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五味小丹新虫 (初入文坛)
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[求助]
SSR分子标记读带方法及使用何种软件进行遗传图谱构建较合适
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本人现在构建一植物的遗传连锁图谱，用到的主要分子标记是共显性分子标记SSR。通过查阅文献得知两亲本的分离类型种类达17种之多，目前遇到的主要问题是如何判断两亲本的分离类型，以及如何判断胶板上相邻的两条带是否为等位基因，即读带方法。同时作图群体为全同胞群体，应用何种软件构图较合适，请各位大虾不吝赐教！   [ Last edited by 五味小丹 on 2011-6-26 at 20:11 ] |
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xiaohouo0
木虫 (正式写手)
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2楼2011-07-01 13:39:09
小凡198807
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【答案】应助回帖
五味小丹(金币+4): 谢谢！不过我现在最愁的问题是：有部分胶板主带有三条或三条以上，且都靠的较近，都比较像等位基因，不知如何判断 2011-07-01 18:43:51
五味小丹(金币+1): 2011-07-04 15:13:51
五味小丹(金币+5): 2011-09-29 16:24:13
五味小丹(金币+1): 2011-07-04 15:13:51
五味小丹(金币+5): 2011-09-29 16:24:13
| 条带一般选择读取主条带，也就是最亮也是最锐的一个，条带太多的话，说明引物特异性不是很好，扩增的杂带较多，条带少的话，一般用genemarker或者popgene来处理，方法可以在网上查到的，我最近也才做完SSR，反正我是这么读条带的，我师姐的数据我是用genemarker和popgene来处理的 |
3楼2011-07-01 15:19:59