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catmihzh

木虫 (小有名气)

虫虫特攻队队长

[求助] 提基因组的问题

用酚氯仿法提一个曲霉基因组,最后用TE溶沉淀时感觉很稠,并且有点淡黄,用未稀释的和稀释30倍的分别跑电泳,结果未稀释的是长长的亮带,稀释的有一条带,但是大小比基因组的要小,如图,前孔是未稀释的,后面一个是稀释的。已经提了三次了,都差不多这样,求解释。。。
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healerly

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

2楼2011-11-18 23:26:32
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catmihzh

木虫 (小有名气)

虫虫特攻队队长

引用回帖:
2楼: Originally posted by healerly at 2011-11-18 23:26:32:
降解了~~~而且很严重~~~你是怎么裂解菌的?

我用石英砂加DNA提取液研磨的
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3楼2011-11-19 09:44:50
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healerly

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

4楼2011-11-19 11:37:56
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longrna

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
wanhscn(金币+3): 有道理! 2011-11-19 18:41:40
稀释的那处应该比23k也没小多少吧? 下次点近一点Marker,建议用0.6%的胶。4-5V/cm,电泳1小时。
从你电泳图来看,有两个问题,
1.产量太高了。
2.有RNA污染。

建议:
1.不用这么多样品量提取,或者最后溶解后再稀释。样品量有时并不是用得越多越好。特别如果样品本身含有丰富的核酸酶时,如果用很多的样品导致裂解液不足以抑制内源性的核酸酶,那得不偿失。适量!
2.从你稀释的样品来看,23k位置有一条带,是DNA条带。下面的是还没有降解完全的RNA。如不是你所用样品量过多,那就是此霉RNA含量丰富,再要不就是你的RNase活性不足或温育时间不够。
伟大航线....
5楼2011-11-19 14:15:39
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catmihzh

木虫 (小有名气)

虫虫特攻队队长

引用回帖:
4楼: Originally posted by healerly at 2011-11-19 11:37:56:
是冰浴吗?

要全程冰浴吗?
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6楼2011-11-19 15:54:50
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catmihzh

木虫 (小有名气)

虫虫特攻队队长

引用回帖:
5楼: Originally posted by longrna at 2011-11-19 14:15:39:
稀释的那处应该比23k也没小多少吧? 下次点近一点Marker,建议用0.6%的胶。4-5V/cm,电泳1小时。
从你电泳图来看,有两个问题,
1.产量太高了。
2.有RNA污染。

建议:
1.不用这么多样品量提取,或者最后溶解 ...

产量太高,不会吧,我师姐之前都没用RNA酶,效果还不错啊
[url=http://weibo.com/2152924384?s=6uyXnP][img]http://service.t.sina.com.cn/widget/qmd/2152924384/13d43368/7.png[/img][/url]
7楼2011-11-19 15:56:22
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dragoner

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

是不是有蛋白质?
8楼2011-11-19 17:21:46
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longrna

新虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by catmihzh at 2011-11-19 15:56:22:
产量太高,不会吧,我师姐之前都没用RNA酶,效果还不错啊

不同物种RNA含量是不一样的。有些样品的DNA提取的确不需要添加RNase,一是该样品RNA含量低,二是在提DNA的过程由于不是RNA-free,本身就容易降解的RNA随着你提取的过程已降解掉了。
当然了,如果你提个DNA只是用来做做PCR验证什么的,残留一点RNA也没关系,无关紧要。
不过LZ的这个没稀释的电泳图跑的实在是.....
伟大航线....
9楼2011-11-19 21:07:22
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longrna

新虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by dragoner at 2011-11-19 17:21:46:
是不是有蛋白质?

从LZ稀释的样品点样孔看应该没有蛋白质污染。点样孔没有残留。未稀释的点样我个人觉得不具参加意义,只是可以看出上样量过高。
伟大航线....
10楼2011-11-19 21:09:24
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