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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » SSR标记带型分析
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ymma213

新虫 (初入文坛)

[求助] SSR标记带型分析

Sample Text

哪位专家帮忙分析一下：如附件图中的SSR标记电泳谱带存在什么问题？如何改进？
上方的谱带是特异性带吗？请不吝赐教。
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1楼 2012-05-25 17:40:25
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白天喝茶

铁虫 (初入文坛)
师兄，我也是跑的ssr！page！
下面我传了一张图，不像你那个那么多条带，我这个是些什么问题啊，刚开始弄，不知道怎么跳！程序是94℃预变性4min，94℃变性1min，55℃退火1min，72℃延伸1min，共35个循环，最后72℃延伸10min。请师兄，指点一下
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10楼2012-07-16 13:08:12
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cxb-abc

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

把你跑的条件说明白些，还没有见到过这样的图片哦，带型还发虚！教的浓度多大？
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2楼2012-05-28 21:34:32
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ymma213

新虫 (初入文坛)
西瓜: 回帖置顶 2012-05-31 09:39:54
引用回帖:
2楼: Originally posted by cxb-abc at 2012-05-28 21:34:32
把你跑的条件说明白些，还没有见到过这样的图片哦，带型还发虚！教的浓度多大？

首先谢谢您的关注。请您在帮我们分析一下原因：
我们用的6%变性胶，95瓦1000伏预电泳20分钟，1倍的TBE缓冲液，上样量3ul.

PCR反应条件：
预变性：94℃，5min
变  性：94℃，30s
退  火：55℃，30s
延  伸：72℃，40s
34个循环
延  伸：72℃，8min
保  存：4℃

PCR反应体系：10×Buffer 1.25 ul，dNTP (2.5mM) 1 ul，Primer1(2uM) 1 ul，Primer2(2uM) 1 ul，dH2O 6.55 ul，Taq(5u/ul) 0.2 ul，模板DNA 1.5 ul。
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3楼2012-05-29 19:40:22
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cxb-abc

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ymma213 at 2012-05-29 19:40:22
首先谢谢您的关注。请您在帮我们分析一下原因：
我们用的6%变性胶，95瓦1000伏预电泳20分钟，1倍的TBE缓冲液，上样量3ul.

PCR反应条件：
预变性：94℃，5min
变  性：94℃，30s
退  火：55℃，30s
延  伸： ...

整体带型还可以，比较清晰，建议
1，你把胶浓度降到4%，看看还有没有上端的似条带的东西。
2，带型发虚，说明预电泳时间不够，延长预电泳时间。
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4楼2012-05-29 20:30:58
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