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五味小丹

新虫 (初入文坛)

[求助] SSR分子标记读带方法及使用何种软件进行遗传图谱构建较合适

本人现在构建一植物的遗传连锁图谱,用到的主要分子标记是共显性分子标记SSR。通过查阅文献得知两亲本的分离类型种类达17种之多,目前遇到的主要问题是如何判断两亲本的分离类型,以及如何判断胶板上相邻的两条带是否为等位基因,即读带方法。同时作图群体为全同胞群体,应用何种软件构图较合适,请各位大虾不吝赐教!






[ Last edited by 五味小丹 on 2011-6-26 at 20:11 ]

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xiaohouo0

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

五味小丹(金币+4, 博学EPI+1): 此胶为银染胶板,自己读带 2011-07-01 14:36:04
五味小丹(金币+1): 2011-07-04 15:14:11
五味小丹(金币+5): 2011-09-29 16:24:33
您的胶怎么都断了?
送去分型后,一般商家会给您一个软件可用来读峰值。
比如GeneMarker,应该能满足您的需求。
迷时师度,悟了自度
2楼2011-07-01 13:39:09
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小凡198807

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

五味小丹(金币+4): 谢谢!不过我现在最愁的问题是:有部分胶板主带有三条或三条以上,且都靠的较近,都比较像等位基因,不知如何判断 2011-07-01 18:43:51
五味小丹(金币+1): 2011-07-04 15:13:51
五味小丹(金币+5): 2011-09-29 16:24:13
条带一般选择读取主条带,也就是最亮也是最锐的一个,条带太多的话,说明引物特异性不是很好,扩增的杂带较多,条带少的话,一般用genemarker或者popgene来处理,方法可以在网上查到的,我最近也才做完SSR,反正我是这么读条带的,我师姐的数据我是用genemarker和popgene来处理的
3楼2011-07-01 15:19:59
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