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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 细菌16s pcr原液测序问题
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kittykbh

铜虫 (正式写手)

[求助] 细菌16s pcr原液测序问题

请教各位大虾~~~我用的引物是27f和1492r，p的是细菌的16s全长，然后原液测序，双向测通后拼接。测序公司每次都能测出的我1492r，每次都是告诉我27f测不通，每次都是测到500bp左右以后断掉，我看了峰图，1492r很稳定也很好，飘峰一般都是在800bp以后了，但是就是27f总是测不通，到500bp突然就杂峰很大很多然后就断掉。
pcr的条带也是很明亮没有杂带的，能是什么原因呢？？？已经测了很多样品了，大部分的27f都测不通，急切的求指教啊~~
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1楼 2011-06-14 23:36:35
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
★ ★
dhd997(金币+2): 鼓励一下 2011-06-15 11:05:01
引用回帖:
Originally posted by kittykbh at 2011-06-14 23:36:35:
请教各位大虾~~~我用的引物是27f和1492r，p的是细菌的16s全长，然后原液测序，双向测通后拼接。测序公司每次都能测出的我1492r，每次都是告诉我27f测不通，每次都是测到500bp左右以后断掉，我看了峰图，1492r很稳 ...

你的27F引物合成不会有问题把。
要不你就重新合成一下27F，要不你就合成一个中间的测序引物反向接着1492R的引物继续测通，不用27F测了。
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2楼2011-06-15 09:54:06
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kittykbh

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xiadongliang at 2011-06-15 09:54:06:
你的27F引物合成不会有问题把。
要不你就重新合成一下27F，要不你就合成一个中间的测序引物反向接着1492R的引物继续测通，不用27F测了。

我已经开始从799反向合成引物往前测了，但是就是很奇怪，不知道原因27f的毛病在哪里，之前都很好的，没有问题的啊~~用别人的引物也是一样测不同
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3楼2011-06-15 11:10:19
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redbull2011

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

kittykbh(金币+2): 2011-06-17 23:33:53
换家公司测试试
不同公司技术有差别 胶也让公司回收算了 省事
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4楼2011-06-16 21:55:36
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shicaozhu

银虫 (小有名气)
我16s测序都是连在T载上面去测的，这样比较靠谱
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5楼2012-04-07 13:46:41
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465663473

铜虫 (小有名气)
估计是你的27F引物被核酸污染了，换一管新的引物给测序公司吧。
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6楼2013-01-06 14:31:56
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wu_shiyong

银虫 (正式写手)
你直接把菌液给公司做给你结果得了！
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低调稳重务实内敛---------------残
7楼2013-01-06 15:26:14
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kittykbh

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
2470457楼: Originally posted by wu_shiyong at 2013-01-06 15:26:14
你直接把菌液给公司做给你结果得了！

哇，好久远的贴了，我都快毕业了呢~~谢谢啦
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8楼2013-01-06 23:49:54
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