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lihongyeer

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[交流] 进化树分析求助

做微生物的鉴定，选了ncbi中max identity为99%左右的20株做比对，现在有两个问题
首先是待测菌与已知菌不在一个分支下，期间也增减了一些序列，还是这样
二是个别未知菌虽然和已知菌在一个分支下，但前边的系数很小，40的也有
不知以上问题出现的原因是什么，怎么解决，急求好心的高手指导！下图中的MDB7是待鉴定的

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1楼 2011-07-19 16:55:53

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lihongyeer

金虫 (正式写手)

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引用回帖:

Originally posted by tuobaohua at 2011-07-19 21:52:38:
首先解答楼主的第二个问题，数值低很正常，它代表的是进化距离。低表明它们离同一个“祖先”比较远一点，我是这样理解的哈。
第一个问题，这种情况，我还真没碰见过。不过貌似也可以认为是正常情况，望下面有高手 ...

是做的16s的，克隆测序得到的序列