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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » EST序列是什么啊？具体作用是什么啊？
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没入尘埃5

金虫 (小有名气)

[求助] EST序列是什么啊？具体作用是什么啊？

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1楼 2013-03-08 09:00:03
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ysy000000

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
没入尘埃5: 金币+2, ★有帮助 2013-03-11 16:37:02
简单点说是 mRNA的一部分  人们在对cDNA PCR扩增的过程中 获得的产物 既然是mRNA的一部分作用当然跟mRNA一样
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劳其筋骨，饿其体肤。
2楼2013-03-08 10:58:26
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
没入尘埃5: 金币+1, ★有帮助 2013-03-11 16:37:23
你可以参考这篇帖子
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5501137&page=1
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
3楼2013-03-08 15:32:23
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axian

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
没入尘埃5: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-03-11 16:37:34
gyesang: 金币+2, 鼓励应助 2013-03-13 20:21:12
EST就是某个基因所转录的mRNA的一部分，可以用它来代替这个mRNA 从而使用生物信息学分析如blast来注释这个基因的功能等信息。
举个例子：假如一个2kbp的x基因转录成的mRNA长1.5k，我们在测序的时候先要建立cDNA文库，将cDNA随机打断成小片段,测序后得到小片段的长度为400bp（这个与测序仪相关），这里的这段400bp的小片段就做contig，利用生物信息学软件对contig进行拼接，我们得到了1k左右的片段信息，那么此段序列就可以成为EST序列，我们可以用它来代表x基因来注释功能，或者利用它通过RACE等技术得到全长的1.5KmRNA.
纯属个人理解，如有欠妥之处 欢迎大侠指正~
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4楼2013-03-08 20:07:45
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没入尘埃5

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ysy000000 at 2013-03-08 10:58:26
简单点说是 mRNA的一部分  人们在对cDNA PCR扩增的过程中 获得的产物 既然是mRNA的一部分作用当然跟mRNA一样

这个。。。EST的作用跟mRNA一样？
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5楼2013-03-11 16:29:47
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没入尘埃5

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by axian at 2013-03-08 20:07:45
EST就是某个基因所转录的mRNA的一部分，可以用它来代替这个mRNA 从而使用生物信息学分析如blast来注释这个基因的功能等信息。
举个例子：假如一个2kbp的x基因转录成的mRNA长1.5k，我们在测序的时候先要建立cDNA文库 ...

谢谢！有点明白了，但是还是有两个地方不太理解：
1 “将cDNA随机打断成小片段，测序后得到小片段的长度为400bp”，随机打成的小片段有多少啊？只有一个吗？还是从多个小片段里随机选取一个？
2  “这段400bp的小片段就做contig，利用生物信息学软件对contig进行拼接，我们得到了1k左右的片段信息，那么此段序列就可以成为EST序列”，这里面用生物信息学软件进行拼接，是根据什么依据进行拼接的呢？因为得到的称为EST序列的这段1kb的片段不是要用来注释功能的啊吗？
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6楼2013-03-11 16:35:26
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axian

木虫 (小有名气)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-03-26 04:13:14
引用回帖:
6楼: Originally posted by 没入尘埃5 at 2013-03-11 16:35:26
谢谢！有点明白了，但是还是有两个地方不太理解：
1 “将cDNA随机打断成小片段，测序后得到小片段的长度为400bp”，随机打成的小片段有多少啊？只有一个吗？还是从多个小片段里随机选取一个？
2  “这段400bp的小 ...

1:
理论上讲，x基因表达的mRNA反转录成的cDNA 被打成很多个小片段，
2：
这个问题是纯粹的生物信息学问题了，测序出来的结果只是每个小片段的碱基序列，有很多序列都是重复的，在举个例子吧：
假如 有五个片段  （1）ATTCGGCTTAAGGATC
                          （2）AAGGATCGATCCGTAAGGGTCAAGG
                          （3）AATCTCCTTCGGATCTGA
                          （4）TCAAGGTCTACGTAATCGGTA
                           （5）AATCGGTACCGCGCGCGTTAG
我们对这五个片段进行拼接，相互比对分析
  （1）ATTCGGCTTAAGGATC
   （2）                  AAGGATCG...GTCAAGG
    （4）                         TCAAGGT...TAATCGGTA
      (5)                                                          AATCGGTA...TAG
由此拼接得到
ATTCGGCTTAAGGATCGATCCGTAAGGGTCAAGG
TCTACGTAATCGGTACCGCGCGCGTTAG
这条序列就是是由 1.2.4.5拼接而来的EST, 也就是说1.2.4.5其实是由一条mRNA打成的不同片段。
当然这个例子只是来说明其中的原理，如果用来做拼接的话必须提高可信度的。
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没入尘埃5
7楼2013-03-25 15:13:56
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axian

木虫 (小有名气)
ATTCGGCTTAAGGATCGATCCGTAAGGGTCAAGGTCTACGTAATCGGTACCGCGCGCGTTAG
这是一条，呵呵 中间不断开的
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8楼2013-03-25 15:16:28
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没入尘埃5

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by axian at 2013-03-25 15:13:56
1:
理论上讲，x基因表达的mRNA反转录成的cDNA 被打成很多个小片段，
2：
这个问题是纯粹的生物信息学问题了，测序出来的结果只是每个小片段的碱基序列，有很多序列都是重复的，在举个例子吧：
假如 有五个片段 ...

谢谢！真心感谢！！
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9楼2013-03-25 21:03:37
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