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farawaylcr

铜虫 (小有名气)

[求助] 利用高代RIL群体定位基因

菜鸟对遗传学尤其是群体遗传学一窍不通,请专家们指导啊,金币不多,见谅了。。。。。。

现在有几百个单株的六倍体小麦RIL群体,但是,如何定位控制某一性状的单基因(初步研究结果)呢??
可以用普通的分子生物学方法,也可以用SNP array,Bulk segregart analysis等方法,如果能具体点说明最好,多谢了。。。
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
木虫/panda(金币+10): 感谢专家的积极应助,欢迎常来农林版~ 2011-11-11 22:54:34
小麦SNP array 比较难做, 异源六倍体, 每份基因都有ABD三个拷贝, 因此做出来的SNP array的结果比较难定位, 一般都是公司芯片做,之后需把其再开发出宜用的PCR标记才好用,比较费力.
用常规的SSR, dCAPS, CAPS, EST, 等就OK了.
真相是最大的奢侈品
6楼2011-11-11 12:17:09
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查看全部 11 个回答

wujt

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
farawaylcr(金币+10): 谢谢你。如何利用SNP array来做呢? 2011-11-09 12:09:56
缺友情(金币+3, 农林EPI+1): 优秀应助,授予EPI,欢迎常来农林版! 2011-11-10 18:28:51
利用BSA方法:
1. 调查单株性状数据,挑选极端性状单株(各5-10株,例如定位控制株高基因,就挑选最高的5株和最矮的5株),提取DNA,分别混合成高低池。
2. 利用覆盖全基因组的标记(SSR,SNP,Indel等)对高低池进行筛选,寻找多态性标记。
3. 利用多态性标记在定位群体(初步定位群体200株左右)中寻找交换(重组)单株。
4.利用多态性标记,构建遗传图谱,根据重组率,得到遗传距离,即初步定位结果。
建议你多看看专业书,上面都有很多介绍的!

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每天成熟一点!
2楼2011-11-09 08:12:08
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dazhismile

木虫 (小有名气)

你现在如何确定控制这一形状的是单基因而不是QTL呢?如果是QTL, 是不是考虑要对群体内的每一个单株进行标记?
3楼2011-11-09 15:05:01
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farawaylcr

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by dazhismile at 2011-11-09 15:05:01:
你现在如何确定控制这一形状的是单基因而不是QTL呢?如果是QTL, 是不是考虑要对群体内的每一个单株进行标记?

我们利用F2:3调查发现是一个单基因控制的啊。但是现在怎么能把这个基因定位在某一染色体上呢?
4楼2011-11-10 06:40:38
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