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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 要P一段基因全长，已知CDS，怎么设计引物啊？
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btx362237729

金虫 (正式写手)

[求助] 要P一段基因全长，已知CDS，怎么设计引物啊？

新手 没用过primer，发现这个软件貌似不能设计全长引物。。。真是恼火~
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人生最黑暗的时光终于过去了
1楼 2012-01-19 21:09:25
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

chenguestc

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
参照楼上。
如果参照楼上设计引物不好用，就只有在CDS中间设计引物，获得序列后再用RACE获得全长。
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3楼2012-01-20 09:32:02
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
btx362237729(金币+5): ★★★★★最佳答案 楼上的各位都很好，版主的回答给我极大的信心 非常感谢! 2012-01-21 01:04:01
btx362237729: 回帖置顶 2012-01-21 01:04:08
扩增CDS就只能在CDS两端设计了，可以调整下两端引物长度来改变下Tm值GC含量，但是调整余地不大。
不过不必担心，PCR本身很容易做，仅用于扩增的话对引物要求很低的。你这种情况我们一般也不看软件，直接两端各取18~20bp就ok了。大胆做就是了哈~
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5楼2012-01-20 12:57:19
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普通回帖

鱼山听涛

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜(金币+1): 鼓励应助 2012-01-20 12:50:48
primer可以自行确定引物位置，把引物拖到CDS两端就可以了，然后看一下有没有二聚体和Tm就可以了。
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书到用时方恨少
2楼2012-01-20 09:24:48
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hyhl

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 鱼山听涛 at 2012-01-20 09:24:48:
primer可以自行确定引物位置，把引物拖到CDS两端就可以了，然后看一下有没有二聚体和Tm就可以了。

同意2楼意见，请楼主再仔细摸索一下软件，可以设计全长引物啊！或者不用软件，你就自己选择一对，拿到软件里看下有没有二聚体、发夹结构什么的，及其Tm。
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4楼2012-01-20 10:32:47
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7788945

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
西瓜(金币+5): 鼓励交流~春节快乐哈~ 2012-01-26 12:29:07
引用回帖:
3楼: Originally posted by chenguestc at 2012-01-20 09:32:02:
参照楼上。
如果参照楼上设计引物不好用，就只有在CDS中间设计引物，获得序列后再用RACE获得全长。

已知CDS，就用不着RACE了，成本忒高
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6楼2012-01-26 12:18:20
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bst5

银虫 (小有名气)
可以把你要扩增的序列往两端延长一段，然后把整个序列粘贴到primer5中，限定上下游引物的位置，就可以自动生成了，不同意楼上几位手动设计引物的观点，除非你模板是质粒，要是是cDNA的话，那样会有很多非特异扩增，费时又费力，祝好运！
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7楼2012-01-31 17:11:18
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小沫沫188

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by bst5 at 2012-01-31 17:11:18
可以把你要扩增的序列往两端延长一段，然后把整个序列粘贴到primer5中，限定上下游引物的位置，就可以自动生成了，不同意楼上几位手动设计引物的观点，除非你模板是质粒，要是是cDNA的话，那样会有很多非特异扩增， ...

请问怎么把序列往两端延长啊
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8楼2014-03-31 16:58:51
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卷卷有人用了

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 西瓜 at 2012-01-20 12:57:19
扩增CDS就只能在CDS两端设计了，可以调整下两端引物长度来改变下Tm值GC含量，但是调整余地不大。
不过不必担心，PCR本身很容易做，仅用于扩增的话对引物要求很低的。你这种情况我们一般也不看软件，直接两端各取18 ...

你好，请问我做染色体步移克隆启动子，我只能找到目的基因的CDS区，怎么设计引物啊。跪求
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9楼2016-03-02 10:25:21
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爱笑的芳宝8

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 卷卷有人用了 at 2016-03-02 10:25:21
你好，请问我做染色体步移克隆启动子，我只能找到目的基因的CDS区，怎么设计引物啊。跪求...

同求……

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10楼2017-02-22 05:21:57
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