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ymma213

新虫 (初入文坛)

[求助] SSR标记带型分析

Sample Text

哪位专家帮忙分析一下:如附件图中的SSR标记电泳谱带存在什么问题?如何改进?
上方的谱带是特异性带吗?请不吝赐教。
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ymma213

新虫 (初入文坛)

西瓜: 回帖置顶 2012-05-31 09:39:54
引用回帖:
2楼: Originally posted by cxb-abc at 2012-05-28 21:34:32
把你跑的条件说明白些,还没有见到过这样的图片哦,带型还发虚!教的浓度多大?

首先谢谢您的关注。请您在帮我们分析一下原因:
我们用的6%变性胶,95瓦1000伏预电泳20分钟,1倍的TBE缓冲液,上样量3ul.

PCR反应条件:
预变性:94℃,5min
变  性:94℃,30s
退  火:55℃,30s
延  伸:72℃,40s
34个循环
延  伸:72℃,8min
保  存:4℃

PCR反应体系:10×Buffer 1.25 ul,dNTP (2.5mM) 1 ul,Primer1(2uM) 1 ul,Primer2(2uM) 1 ul,dH2O 6.55 ul,Taq(5u/ul) 0.2 ul,模板DNA 1.5 ul。
3楼2012-05-29 19:40:22
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ymma213

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by bluysky0902 at 2012-05-30 09:06:04
求 兄的银染技术~~

固定液:
       100ml冰醋酸加入900 ml去离子水。
银染液:
        1升水中加入1.2gAg ,再加入1500ul甲醛。
显影液:
        1升水中加入20gNaOH、1000ul甲醛和200 ul硫代硫酸钠,放入4℃冰箱预冷半小时以上。
银染过程:
固定  取合适的塑料盆加入1L新配制的10%冰醋酸溶液,轻轻摇动20分钟,至指示剂消色为止。
冲洗  去离子水水洗10分钟,最好分两次,每次5分钟。
银染  加入染色液银染30分钟。
显影  银染后用水快速冲洗(小于5秒),然后快速放入提前配好的显影液中显影。
固定  转入10%冰醋酸溶液,轻轻摇动3-5分钟。
冲洗  去离子水水洗2-3分钟。
干燥  室温下自然干燥,凝胶成像系统记录实验结果。
7楼2012-05-30 11:35:30
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cxb-abc

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

把你跑的条件说明白些,还没有见到过这样的图片哦,带型还发虚!教的浓度多大?
2楼2012-05-28 21:34:32
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cxb-abc

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ymma213 at 2012-05-29 19:40:22
首先谢谢您的关注。请您在帮我们分析一下原因:
我们用的6%变性胶,95瓦1000伏预电泳20分钟,1倍的TBE缓冲液,上样量3ul.

PCR反应条件:
预变性:94℃,5min
变  性:94℃,30s
退  火:55℃,30s
延  伸: ...

整体带型还可以,比较清晰,建议
1,你把胶浓度降到4%,看看还有没有上端的似条带的东西。
2,带型发虚,说明预电泳时间不够,延长预电泳时间。
4楼2012-05-29 20:30:58
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bluysky0902

金虫 (正式写手)

求 兄的银染技术~~
5楼2012-05-30 09:06:04
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ymma213

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by cxb-abc at 2012-05-29 20:30:58
整体带型还可以,比较清晰,建议
1,你把胶浓度降到4%,看看还有没有上端的似条带的东西。
2,带型发虚,说明预电泳时间不够,延长预电泳时间。...

谢谢,我们根据您的建议试试吧。
6楼2012-05-30 11:29:49
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bluysky0902

金虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by ymma213 at 2012-05-30 11:35:30
固定液:
       100ml冰醋酸加入900 ml去离子水。
银染液:
        1升水中加入1.2gAg ,再加入1500ul甲醛。
显影液:
        1升水中加入20gNaOH、1000ul甲醛和200 ul硫代硫酸钠,放入4℃冰箱预冷半小时 ...

谢谢兄了~
8楼2012-05-31 08:56:04
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ymma213

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by bluysky0902 at 2012-05-31 08:56:04
谢谢兄了~...

不客气,祝你实验顺利!
9楼2012-05-31 11:23:08
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白天喝茶

铁虫 (初入文坛)

师兄,我也是跑的ssr!page!
下面我传了一张图,不像你那个那么多条带,我这个是些什么问题啊,刚开始弄,不知道怎么跳!程序是94℃预变性4min,94℃变性1min,55℃退火1min,72℃延伸1min,共35个循环,最后72℃延伸10min。请师兄,指点一下
10楼2012-07-16 13:08:12
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