【答案】应助回帖

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1楼2013-03-08 09:00:03

ysy000000

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【答案】应助回帖

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没入尘埃5: 金币+2, ★有帮助 2013-03-11 16:37:02

简单点说是 mRNA的一部分人们在对cDNA PCR扩增的过程中获得的产物既然是mRNA的一部分作用当然跟mRNA一样

劳其筋骨，饿其体肤。

2楼2013-03-08 10:58:26

gyesang

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没入尘埃5: 金币+1, ★有帮助 2013-03-11 16:37:23

你可以参考这篇帖子
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3楼2013-03-08 15:32:23

axian

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【答案】应助回帖

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没入尘埃5: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-03-11 16:37:34
gyesang: 金币+2, 鼓励应助 2013-03-13 20:21:12

EST就是某个基因所转录的mRNA的一部分，可以用它来代替这个mRNA 从而使用生物信息学分析如blast来注释这个基因的功能等信息。
举个例子：假如一个2kbp的x基因转录成的mRNA长1.5k，我们在测序的时候先要建立cDNA文库，将cDNA随机打断成小片段,测序后得到小片段的长度为400bp（这个与测序仪相关），这里的这段400bp的小片段就做contig，利用生物信息学软件对contig进行拼接，我们得到了1k左右的片段信息，那么此段序列就可以成为EST序列，我们可以用它来代表x基因来注释功能，或者利用它通过RACE等技术得到全长的1.5KmRNA.
纯属个人理解，如有欠妥之处欢迎大侠指正~

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4楼2013-03-08 20:07:45

没入尘埃5

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引用回帖:

2楼: Originally posted by ysy000000 at 2013-03-08 10:58:26
简单点说是 mRNA的一部分人们在对cDNA PCR扩增的过程中获得的产物既然是mRNA的一部分作用当然跟mRNA一样

这个。。。EST的作用跟mRNA一样？

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5楼2013-03-11 16:29:47

没入尘埃5

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引用回帖:

4楼: Originally posted by axian at 2013-03-08 20:07:45
EST就是某个基因所转录的mRNA的一部分，可以用它来代替这个mRNA 从而使用生物信息学分析如blast来注释这个基因的功能等信息。
举个例子：假如一个2kbp的x基因转录成的mRNA长1.5k，我们在测序的时候先要建立cDNA文库 ...

谢谢！有点明白了，但是还是有两个地方不太理解：
1 “将cDNA随机打断成小片段，测序后得到小片段的长度为400bp”，随机打成的小片段有多少啊？只有一个吗？还是从多个小片段里随机选取一个？
2 “这段400bp的小片段就做contig，利用生物信息学软件对contig进行拼接，我们得到了1k左右的片段信息，那么此段序列就可以成为EST序列”，这里面用生物信息学软件进行拼接，是根据什么依据进行拼接的呢？因为得到的称为EST序列的这段1kb的片段不是要用来注释功能的啊吗？

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6楼2013-03-11 16:35:26

axian

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gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-03-26 04:13:14

引用回帖:

6楼: Originally posted by 没入尘埃5 at 2013-03-11 16:35:26
谢谢！有点明白了，但是还是有两个地方不太理解：
1 “将cDNA随机打断成小片段，测序后得到小片段的长度为400bp”，随机打成的小片段有多少啊？只有一个吗？还是从多个小片段里随机选取一个？
2 “这段400bp的小 ...

1:
理论上讲，x基因表达的mRNA反转录成的cDNA 被打成很多个小片段，
2：
这个问题是纯粹的生物信息学问题了，测序出来的结果只是每个小片段的碱基序列，有很多序列都是重复的，在举个例子吧：
假如有五个片段  （1）ATTCGGCTTAAGGATC
                        （2）AAGGATCGATCCGTAAGGGTCAAGG
                        （3）AATCTCCTTCGGATCTGA
                        （4）TCAAGGTCTACGTAATCGGTA
                        （5）AATCGGTACCGCGCGCGTTAG
我们对这五个片段进行拼接，相互比对分析
  （1）ATTCGGCTTAAGGATC
（2）                AAGGATCG...GTCAAGG
（4）                      TCAAGGT...TAATCGGTA
   (5)                                                       AATCGGTA...TAG
由此拼接得到
ATTCGGCTTAAGGATCGATCCGTAAGGGTCAAGG
TCTACGTAATCGGTACCGCGCGCGTTAG
这条序列就是是由 1.2.4.5拼接而来的EST, 也就是说1.2.4.5其实是由一条mRNA打成的不同片段。
当然这个例子只是来说明其中的原理，如果用来做拼接的话必须提高可信度的。

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没入尘埃5

7楼2013-03-25 15:13:56

axian

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ATTCGGCTTAAGGATCGATCCGTAAGGGTCAAGGTCTACGTAATCGGTACCGCGCGCGTTAG
这是一条，呵呵中间不断开的

8楼2013-03-25 15:16:28

没入尘埃5

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引用回帖:

7楼: Originally posted by axian at 2013-03-25 15:13:56
1:
理论上讲，x基因表达的mRNA反转录成的cDNA 被打成很多个小片段，
2：
这个问题是纯粹的生物信息学问题了，测序出来的结果只是每个小片段的碱基序列，有很多序列都是重复的，在举个例子吧：
假如有五个片段 ...

谢谢！真心感谢！！

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9楼2013-03-25 21:03:37