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vigaryang木虫 (正式写手)
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[求助]
关于结构优化中的对称性问题
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| 如果要优化一个像NH3这种明确知道对称性的分子，是不是在优化时需要事先指定优化过程中对称性不变？如果是的话，是通过symmetry(pg=?)实现呢，还是在分子内坐标输入部分设置变量实现？网上查了一下，发现很难见到与symmetry(pg=?)这个命令有关的信息，不知是为什么。难道对于这种分子也不需要指定对称性吗，而任由其自由优化吗。谢谢。 |
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2楼2011-05-23 06:20:29
vigaryang
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zhangmt
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【答案】应助回帖
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vigaryang(金币+5): 2011-05-23 21:48:42
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Gaussian在优化的过程中，默认保持对称性不变。 也就是说，你的输入结构在gaussian读入之后，会首先做一个对称性判断，如果它判定为C3v了，那么，优化过程中，他就一直按照C3v来优化，如果按C3v优化不出来，他就按出错退出——一直到g03都是如此。。。但是最近发现g09似乎有所改变了，他会尝试改变对称性的，这一点我还没弄清楚他的机制。 不一定是按照内坐标输入，即便你按照笛卡尔坐标输入也是可以的，当然，这个时候gaussian在判断对称性的时候，是会因为你的笛卡尔坐标的精度不够而容易产生误判的，就好象gview在判断对称性的时候，也会有Default,tight,very tight, loose,very loose等选项一样，gaussian在判读对称性的时候也有tight.loose等标准，你可以自己指定，当然，它的标准与gview的标准是不同的。你的分子在gaussian读入后，开始跑202的时候就会给出它的判断结果——不过我猜测在跑103的时候就应该已经算出来了。如果你对gaussian的判读没有把握，或者对你输入的笛卡尔坐标的精度没有把握，那么在此时kill掉gaussian，看看输出文件就知道它怎么判定的了。 |
5楼2011-05-23 12:12:42
vigaryang
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10楼2011-05-25 19:07:54
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