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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 专业学科区 » 农林 » 作物 » 利用高代RIL群体定位基因
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farawaylcr

铜虫 (小有名气)

[求助] 利用高代RIL群体定位基因

菜鸟对遗传学尤其是群体遗传学一窍不通，请专家们指导啊，金币不多，见谅了。。。。。。

现在有几百个单株的六倍体小麦RIL群体，但是，如何定位控制某一性状的单基因（初步研究结果）呢？？
可以用普通的分子生物学方法，也可以用SNP array，Bulk segregart analysis等方法，如果能具体点说明最好，多谢了。。。
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1楼2011-11-07 15:12:35
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

日中天0

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3665188楼: Originally posted by wujt at 2011-11-09 08:12:08
利用BSA方法：
1. 调查单株性状数据，挑选极端性状单株（各5-10株，例如定位控制株高基因，就挑选最高的5株和最矮的5株），提取DNA，分别混合成高低池。
2. 利用覆盖全基因组的标记（SSR，SNP，Indel等）对高低池 ...

有几个问题想请教大侠，希望您能不吝赐教！
1，第2步中找到的多态性标记是否即使与性状关联的标记？如果是，那为什么还要计算他们的遗传距离，遗传距离仅仅是相对位置，对于进一步的研究有什么帮助吗？
2，怎么通关联标记得到目的基因的全长呢？
3，BSA是否需要群体的亲本呢，是否要在亲本中检验标记的多态性？
十分感谢！
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9楼2012-08-21 10:03:57
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wujt

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
farawaylcr(金币+10): 谢谢你。如何利用SNP array来做呢？ 2011-11-09 12:09:56
缺友情(金币+3, 农林EPI+1): 优秀应助，授予EPI，欢迎常来农林版！ 2011-11-10 18:28:51
利用BSA方法：
1. 调查单株性状数据，挑选极端性状单株（各5-10株，例如定位控制株高基因，就挑选最高的5株和最矮的5株），提取DNA，分别混合成高低池。
2. 利用覆盖全基因组的标记（SSR，SNP，Indel等）对高低池进行筛选，寻找多态性标记。
3. 利用多态性标记在定位群体（初步定位群体200株左右）中寻找交换（重组）单株。
4.利用多态性标记，构建遗传图谱，根据重组率，得到遗传距离，即初步定位结果。
建议你多看看专业书，上面都有很多介绍的！
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sswen812
每天成熟一点！
2楼2011-11-09 08:12:08
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dazhismile

木虫 (小有名气)
你现在如何确定控制这一形状的是单基因而不是QTL呢？如果是QTL， 是不是考虑要对群体内的每一个单株进行标记？
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3楼2011-11-09 15:05:01
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farawaylcr

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by dazhismile at 2011-11-09 15:05:01:
你现在如何确定控制这一形状的是单基因而不是QTL呢？如果是QTL， 是不是考虑要对群体内的每一个单株进行标记？

我们利用F2:3调查发现是一个单基因控制的啊。但是现在怎么能把这个基因定位在某一染色体上呢？
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4楼2011-11-10 06:40:38
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dazhismile

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
缺友情(金币+3): 鼓励应助交流！欢迎常来农林版！ 2011-11-10 18:28:31
那就用两点测验和三点测验？
两点测验:先用3次杂交，再用3次测交(隐性纯合亲本)来分别测定两对基因间是否连锁，然后再根据其交换值确定它们在同一染色体上的位置。
三点测验:通过一次杂交和一次用隐性亲本测交，同时测定三对基因在染色体上的位置，这是基因定位最常用的方法。
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5楼2011-11-10 15:03:45
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
木虫/panda(金币+10): 感谢专家的积极应助，欢迎常来农林版~ 2011-11-11 22:54:34
小麦SNP array 比较难做, 异源六倍体, 每份基因都有ABD三个拷贝, 因此做出来的SNP array的结果比较难定位, 一般都是公司芯片做,之后需把其再开发出宜用的PCR标记才好用,比较费力.
用常规的SSR, dCAPS, CAPS, EST, 等就OK了.
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真相是最大的奢侈品
6楼2011-11-11 12:17:09
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根
引用回帖:
1楼: Originally posted by farawaylcr at 2011-11-07 15:12:35:
菜鸟对遗传学尤其是群体遗传学一窍不通，请专家们指导啊，金币不多，见谅了。。。。。。

现在有几百个单株的六倍体小麦RIL群体，但是，如何定位控制某一性状的单基因（初步研究结果）呢？？
可以用普通的分子 ...

首先,先要对表型进行分析,表型数据的次数分布图可以看出其是由单基因控制还是多基因QTL, 你用的是RIL, 根据我的经验RIL一般是做数量性状QTL较多, 对于单基因, F2或者F2:3就可以定位.
RIL构建时间长,F2或者F2:3构建时间短!
其次 可按照2 楼的说法!
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真相是最大的奢侈品
7楼2011-11-11 12:21:58
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根
Bulk segregart analysis 就是2楼的解释!
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真相是最大的奢侈品
8楼2011-11-11 12:22:47
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sswen812

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by wujt at 2011-11-08 12:12:08
利用BSA方法：
1. 调查单株性状数据，挑选极端性状单株（各5-10株，例如定位控制株高基因，就挑选最高的5株和最矮的5株），提取DNA，分别混合成高低池。
2. 利用覆盖全基因组的标记（SSR，SNP，Indel等）对高低池 ...

应该看哪个版本的专业书呢？因为是外行，实验需要，想大概了解一下图位克隆的基本原理和各种不同方法的具体操作
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10楼2019-06-20 23:38:57
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