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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 进化树分析求助
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lihongyeer

金虫 (正式写手)

[交流] 进化树分析求助

做微生物的鉴定，选了ncbi中max identity为99%左右的20株做比对，现在有两个问题
首先是待测菌与已知菌不在一个分支下，期间也增减了一些序列，还是这样
二是个别未知菌虽然和已知菌在一个分支下，但前边的系数很小，40的也有
不知以上问题出现的原因是什么，怎么解决，急求好心的高手指导！下图中的MDB7是待鉴定的
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1楼 2011-07-19 16:55:53
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tuobaohua

荣誉版主 (文坛精英)
★ ★ ★
lihongyeer(金币+1):谢谢参与
lstt09nk(金币+2): 感谢交流 2011-07-20 14:48:29
首先解答楼主的第二个问题，数值低很正常，它代表的是进化距离。低表明它们离同一个“祖先”比较远一点，我是这样理解的哈。
第一个问题，这种情况，我还真没碰见过。不过貌似也可以认为是正常情况，望下面有高手进来解答。
请问楼主是16S鉴定吗？
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2楼2011-07-19 21:52:38
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lihongyeer

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tuobaohua at 2011-07-19 21:52:38:
首先解答楼主的第二个问题，数值低很正常，它代表的是进化距离。低表明它们离同一个“祖先”比较远一点，我是这样理解的哈。
第一个问题，这种情况，我还真没碰见过。不过貌似也可以认为是正常情况，望下面有高手 ...

是做的16s的，克隆测序得到的序列
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3楼2011-07-19 22:08:18
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leimiao_hit

木虫之王 (文学泰斗)
★ ★ ★
lihongyeer(金币+1):谢谢参与
lstt09nk(金币+2): 鼓励交流，欢迎常来 2011-07-20 14:48:56
数值低很正常，它代表的是进化距离
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4楼2011-07-19 22:29:10
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lihongyeer

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by leimiao_hit at 2011-07-19 22:29:10:
数值低很正常，它代表的是进化距离

谢谢，我看到很多文献都是98、99的，所以很疑惑，另外不在一个分支下这是怎么回事呢
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5楼2011-07-19 22:46:35
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tuobaohua

荣誉版主 (文坛精英)
你是用的MEGA做的进化树？
数值低肯定没问题，但是那个不在同一个分支上我没法解释，不知道是不是算正常。从来没碰见过
帮不上忙
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6楼2011-07-20 07:52:16
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
lihongyeer(金币+1):谢谢参与
lihongyeer(金币+5): 好的，我再看看，谢谢你的建议 2011-07-20 08:43:05
lstt09nk(金币+2): 鼓励应助 2011-07-20 14:49:20
引用回帖:
Originally posted by lihongyeer at 2011-07-19 16:55:53:
做微生物的鉴定，选了ncbi中max identity为99%左右的20株做比对，现在有两个问题
首先是待测菌与已知菌不在一个分支下，期间也增减了一些序列，还是这样
二是个别未知菌虽然和已知菌在一个分支下，但前边的系数 ...

是不是你的序列有问题，特别是你的样本序列是不是与其他的NCBI上下载的序列是反向互补的？你仔细看一下，如果序列的方向不是一致的，进化树就不对了。
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7楼2011-07-20 08:38:33
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