAGCCCC GAGAACCACA GGTGTACACC CTGCCCCCAT
        ACGTTCCAGA GGTTGTTTCG GGAGGGTCGG GGGTAGCTCT TTTGGTAGAG GTTTCGGTTT CCCGTCGGGG CTCTTGGTGT CCACATGTGG GACGGGGGTA
      401        CCCGGGATGA GCTGACCAAG AACCAGGTCA GCCTGACCTG CCTGGTCAAA GGCTTCTATC CCAGCGACAT CGCCGTGGAG TGGGAGAGCA ATGGGCAGCC
        GGGCCCTACT CGACTGGTTC TTGGTCCAGT CGGACTGGAC GGACCAGTTT CCGAAGATAG GGTCGCTGTA GCGGCACCTC ACCCTCTCGT TACCCGTCGG
      501        GGAGAACAAC TACAAGACCA CGCCTCCCGT GCTGGACTCC GACGGCTCCT TCTTCCTCTA CAGCAAGCTC ACCGTGGACA AGAGCAGGTG GCAGCAGGGG
        CCTCTTGTTG ATGTTCTGGT GCGGAGGGCA CGACCTGAGG CTGCCGAGGA AGAAGGAGAT GTCGTTCGAG TGGCACCTGT TCTCGTCCAC CGTCGTCCCC
      601        AACGTCTTCT CATGCTCCGT GATGCATGAG GCTCTGCACA ACCACTACAC GCAGAAGAGC CTCTCCCTGT CTCCGGGTAA ATGA
        TTGCAGAAGA GTACGAGGCA CTACGTACTC CGAGACGTGT TGGTGATGTG CGTCTTCTCG GAGAGGGACA GAGGCCCATT TACT
基因B
P1:5'GCTCTAGAATGGTCAGCTACTGGGACAC3'  
P2:5'GGTGGGCATGTGTGAGTTTTGTCTTTTTCATGGACCCTGACAAATGTG3'
P3:5'CACATTTGTCAGGGTCCATGAAAAAGACAAAACTCACACATGCCCACC3'   
p4:5'GAGAATTCTCATTTACCCGGAGACAGGG3'
2楼2012-02-27 19:56:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tyw2623

金虫 (小有名气)


基因A和基因B我写的都是双链
3楼2012-02-27 19:57:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fwks3518

木虫 (正式写手)



tyw2623(金币+1):谢谢参与
二次PCR用原来的两端引物扩增,P不出来的现象很普遍,几乎每个人都遇到过。如果需要大量的PCR产物的话,第一次就平行多扩增几管,不要二次PCR
4楼2012-02-28 09:14:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

toflyfirst

银虫 (正式写手)



tyw2623(金币+1):谢谢参与
你的引物我没看懂啊
5楼2012-02-28 09:29:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

toflyfirst

银虫 (正式写手)


你的引物我和序列比不上啊,我把单链粘到primer5 里,没分析明白
6楼2012-02-28 09:32:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tyw2623

金虫 (小有名气)


引用回帖:
: Originally posted by toflyfirst at 2012-02-28 09:32:06:
你的引物我和序列比不上啊,我把单链粘到primer5 里,没分析明白

带内切酶位点和保护碱基的
7楼2012-02-28 09:50:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tyw2623

金虫 (小有名气)


引用回帖:
: Originally posted by fwks3518 at 2012-02-28 09:14:14:
二次PCR用原来的两端引物扩增,P不出来的现象很普遍,几乎每个人都遇到过。如果需要大量的PCR产物的话,第一次就平行多扩增几管,不要二次PCR

哦   原来这样啊   我去试试   谢谢指教
8楼2012-02-28 09:51:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tyw2623

金虫 (小有名气)


引用回帖:
: Originally posted by fwks3518 at 2012-02-28 09:14:14:
二次PCR用原来的两端引物扩增,P不出来的现象很普遍,几乎每个人都遇到过。如果需要大量的PCR产物的话,第一次就平行多扩增几管,不要二次PCR

但我还是搞不明白  这是为什么    明明是那个东西   怎么就p不出来
9楼2012-02-28 09:52:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

imyting

至尊木虫 (正式写手)



tyw2623(金币+1):谢谢参与
问题可能是你的PCR条件了,毕竟1400和700延伸需要的时间是不同的
10楼2012-02-28 15:18:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tyw2623

金虫 (小有名气)


引用回帖:
: Originally posted by imyting at 2012-02-28 15:18:46:
问题可能是你的PCR条件了,毕竟1400和700延伸需要的时间是不同的

时间没问题   72℃90s的
11楼2012-02-28 15:46:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wkl1984

金虫 (小有名气)



tyw2623(金币+1):谢谢参与
你看一下,你的外侧引物有引物二聚体,截断引物大约在18-21碱基。
12楼2012-02-28 16:04:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tyw2623

金虫 (小有名气)


引用回帖:
: Originally posted by wkl1984 at 2012-02-28 16:04:05:
你看一下,你的外侧引物有引物二聚体,截断引物大约在18-21碱基。

引物二聚体可能部分原因
13楼2012-02-28 18:52:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tyw2623(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
4楼: Originally posted by fwks3518 at 2012-02-28 09:14:14:
二次PCR用原来的两端引物扩增,P不出来的现象很普遍,几乎每个人都遇到过。如果需要大量的PCR产物的话,第一次就平行多扩增几管,不要二次PCR

用原来的引物确实不好扩,这是因为酶需要有一定的位点,在需要的片段之外要有额外的片段,酶才容易定位到模板上。
一般在扩A片段和B片段时,就应该在头尾多扩增10多bp,第二次PCR时再用新的引物扩增出实际需要的片段。可参考巢式PCR原理。
14楼2012-02-28 20:11:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

麻花13

新虫 (小有名气)



tyw2623(金币+1):谢谢参与
在二次PCR的时候,可以尝试一下Touch Down PCR
15楼2012-02-29 06:53:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

austin2008

铁杆木虫 (著名写手)



tyw2623(金币+1):谢谢参与
pcr条件的问题,考察一下退火温度,延伸时间,PCR体系
16楼2012-02-29 09:09:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

toflyfirst

银虫 (正式写手)


我其实是个菜鸟,没能分析好
17楼2012-02-29 20:32:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tyw2623 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 21/1050 2026-08-31 18:04 by 异氰酸酯
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 11:51 by xiangy672
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +6 雨打竹帘 2026-08-30 10/500 2026-08-31 09:29 by huixian257
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
信息提示
请填处理意见