应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 进化树分析求助
71/1返回列表
查看: 1101  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lihongyeer

金虫 (正式写手)

[交流] 进化树分析求助

做微生物的鉴定，选了ncbi中max identity为99%左右的20株做比对，现在有两个问题
首先是待测菌与已知菌不在一个分支下，期间也增减了一些序列，还是这样
二是个别未知菌虽然和已知菌在一个分支下，但前边的系数很小，40的也有
不知以上问题出现的原因是什么，怎么解决，急求好心的高手指导！下图中的MDB7是待鉴定的
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-07-19 16:55:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tuobaohua

荣誉版主 (文坛精英)
★ ★ ★
lihongyeer(金币+1):谢谢参与
lstt09nk(金币+2): 感谢交流 2011-07-20 14:48:29
首先解答楼主的第二个问题，数值低很正常，它代表的是进化距离。低表明它们离同一个“祖先”比较远一点，我是这样理解的哈。
第一个问题，这种情况，我还真没碰见过。不过貌似也可以认为是正常情况，望下面有高手进来解答。
请问楼主是16S鉴定吗？
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-07-19 21:52:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tuobaohua at 2011-07-19 21:52:38:
首先解答楼主的第二个问题，数值低很正常，它代表的是进化距离。低表明它们离同一个“祖先”比较远一点，我是这样理解的哈。
第一个问题，这种情况，我还真没碰见过。不过貌似也可以认为是正常情况，望下面有高手 ...

是做的16s的，克隆测序得到的序列
赞一下 回复此楼
3楼2011-07-19 22:08:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leimiao_hit

木虫之王 (文学泰斗)
★ ★ ★
lihongyeer(金币+1):谢谢参与
lstt09nk(金币+2): 鼓励交流，欢迎常来 2011-07-20 14:48:56
数值低很正常，它代表的是进化距离
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-07-19 22:29:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by leimiao_hit at 2011-07-19 22:29:10:
数值低很正常，它代表的是进化距离

谢谢，我看到很多文献都是98、99的，所以很疑惑，另外不在一个分支下这是怎么回事呢
赞一下 回复此楼
5楼2011-07-19 22:46:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tuobaohua

荣誉版主 (文坛精英)
你是用的MEGA做的进化树？
数值低肯定没问题，但是那个不在同一个分支上我没法解释，不知道是不是算正常。从来没碰见过
帮不上忙
赞一下 回复此楼
6楼2011-07-20 07:52:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiadongliang

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
lihongyeer(金币+1):谢谢参与
lihongyeer(金币+5): 好的，我再看看，谢谢你的建议 2011-07-20 08:43:05
lstt09nk(金币+2): 鼓励应助 2011-07-20 14:49:20
引用回帖:
Originally posted by lihongyeer at 2011-07-19 16:55:53:
做微生物的鉴定，选了ncbi中max identity为99%左右的20株做比对，现在有两个问题
首先是待测菌与已知菌不在一个分支下，期间也增减了一些序列，还是这样
二是个别未知菌虽然和已知菌在一个分支下，但前边的系数 ...

是不是你的序列有问题，特别是你的样本序列是不是与其他的NCBI上下载的序列是反向互补的？你仔细看一下，如果序列的方向不是一致的，进化树就不对了。
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2011-07-20 08:38:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lihongyeer 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭