应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 进化树分析求助
51/1返回列表
查看: 1181  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)

[交流] 进化树分析求助

做微生物的鉴定，选了ncbi中max identity为99%左右的20株做比对，现在有两个问题
首先是待测菌与已知菌不在一个分支下，期间也增减了一些序列，还是这样
二是个别未知菌虽然和已知菌在一个分支下，但前边的系数很小，40的也有
不知以上问题出现的原因是什么，怎么解决，急求好心的高手指导！下图中的MDB7是待鉴定的
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-07-19 16:55:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiadongliang

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
lihongyeer(金币+1):谢谢参与
lihongyeer(金币+5): 好的，我再看看，谢谢你的建议 2011-07-20 08:43:05
lstt09nk(金币+2): 鼓励应助 2011-07-20 14:49:20
引用回帖:
Originally posted by lihongyeer at 2011-07-19 16:55:53:
做微生物的鉴定，选了ncbi中max identity为99%左右的20株做比对，现在有两个问题
首先是待测菌与已知菌不在一个分支下，期间也增减了一些序列，还是这样
二是个别未知菌虽然和已知菌在一个分支下，但前边的系数 ...

是不是你的序列有问题，特别是你的样本序列是不是与其他的NCBI上下载的序列是反向互补的？你仔细看一下，如果序列的方向不是一致的，进化树就不对了。
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2011-07-20 08:38:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

tuobaohua

荣誉版主 (文坛精英)
★ ★ ★
lihongyeer(金币+1):谢谢参与
lstt09nk(金币+2): 感谢交流 2011-07-20 14:48:29
首先解答楼主的第二个问题，数值低很正常，它代表的是进化距离。低表明它们离同一个“祖先”比较远一点，我是这样理解的哈。
第一个问题，这种情况，我还真没碰见过。不过貌似也可以认为是正常情况，望下面有高手进来解答。
请问楼主是16S鉴定吗？
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-07-19 21:52:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihongyeer

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tuobaohua at 2011-07-19 21:52:38:
首先解答楼主的第二个问题，数值低很正常，它代表的是进化距离。低表明它们离同一个“祖先”比较远一点，我是这样理解的哈。
第一个问题，这种情况，我还真没碰见过。不过貌似也可以认为是正常情况，望下面有高手 ...

是做的16s的，克隆测序得到的序列
赞一下 回复此楼
3楼2011-07-19 22:08:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leimiao_hit

木虫之王 (文学泰斗)
★ ★ ★
lihongyeer(金币+1):谢谢参与
lstt09nk(金币+2): 鼓励交流，欢迎常来 2011-07-20 14:48:56
数值低很正常，它代表的是进化距离
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-07-19 22:29:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qs8kylt1wr 2026-05-01 3/150 2026-05-02 15:36 by zahslv263y
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qs8kylt1wr 2026-05-01 3/150 2026-05-02 15:21 by zahslv263y
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qs8kylt1wr 2026-05-01 3/150 2026-05-02 15:06 by zahslv263y
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 d8tbypao1q 2026-05-01 3/150 2026-05-02 14:21 by zahslv263y
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 d8tbypao1q 2026-05-01 3/150 2026-05-02 14:06 by zahslv263y
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 d8tbypao1q 2026-05-01 3/150 2026-05-02 14:06 by zahslv263y
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 k17zww5nna 2026-05-01 3/150 2026-05-02 10:21 by ovidyohpyz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 k17zww5nna 2026-05-01 4/200 2026-05-02 10:21 by ovidyohpyz
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 k17zww5nna 2026-05-01 4/200 2026-05-02 10:06 by ovidyohpyz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 k17zww5nna 2026-05-01 3/150 2026-05-02 09:36 by dz7y1p1i98
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 k17zww5nna 2026-05-01 5/250 2026-05-02 09:21 by dz7y1p1i98
[考博] 药化及相关博士的申请 5+3 中药学渣 2026-04-29 3/150 2026-05-01 18:14 by babero
[论文投稿] 一篇MDPI论文改变了学习工作和生活 +3 helsinglee 2026-04-29 4/200 2026-05-01 11:45 by bobvan
[有机交流] 一个化合物的合成路线：CAS:367929-02-0 名称：8β-乙烯基雌二醇 50+4 zhquanbing 2026-04-28 4/200 2026-04-30 22:45 by zyqchem
[文学芳草园] 太白金星有点烦 +3 yexuqing 2026-04-27 3/150 2026-04-30 21:56 by myrtle
[考博] 中国地质大学（北京）博士招生补录，数理学院材料科学与工程专业和材料与化工专业 +3 liuxh329 2026-04-29 3/150 2026-04-30 15:42 by 顺利毕业zs
[基金申请] 收到国自然专家邀请后几年才会有本子送过来评 +3 barley5 2026-04-30 3/150 2026-04-30 14:58 by aspect3000
[考博] 考博 +3 Eternitf 2026-04-29 3/150 2026-04-30 07:17 by 13811244083
[论文投稿] 有没有快的中文核心比较快录用的，纳米材料光催化 5+3 2914439618 2026-04-27 4/200 2026-04-29 08:59 by 北京莱茵润色
[论文投稿] 有人投过CCC中国控制会议吗？ 19+3 初九凡 2026-04-26 3/150 2026-04-27 08:58 by 北京莱茵润色
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭