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lihongyeer

金虫 (正式写手)


[交流] 进化树分析求助

做微生物的鉴定,选了ncbi中max identity为99%左右的20株做比对,现在有两个问题
首先是待测菌与已知菌不在一个分支下,期间也增减了一些序列,还是这样
二是个别未知菌虽然和已知菌在一个分支下,但前边的系数很小,40的也有
不知以上问题出现的原因是什么,怎么解决,急求好心的高手指导!下图中的MDB7是待鉴定的
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★ ★ ★
lihongyeer(金币+1):谢谢参与
lstt09nk(金币+2): 感谢交流 2011-07-20 14:48:29
首先解答楼主的第二个问题,数值低很正常,它代表的是进化距离。低表明它们离同一个“祖先”比较远一点,我是这样理解的哈。
第一个问题,这种情况,我还真没碰见过。不过貌似也可以认为是正常情况,望下面有高手进来解答。
请问楼主是16S鉴定吗?
2楼2011-07-19 21:52:38
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lihongyeer

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by tuobaohua at 2011-07-19 21:52:38:
首先解答楼主的第二个问题,数值低很正常,它代表的是进化距离。低表明它们离同一个“祖先”比较远一点,我是这样理解的哈。
第一个问题,这种情况,我还真没碰见过。不过貌似也可以认为是正常情况,望下面有高手 ...

是做的16s的,克隆测序得到的序列
3楼2011-07-19 22:08:18
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★ ★ ★
lihongyeer(金币+1):谢谢参与
lstt09nk(金币+2): 鼓励交流,欢迎常来 2011-07-20 14:48:56
数值低很正常,它代表的是进化距离
4楼2011-07-19 22:29:10
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lihongyeer

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by leimiao_hit at 2011-07-19 22:29:10:
数值低很正常,它代表的是进化距离

谢谢,我看到很多文献都是98、99的,所以很疑惑,另外不在一个分支下这是怎么回事呢
5楼2011-07-19 22:46:35
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你是用的MEGA做的进化树?
数值低肯定没问题,但是那个不在同一个分支上我没法解释,不知道是不是算正常。从来没碰见过
帮不上忙
6楼2011-07-20 07:52:16
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xiadongliang

金虫 (正式写手)


★ ★ ★
lihongyeer(金币+1):谢谢参与
lihongyeer(金币+5): 好的,我再看看,谢谢你的建议 2011-07-20 08:43:05
lstt09nk(金币+2): 鼓励应助 2011-07-20 14:49:20
引用回帖:
Originally posted by lihongyeer at 2011-07-19 16:55:53:
做微生物的鉴定,选了ncbi中max identity为99%左右的20株做比对,现在有两个问题
首先是待测菌与已知菌不在一个分支下,期间也增减了一些序列,还是这样
二是个别未知菌虽然和已知菌在一个分支下,但前边的系数 ...

是不是你的序列有问题,特别是你的样本序列是不是与其他的NCBI上下载的序列是反向互补的?你仔细看一下,如果序列的方向不是一致的,进化树就不对了。
7楼2011-07-20 08:38:33
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