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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 专业学科区 » 农林 » 作物 » 利用高代RIL群体定位基因
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farawaylcr

铜虫 (小有名气)

[求助] 利用高代RIL群体定位基因

菜鸟对遗传学尤其是群体遗传学一窍不通，请专家们指导啊，金币不多，见谅了。。。。。。

现在有几百个单株的六倍体小麦RIL群体，但是，如何定位控制某一性状的单基因（初步研究结果）呢？？
可以用普通的分子生物学方法，也可以用SNP array，Bulk segregart analysis等方法，如果能具体点说明最好，多谢了。。。
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1楼 2011-11-07 15:12:35
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
木虫/panda(金币+10): 感谢专家的积极应助，欢迎常来农林版~ 2011-11-11 22:54:34
小麦SNP array 比较难做, 异源六倍体, 每份基因都有ABD三个拷贝, 因此做出来的SNP array的结果比较难定位, 一般都是公司芯片做,之后需把其再开发出宜用的PCR标记才好用,比较费力.
用常规的SSR, dCAPS, CAPS, EST, 等就OK了.
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真相是最大的奢侈品
6楼2011-11-11 12:17:09
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wujt

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
farawaylcr(金币+10): 谢谢你。如何利用SNP array来做呢？ 2011-11-09 12:09:56
缺友情(金币+3, 农林EPI+1): 优秀应助，授予EPI，欢迎常来农林版！ 2011-11-10 18:28:51
利用BSA方法：
1. 调查单株性状数据，挑选极端性状单株（各5-10株，例如定位控制株高基因，就挑选最高的5株和最矮的5株），提取DNA，分别混合成高低池。
2. 利用覆盖全基因组的标记（SSR，SNP，Indel等）对高低池进行筛选，寻找多态性标记。
3. 利用多态性标记在定位群体（初步定位群体200株左右）中寻找交换（重组）单株。
4.利用多态性标记，构建遗传图谱，根据重组率，得到遗传距离，即初步定位结果。
建议你多看看专业书，上面都有很多介绍的！
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sswen812
每天成熟一点！
2楼2011-11-09 08:12:08
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dazhismile

木虫 (小有名气)
你现在如何确定控制这一形状的是单基因而不是QTL呢？如果是QTL， 是不是考虑要对群体内的每一个单株进行标记？
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3楼2011-11-09 15:05:01
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farawaylcr

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by dazhismile at 2011-11-09 15:05:01:
你现在如何确定控制这一形状的是单基因而不是QTL呢？如果是QTL， 是不是考虑要对群体内的每一个单株进行标记？

我们利用F2:3调查发现是一个单基因控制的啊。但是现在怎么能把这个基因定位在某一染色体上呢？
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4楼2011-11-10 06:40:38
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