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lengfeng0210

铜虫 (初入文坛)

[求助] SNP标记与SSR标记

进行基因组选择时，由于使用SNP的条件不具备，请问如果选择SSR代替SNP，可行性怎么样？
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1楼 2011-12-04 14:59:21
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tmx0rice

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
lengfeng0210(金币+1): 非常感谢您的解答！ 2011-12-04 23:18:57
缺友情(金币+3): 鼓励新虫应助！欢迎常来农林版！ 2011-12-05 11:43:56
zongyu_1986: 回帖置顶 2011-12-05 12:37:20
不能说是拿SNP代替SSR。你的问题说得好像不是那么清楚。

一般来说SSR标记在不同品种之间具有着良好的多态性，但是也并不表示在某一片段就一定这样呈现。在基因组分析中，先想到的是经济实惠的办法，可以先用前人发表的SSR等标记进行筛选，如果不够，再进行序列对比，然后自己再开发新的标记（SSR,Indel，CAPS，SNP等）。一般来说，光靠SSR标记是达不到高的密度的，都是用几种标记联合才能做到，当然也有用了几种标记也达不到的情况，呵呵，这个还要看你的运气哟。
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在希望的田野上
6楼2011-12-04 22:20:25
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qidannvzi

银虫 (正式写手)
引用回帖:
1楼: Originally posted by lengfeng0210 at 2011-12-04 14:59:21:
进行基因组选择时，由于使用SNP的条件不具备，请问如果选择SSR代替SNP，可行性怎么样？

没看明白，可能是我道行太浅了！
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准备跨新年！
2楼2011-12-04 15:56:50
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匿名

用户注销 (知名作家)

六界之外--大宇

优秀版主优秀版主
★ ★ ★
缺友情(金币+3): 辛苦大禹版！ 2011-12-04 21:14:36
本帖仅楼主可见
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3楼2011-12-04 16:53:39
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lengfeng0210

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zongyu_1986 at 2011-12-04 16:53:39:
你这个问题问的很迷糊，SSR这个方法本身没什么问题。SSR多态性好，属于共显性标记，其结果可以用于遗传多样性、群体遗传等很多方面，只是开发引物过程繁琐，而且价格昂贵。你如果想用的话肯定要有可靠的引物。

感谢您的热心解答，我想知道的是，如果用SSR做标记，能不能做到覆盖整个基因组、能不能达到很高的密度？
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4楼2011-12-04 20:00:19
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