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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 真菌基因组DAN提取图片，求高人指点
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doudouxiong

铜虫 (小有名气)

[求助] 真菌基因组DAN提取图片，求高人指点

这是我提取的真菌基因组的DNA，因为材料量比较少的问题，因此采用液氮研磨，然后再用CTAB研磨，后用氯仿异戊醇抽提两次，然后用酒精洗，结果每次检测的图片都是这样，请问这是DNA降解还是蛋白质污染，如果是DNA降解，那么是我研磨的时候降解的吗？可能有那种情况就是研磨的时候把DNA研磨断了或者是破了导致的降解这一说法吗？
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1楼 2011-10-16 15:53:52
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

蓝月望宁

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
西瓜(金币+4): Good！ 2011-10-19 18:36:31
我也来说说。
1.你的电泳图，MARker条带跑的很漂亮，可以排除电泳条件方面的原因。
2.点样孔发亮的原因是有机物和蛋白质等杂质，这个不是关键问题。
3.样品DNA条带弥散，几乎布满整个泳道，说明DNA严重降解，这才是问题关键。
个人愚见。所有实验用品灭菌，除去核酸酶，操作过程中在冰上进行，操作过程尽量轻柔。
你提取DNA的方法我没用过，仅仅根据我自己用的方法及应验给你提的建议，仅供参考！
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坚持，一秒钟，就离，成功，近一步！
12楼2011-10-19 09:54:07
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doudouxiong

铜虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by honjie at 2011-10-17 10:12:50:
加蛋白酶K60度处理1小时看看，看你的图片有两个泳道有堵孔现象，可能是蛋白，另外，DNA有讲解的现象，建议用SDS破膜剂试试看，减少研磨次数和时间，量若不多，加SDS破膜后反复吹打即可，未必要研磨。

不好意思，本来想给你金币的，结果计算错了，送一段花给你吧
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9楼2011-10-18 23:56:39
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普通回帖

liukgg

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
amisking(金币+3): 鼓励应助发帖！ 2011-10-16 21:27:32
doudouxiong(金币+3): 我做的是锈菌的夏孢子，孢子壁相当厚，很难磨破的，哎，悲剧的 2011-10-18 23:55:25
蛋白污染的可能性大一些，因为点样孔那都有污染的情况发生。一般来说液氮研磨时应该不会将DNA破坏。试一下别的方法。《6种链霉菌基因组DNA提取方法比较》这篇文献里面讲了几种方法，可以试一下，我以前也是做的链霉菌的，没做过真菌的，但它们的相似度还是挺高的。
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山水凤凰
2楼2011-10-16 18:27:00
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547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
wanhscn(金币+1): 鼓励交流 2011-10-17 18:49:30
doudouxiong(金币+2): 2011-10-18 23:55:33
抽提前穿插加SDS和蛋白酶K处理看看。
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为什么
3楼2011-10-17 01:50:17
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怎么都行

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

遇上这种情况还不如多花点钱用试剂盒呢
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4楼2011-10-17 02:11:30
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doudouxiong

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 怎么都行 at 2011-10-17 02:11:30:
遇上这种情况还不如多花点钱用试剂盒呢

老师不给买
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5楼2011-10-17 08:28:09
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honjie

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
wanhscn(金币+2): 鼓励交流 2011-10-17 18:49:14
加蛋白酶K60度处理1小时看看，看你的图片有两个泳道有堵孔现象，可能是蛋白，另外，DNA有讲解的现象，建议用SDS破膜剂试试看，减少研磨次数和时间，量若不多，加SDS破膜后反复吹打即可，未必要研磨。
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doudouxiong
6楼2011-10-17 10:12:50
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另一个天堂

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
wanhscn(金币+2): 鼓励交流 2011-10-17 18:49:01
doudouxiong(金币+5): 2011-10-18 23:54:18
2个原因：蛋白质污染或者DNA降解
抽提时可以用酚：氯仿:异戊醇抽屉一下，防止蛋白质污染。最后再用RNase处理。如果还是这样的结果，那就是DNA降解了
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doudouxiong
7楼2011-10-17 11:56:53
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ybs007

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
西瓜(金币+1): 鼓励交流 2011-10-19 18:35:30
我以前提过酵母基因组 用氯化苄法   你可以参考参考
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doudouxiong
平生我自知
8楼2011-10-17 18:25:23
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doudouxiong

铜虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 另一个天堂 at 2011-10-17 11:56:53:
2个原因：蛋白质污染或者DNA降解
抽提时可以用酚：氯仿:异戊醇抽屉一下，防止蛋白质污染。最后再用RNase处理。如果还是这样的结果，那就是DNA降解了

没有金币了，送朵鲜花给你吧
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10楼2011-10-18 23:57:32
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