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没入尘埃5金虫 (小有名气)
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EST序列是什么啊？具体作用是什么啊？
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ysy000000
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2楼2013-03-08 10:58:26
gyesang
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axian
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EST就是某个基因所转录的mRNA的一部分，可以用它来代替这个mRNA 从而使用生物信息学分析如blast来注释这个基因的功能等信息。 举个例子：假如一个2kbp的x基因转录成的mRNA长1.5k，我们在测序的时候先要建立cDNA文库，将cDNA随机打断成小片段,测序后得到小片段的长度为400bp（这个与测序仪相关），这里的这段400bp的小片段就做contig，利用生物信息学软件对contig进行拼接，我们得到了1k左右的片段信息，那么此段序列就可以成为EST序列，我们可以用它来代表x基因来注释功能，或者利用它通过RACE等技术得到全长的1.5KmRNA. 纯属个人理解，如有欠妥之处 欢迎大侠指正~ |
4楼2013-03-08 20:07:45
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1: 理论上讲，x基因表达的mRNA反转录成的cDNA 被打成很多个小片段， 2： 这个问题是纯粹的生物信息学问题了，测序出来的结果只是每个小片段的碱基序列，有很多序列都是重复的，在举个例子吧： 假如 有五个片段 （1）ATTCGGCTTAAGGATC （2）AAGGATCGATCCGTAAGGGTCAAGG （3）AATCTCCTTCGGATCTGA （4）TCAAGGTCTACGTAATCGGTA （5）AATCGGTACCGCGCGCGTTAG 我们对这五个片段进行拼接，相互比对分析 （1）ATTCGGCTTAAGGATC （2） AAGGATCG...GTCAAGG （4） TCAAGGT...TAATCGGTA (5) AATCGGTA...TAG 由此拼接得到 ATTCGGCTTAAGGATCGATCCGTAAGGGTCAAGG TCTACGTAATCGGTACCGCGCGCGTTAG 这条序列就是是由 1.2.4.5拼接而来的EST, 也就是说1.2.4.5其实是由一条mRNA打成的不同片段。 当然这个例子只是来说明其中的原理，如果用来做拼接的话必须提高可信度的。 |
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没入尘埃57楼2013-03-25 15:13:56
axian
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8楼2013-03-25 15:16:28
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9楼2013-03-25 21:03:37
