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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 129bp小片段从pGEM-T上酶切回收的问题
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qurande

金虫 (小有名气)

[求助] 129bp小片段从pGEM-T上酶切回收的问题

129bp的小片段连接到pGEM-T载体上之后，菌落pcr鉴定条带正确，测序序列正确并且专门在测序结果中search过引物序列也正确

酶切体系  质粒          12ul(大约100ng/ul)
           bufferD           2.5ul
             nde1             0.9ul     （promega的内切酶）
               sal1             0.9ul  
            补水到25ul    37度  4h   做两管反应，浓缩

然后跑2%的琼脂糖胶 两管酶切产物在一个胶空里跑电泳  当100bp的marker能分清条带的时候，却看不见目的条带

后来我有小量的双酶切试了试，质粒3ul ，内切酶分别用0.2ul，10ul体系酶切2h，还是没有出现目的条带
希望高手给出指点啊
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1楼 2011-06-01 08:42:01
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terry130

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
qurande(金币+1): 谢谢你的建议 2011-06-01 12:07:01
dhd997(金币+3, EPI+1): good 2011-06-02 09:10:23
首先，小片段在胶里的染色信号要弱一些，有可能看不到，建议不要在配胶的时候加EB，而是电泳结束后用EB去染。
其次，你在大切前是应该做小切去确定酶切条件的，先大切失败然后想到小切是满痛的一个教训，你老板知道估计要发飙吧。
最后，小切验证是要有很多control的，这样才便于分析，同时切你自己的样品和别人的已经酶切成功过的样品作为对比，切的时候除了双切之外还要分别做单切，跑胶的时候每个样品都有四个lane分别是切前，单切，单切，双切，这样才能分析出问题出在哪里。
还有有的时候某个公司的酶针对某个载体就是不好用，那不妨换另一个公司的试试，我们实验室常用的酶都是有好几个公司的stock的。
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摒气动方息，宁神心自明。
3楼2011-06-01 09:12:28
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terry130

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

忘记说了，小切的话你用3ul有点少，至少要保证0.5mg，这样电泳才能看到带
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4楼2011-06-01 09:13:23
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terry130

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
西瓜(金币+3): 牛人啊！ 2011-06-08 18:57:15
引用回帖:
Originally posted by qurande at 2011-06-01 12:11:38:
悲剧了，我选的两个酶上游nde1  下游 sal1 都需要很长的保护碱基，我的都只有3个啊~~~



你也可以尝试另一种方案，设计引物的时候只加酶切位点，然后PCR 产物直接连到T载体中，之后再切T载体，这样就不用加保护碱基了
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摒气动方息，宁神心自明。
11楼2011-06-03 15:59:24
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terry130

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by qurande at 2011-06-03 19:06:22:
谢谢啊，我已经连好t载体了，困难的是从t上切下来回收比较困难

12L说的有道理，你这个片段是有点小，不过连到T载体上还是比用保护碱基好些，这样你可以在T载体两个酶切位点上游和下游大数百bp的位置设计一对引物来PCR，这样产物也就几百bp，做4个50ul的体系产量就够你去酶切了，这比切几千bp的T载体要好，产率高一些，内切酶也节省很多。之前在商品化的质粒中切200bp左右的shRNA片段时就是用的这种方法，也是说明书中推荐的方案。
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14楼2011-06-09 07:27:58
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