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wskxbxf

新虫 (小有名气)

[交流] AFLP酶切连接 求高人指点啊已有5人参与

最近做AFLP酶切连接的条件摸索,我用的是植物材料 DNA提取的结果OD260/280都在1.8左右,双酶切用的NEB的EcoRI 和Mse I,酶切分别做了1-6h的梯度,DNA加了400ng左右,没有做DNA的梯度,用的酶切体系是20微升的,但是酶切结果 跑电泳之后,隐隐约约能看到弥散,这几个时间没什么区别,上样量已经用了10微升,但还是看不出来什么,试着做了一下连接,之后做的PCR,结果如果,不知道酶切的问题究竟该怎么解决,连接产物跑电泳也很不理想,如图,请高人指导啊

PCR结果



酶切连接结果电泳图
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wskxbxf

新虫 (小有名气)

引用回帖:
1楼: Originally posted by wskxbxf at 2011-11-29 20:09:10:
最近做AFLP酶切连接的条件摸索,我用的是植物材料 DNA提取的结果OD260/280都在1.8左右,双酶切用的NEB的EcoRI 和Mse I,酶切分别做了1-6h的梯度,DNA加了400ng左右,没有做DNA的梯度,用的酶切体系是20微升的,但 ...

没有高人指点 哎
2楼2011-11-30 10:14:31
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7788945

银虫 (小有名气)

非高人想指点,但是。。
3楼2011-11-30 11:05:16
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schkk

至尊木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
PCR图是预扩增还是选择性扩增的结果啊?这个实验最后需要用大板的PAGE的测序胶作电泳的,琼脂糖分辩率不够,跑的效果基本也就这样了
4楼2011-12-05 19:34:04
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wskxbxf

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by schkk at 2011-12-05 19:34:04:
PCR图是预扩增还是选择性扩增的结果啊?这个实验最后需要用大板的PAGE的测序胶作电泳的,琼脂糖分辩率不够,跑的效果基本也就这样了

是预扩增的结果 我很困惑酶切连接的结果 求指点啊 不胜感激
5楼2011-12-05 20:38:07
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xjtianying

新虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
我也是初学者,我想问一下,你继续做选扩了没有,可以继续做选扩试试,选扩是要用大板的PAGE 跑的……看看结果怎么样

[ Last edited by xjtianying on 2011-12-5 at 21:34 ]
6楼2011-12-05 21:33:23
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schkk

至尊木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
那你作选扩吧,应该没什么问题,预扩弥散的状态看着不错,等把选扩作完了上结果再分析吧,现在看不出来什么的,连接后电泳是没什么可看的,量太小了,除非你浓缩一下后再电泳
7楼2011-12-05 21:55:16
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wskxbxf

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by xjtianying at 2011-12-05 21:33:23:
我也是初学者,我想问一下,你继续做选扩了没有,可以继续做选扩试试,选扩是要用大板的PAGE 跑的……看看结果怎么样
[ Last edited by xjtianying on 2011-12-5 at 21:34 ]

恩,最近准备做选择性扩增试试,结果到时候拿出来大家一起分享和讨论,我也是第一次做AFLP,以后有什么问题我们可以互相交流和沟通。
8楼2011-12-06 10:12:54
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wskxbxf

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by schkk at 2011-12-05 21:55:16:
那你作选扩吧,应该没什么问题,预扩弥散的状态看着不错,等把选扩作完了上结果再分析吧,现在看不出来什么的,连接后电泳是没什么可看的,量太小了,除非你浓缩一下后再电泳

谢谢指导,最近准备做选扩,到时候再分析一下。
9楼2011-12-06 10:14:01
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yueyangyy85

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
西瓜(金币+4): 鼓励交流!欢迎常来! 2011-12-21 18:59:50
不知道你的问题解决了么,植物基因组本身含的次生代谢产物比较多,一般酶切的时间两小时左右,时间太长效果也效果不明显,弥散的还是可以的。选择性扩增时,引物退火温度要适当低些,不然引物二聚体会比较明显!
10楼2011-12-21 11:59:15
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