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catmihzh

木虫 (小有名气)

虫虫特攻队队长

[求助] 提基因组的问题

用酚氯仿法提一个曲霉基因组，最后用TE溶沉淀时感觉很稠，并且有点淡黄，用未稀释的和稀释30倍的分别跑电泳，结果未稀释的是长长的亮带，稀释的有一条带，但是大小比基因组的要小，如图，前孔是未稀释的，后面一个是稀释的。已经提了三次了，都差不多这样，求解释。。。
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1楼2011-11-18 21:32:08
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healerly

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
2楼2011-11-18 23:26:32
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catmihzh

木虫 (小有名气)

虫虫特攻队队长
引用回帖:
2楼: Originally posted by healerly at 2011-11-18 23:26:32:
降解了~~~而且很严重~~~你是怎么裂解菌的？

我用石英砂加DNA提取液研磨的
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3楼2011-11-19 09:44:50
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healerly

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
4楼2011-11-19 11:37:56
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longrna

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
wanhscn(金币+3): 有道理! 2011-11-19 18:41:40
稀释的那处应该比23k也没小多少吧？ 下次点近一点Marker,建议用0.6%的胶。4-5V/cm，电泳1小时。
从你电泳图来看，有两个问题，
1.产量太高了。
2.有RNA污染。

建议：
1.不用这么多样品量提取，或者最后溶解后再稀释。样品量有时并不是用得越多越好。特别如果样品本身含有丰富的核酸酶时，如果用很多的样品导致裂解液不足以抑制内源性的核酸酶，那得不偿失。适量！
2.从你稀释的样品来看，23k位置有一条带，是DNA条带。下面的是还没有降解完全的RNA。如不是你所用样品量过多，那就是此霉RNA含量丰富，再要不就是你的RNase活性不足或温育时间不够。
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伟大航线....
5楼2011-11-19 14:15:39
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catmihzh

木虫 (小有名气)

虫虫特攻队队长
引用回帖:
4楼: Originally posted by healerly at 2011-11-19 11:37:56:
是冰浴吗？

要全程冰浴吗？
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6楼2011-11-19 15:54:50
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catmihzh

木虫 (小有名气)

虫虫特攻队队长
引用回帖:
5楼: Originally posted by longrna at 2011-11-19 14:15:39:
稀释的那处应该比23k也没小多少吧？ 下次点近一点Marker,建议用0.6%的胶。4-5V/cm，电泳1小时。
从你电泳图来看，有两个问题，
1.产量太高了。
2.有RNA污染。

建议：
1.不用这么多样品量提取，或者最后溶解 ...

产量太高，不会吧，我师姐之前都没用RNA酶，效果还不错啊
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7楼2011-11-19 15:56:22
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dragoner

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

是不是有蛋白质？
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8楼2011-11-19 17:21:46
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longrna

新虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by catmihzh at 2011-11-19 15:56:22:
产量太高，不会吧，我师姐之前都没用RNA酶，效果还不错啊

不同物种RNA含量是不一样的。有些样品的DNA提取的确不需要添加RNase，一是该样品RNA含量低，二是在提DNA的过程由于不是RNA-free，本身就容易降解的RNA随着你提取的过程已降解掉了。
当然了，如果你提个DNA只是用来做做PCR验证什么的，残留一点RNA也没关系，无关紧要。
不过LZ的这个没稀释的电泳图跑的实在是.....
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伟大航线....
9楼2011-11-19 21:07:22
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longrna

新虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by dragoner at 2011-11-19 17:21:46:
是不是有蛋白质？

从LZ稀释的样品点样孔看应该没有蛋白质污染。点样孔没有残留。未稀释的点样我个人觉得不具参加意义，只是可以看出上样量过高。
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伟大航线....
10楼2011-11-19 21:09:24
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