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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » SSR标记带型分析
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ymma213

新虫 (初入文坛)

[求助] SSR标记带型分析

Sample Text

哪位专家帮忙分析一下：如附件图中的SSR标记电泳谱带存在什么问题？如何改进？
上方的谱带是特异性带吗？请不吝赐教。
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1楼 2012-05-25 17:40:25
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回帖置顶 ( 共有1个 )

ymma213

新虫 (初入文坛)
西瓜: 回帖置顶 2012-05-31 09:39:54
引用回帖:
2楼: Originally posted by cxb-abc at 2012-05-28 21:34:32
把你跑的条件说明白些，还没有见到过这样的图片哦，带型还发虚！教的浓度多大？

首先谢谢您的关注。请您在帮我们分析一下原因：
我们用的6%变性胶，95瓦1000伏预电泳20分钟，1倍的TBE缓冲液，上样量3ul.

PCR反应条件：
预变性：94℃，5min
变  性：94℃，30s
退  火：55℃，30s
延  伸：72℃，40s
34个循环
延  伸：72℃，8min
保  存：4℃

PCR反应体系：10×Buffer 1.25 ul，dNTP (2.5mM) 1 ul，Primer1(2uM) 1 ul，Primer2(2uM) 1 ul，dH2O 6.55 ul，Taq(5u/ul) 0.2 ul，模板DNA 1.5 ul。
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3楼2012-05-29 19:40:22
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ymma213

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by bluysky0902 at 2012-05-30 09:06:04
求 兄的银染技术~~

固定液：
       100ml冰醋酸加入900 ml去离子水。
银染液：
        1升水中加入1.2gAg ,再加入1500ul甲醛。
显影液：
        1升水中加入20gNaOH、1000ul甲醛和200 ul硫代硫酸钠，放入4℃冰箱预冷半小时以上。
银染过程：
固定  取合适的塑料盆加入1L新配制的10％冰醋酸溶液，轻轻摇动20分钟，至指示剂消色为止。
冲洗  去离子水水洗10分钟，最好分两次，每次5分钟。
银染  加入染色液银染30分钟。
显影  银染后用水快速冲洗（小于5秒），然后快速放入提前配好的显影液中显影。
固定  转入10％冰醋酸溶液，轻轻摇动3-5分钟。
冲洗  去离子水水洗2-3分钟。
干燥  室温下自然干燥，凝胶成像系统记录实验结果。
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7楼2012-05-30 11:35:30
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普通回帖

cxb-abc

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

把你跑的条件说明白些，还没有见到过这样的图片哦，带型还发虚！教的浓度多大？
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2楼2012-05-28 21:34:32
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cxb-abc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ymma213 at 2012-05-29 19:40:22
首先谢谢您的关注。请您在帮我们分析一下原因：
我们用的6%变性胶，95瓦1000伏预电泳20分钟，1倍的TBE缓冲液，上样量3ul.

PCR反应条件：
预变性：94℃，5min
变  性：94℃，30s
退  火：55℃，30s
延  伸： ...

整体带型还可以，比较清晰，建议
1，你把胶浓度降到4%，看看还有没有上端的似条带的东西。
2，带型发虚，说明预电泳时间不够，延长预电泳时间。
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4楼2012-05-29 20:30:58
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bluysky0902

金虫 (正式写手)
求 兄的银染技术~~
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5楼2012-05-30 09:06:04
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ymma213

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cxb-abc at 2012-05-29 20:30:58
整体带型还可以，比较清晰，建议
1，你把胶浓度降到4%，看看还有没有上端的似条带的东西。
2，带型发虚，说明预电泳时间不够，延长预电泳时间。...

谢谢，我们根据您的建议试试吧。
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6楼2012-05-30 11:29:49
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bluysky0902

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by ymma213 at 2012-05-30 11:35:30
固定液：
       100ml冰醋酸加入900 ml去离子水。
银染液：
        1升水中加入1.2gAg ,再加入1500ul甲醛。
显影液：
        1升水中加入20gNaOH、1000ul甲醛和200 ul硫代硫酸钠，放入4℃冰箱预冷半小时 ...

谢谢兄了~
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8楼2012-05-31 08:56:04
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ymma213

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by bluysky0902 at 2012-05-31 08:56:04
谢谢兄了~...

不客气，祝你实验顺利！
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9楼2012-05-31 11:23:08
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白天喝茶

铁虫 (初入文坛)
师兄，我也是跑的ssr！page！
下面我传了一张图，不像你那个那么多条带，我这个是些什么问题啊，刚开始弄，不知道怎么跳！程序是94℃预变性4min，94℃变性1min，55℃退火1min，72℃延伸1min，共35个循环，最后72℃延伸10min。请师兄，指点一下
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10楼2012-07-16 13:08:12
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